一般而言，在所有的閩南語當中，臺灣閩南語與廈門話在發音上最為接近。但是，已經有學者指出，從語言形成的角度來看，這兩種語言也有以下四個不同的地方：
臺灣各大城市的居民並非直接由漳州和泉州搬過來的；而廈門的居民則大多直接遷自漳州和泉州。
早在17世紀明末清初的時候，大批的移民就已經移居臺灣，因此臺南建府的時間相當早；而廈門市的急速興起，則是19世紀五口通商以後的事。
臺灣由於交通、學校制度、電視、廣播事業發達，工商業、徵兵、就業、就學所帶來人口的流動量和交流量遠超過福建，以致于臺灣閩南語的內部差異微小，互相通話毫無阻礙。廈門話雖然素有“閩南話的標準話”之威信，範圍卻只限于廈門市和它的近郊，不論是人口或地域，都不如內部差異微小的臺灣閩南語。
廈門的住民和泉州、漳州之間的來往從來沒有斷絕過；而臺灣跟祖國大陸居民的往來，曾有清代的海禁、日本的統治、戰後的暫時分離等，彼此影響的機會比較小。
而歷來對於臺灣閩南語與廈門話語言本身的比較研究，學者們一致的結論是：雖然臺灣閩南語與廈門話都是由漳州話和泉州話混合而成，但二者混雜的方式不太一樣。其中在語音及語法上的差異很小，尤其臺灣閩南語中的臺北話跟廈門話在語音上最為接近。臺灣閩南語和廈門話最主要的差異是在詞彙方面，約有10﹪的不同（王育德 2002；鄭良偉 1987；周長楫 1996；張振興 1997；梁淑慧 2004）。這些詞彙的差異主要表現在以下幾個方面：
兩地因受本身自然或文化環境的影響而産生的特有詞彙。如：河洛話的大甲藺、在來米、九孔、花枝、唐山……等。
對於同一個事物或概念的用詞有異。如：“黑板”在臺灣閩南語是“烏枋（o -pang）”，廈門話是“烏牌（o -pai）”。“鈔票”在臺灣閩南語是“銀票（g n/g n-pi帙）”，廈門話是“紙字（ch帙a-lī）”……等。
有些詞語，詞義範圍的大小不同。如：“烏白（o -pe？h）”在臺灣閩南語可指（a）黑和白。（b）胡亂。如：烏白講、烏白做。廈門話則無（b）義。又如“古意（k帙 -岥）”在臺灣閩南語意為“忠厚老實”；廈門話除此意之外，另有“古道熱腸”之意。
由於兩地的華語詞（普通話）不同而帶來的差異，表現在現代的、科技的詞彙上。如：河洛話的“電腦”廈門話稱為“電腦”。臺灣閩南語的“計程車”廈門話稱為“出租汽車”……等。
臺灣閩南語因歷史背景而特有的外語借詞，尤其是日語借詞為數眾多，是其他各地閩南語所沒有的。如﹕甲（土地面積單位，荷蘭語）、放送（廣播，日語）、tha-tha-mih（榻榻米，日語）、水道水（自來水，日語）……等。
廈門自19世紀中葉成為通商口岸以後，逐漸發展成為閩南地區政治、經濟、文化的中心，廈門話也逐漸成為閩南地區的優勢方言，取代了早期泉州話、漳州話的地位而被視為是閩南話的代表(周長楫 1996；張振興，1997)。而臺灣在日本侵佔時期到40、50年代之間，也確實有把廈門話視為臺灣閩南語的標準語並加以仿傚的傾向(王育德 2002；鄭良偉，1987)。但這種觀念在現在已經消失，由臺灣民間語言及媒體語言的自然使用、字典詞典及教科書的編輯等看來，所使用的都是臺灣閩南語而不是廈門話(鄭良偉 1987)。
