據臺灣媒體報道，高鐵通車六年來，財務困境未見好轉。高鐵公司三年前經融資重組，降低利息負擔，完成首階段改善，今年第二階段財務改善方案中，提出特許期從35年延長至99年，以降低折舊攤提負擔；高鐵局指出，依合約機制審慎評估中。
高鐵公司主張，因遭遇九二一大地震、臺灣外經濟情勢變動等不可抗力因素，運量及營收不如預期，且法定優待票差額自營運至今年四月已累計達77億元新台幣，政府均未補貼，隨運量增加，差額每月增加1億元新台幣，因此提出延長特許期。
高鐵局指出，高鐵公司財務改善方案中，看不到具體試算資料、執行作法及時程規劃，應儘快補齊。
