第一，關於兩岸間空箱調運。從事國際集裝箱班輪運輸且在兩岸登記的船舶，可在兩岸港口間承運經營者自有的、租用的或其他公司擁有的空集裝箱。經營者應提前向交通運輸部備案，取得《臺灣海峽兩岸間空箱調運備案證明書》後，方可從事空集裝箱調運業務。經營者應在每年1月10日前，將上一年度所運送空集裝箱數量報交通運輸部。
第二，關於兩岸間集裝箱直航運輸。經交通運輸部批准從事兩岸間集裝箱直航運輸的船舶，可運輸兩岸貿易貨物，也可運輸轉机貨物。
未經交通運輸部批准，已取得兩岸直航集裝箱班輪運輸資格的經營者，不得向不具備經營兩岸直航集裝箱班輪運輸資格的經營者出租艙位，或者互換艙位，或者轉讓經營資格。
第三，關於兩岸間海上客運。從事兩岸間海上客運的船舶應經驗船機構檢驗，符合有關公約的技術標準，持有兩岸相互認可的有效證書；客船經營公司應建立安全管理體系，並依法辦理船東責任和旅客意外傷害有關保險。
根據《海峽兩岸海運協議》確定的“平等參與、有序競爭，根據市場需求，合理安排運力”的原則，並有利於兩岸間客運市場的培育和發展，每條客運航線初期將嚴格控制運力投放，今後視市場發展變化情況安排運力。
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