新疆維吾爾自治區人民政府臺灣事務辦公室貫徹執行中共中央、國務院關於對臺工作的方針、政策和區委、區政府有關工作部署；檢查了解各部門和各地區貫徹執行情況；負責指導全疆各地區、各部門的涉臺事務；辦理國務院臺灣事務辦公室和自治區人民政府交辦的各項工作。