實際上，民進黨原來所設的“中國事務部”是一個專門面對大陸的部門，負責民進黨與大陸聯繫的事務，也是一個十分敏感的部門。其負責的業務有：有關“中國事務”工作的推動、聯繫與協調事宜，有關“中國事務”資訊的蒐集與分析事宜，有關臺灣安全及戰略研究事宜。就在顏建發出任“中國事務部主任”之時，也正是“中國事務部”業務最為興盛之時，由“中國事務部”主編及出版並由顏建發任總編輯的《中國事務季刊》辦得有聲有色。《中國事務季刊》是民進黨第一本從事政策研究討論，又定期出版的學術刊物。當時創辦此刊物的目的是期望針對大陸及海峽兩岸的各項議題進行客觀中立的政策研究。《中國事務季刊》在其創刊號中自我期許應具有“三性”，其一是“學術性”，亦即是具有一定政策指導性的學術性刊物，因此文章首先應立足於中立、客觀的基礎上，然後才考慮政策指向、輿論引導的作用；其二是“針對性”，亦即其研究範疇偏重於兩岸關係的近期發展，特別是特定時期下特定形勢的方方面面的分析，以及對兩岸關係的長遠設想，和大陸內部狀況的分析及介紹；其三是“包容性”，亦即該刊雖是由民進黨所出版，但並不要求作者削足適履的揣摸該黨兩岸政策的目標與限制，不但歡迎站在該黨或臺灣立場的剴切建言，也歡迎基於島內外其他政黨、利益團體的不同意見；既歡迎針鋒相對，也歡迎讀者提出響應和挑戰。實際上，在其創刊號的8篇文章中，就有4篇來自海外，3篇來自大陸，分別由徐博東、林毅夫、葉自成探討陳水扁的“新中間路線”、中美關係的互動及其對兩岸關係的影響等問題。
《中國事務季刊》的訂戶遍佈世界各地，除了臺灣地區和大陸的眾多讀者之外，從韓國的漢城國立大學，到美國的柏克萊加州大學、史丹佛大學胡佛中心、芝加哥大學、普林斯頓大學，到加拿大的多倫多大學，以至英國的牛津大學、愛丁堡大學，再到以色列國家大學，都是該刊的訂戶。因此，《中國事務季刊》曾成為島內外最重要的大陸研究刊物之一。但在2007年7月，民進黨卻聲稱為配合精簡人事和組織改造，並促進“臺、中關係”正常化，將“中國事務部”與國際事務部合併，是為成為“國際關係事務”之一。兩部合併後，使用國際事務部的稱謂，並將其職能範圍定位為“國際關係”。這是秉承自陳水扁“一邊一國論”，亦即將兩岸關係視為“國與國關係”的思路，並配合當時的民進黨當局所進行的一系列“去中國化”活動，與“臺獨聯盟”創辦人蔡同榮提出的將“陸委會”歸併進“外交部”的主張如出一轍。當然，也有“精簡機構”的考慮。現在顏建發建議設立兩岸關係部，就含有對陳水扁、遊錫堃當時此舉的強烈不滿。
實際上，顏建發是民進黨中的“鴿派”，主張進行兩岸交流，他是2000年陳水扁上臺後，在民進黨中央政策會政務副執行長任內調任“中國事務部”主任的。2002年7月，陳水扁兼任民進黨主席，聲稱要與大陸進行交流，委任“中國事務部”的創辦人陳忠信回任“中國事務主任”，顏建發“降”為“中國事務部”首席副主任。2004年，顏建發進入公職，先後出任“外交部”研究設計委員會副主委、主委。陳水扁下臺後，顏建發任清雲科技大學企業管理學系教授兼國際合作處處長。
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