只有6個軍港一半還兼商用
臺灣本島海岸線較平直，雖共有各類港口200多個，但天然良港並不多，適合做軍港的更是少得可憐。據披露，臺海軍目前擁有6個港口，分別是左營、馬公、水璉、基隆、蘇澳和高雄，其中前3個為海軍專用，後3個為軍商兩用。
左營是臺第一大軍港，位於臺灣西南海岸，港口面向臺灣海峽，形勢險要，港區寬闊，戰時可奪取和掌握臺南部海域制海權，控制臺灣海峽、巴士海峽，並支援外島作戰。據悉，左營常駐作戰艦艇佔臺軍作戰艦艇總數一半以上，可同時停泊5000噸級以下的艦船44艘，是臺海軍主要兵力集結地和後期保障基地。
馬公港位於澎湖島西南部，是臺灣第二大海軍基地，可停靠萬噸級艦船和潛艇，也是臺灣西部海域防御前哨和運補、支援外島的前進基地。水璉是臺海軍惟一的潛艇專用基地，實際是臺東面向海岸一方開鑿的“U”字形海底隧道，隧道出口處設有小艇停泊處，附近還設有直升機起降場，是臺海軍最主要的潛艇基地和重要的海軍作戰基地。
基隆港位於臺灣島北端的雞籠灣內，三面環山、一面臨海、是天然的良港，可供10噸級船舶進出。該港是臺第二大商港，世界十大集裝箱運輸港之一，年吞吐量約2500萬噸。作為軍港，它是臺灣第三大海軍基地，亦為運補、支援馬祖地區的主要基地。
蘇澳港位於臺灣島東部的宜蘭縣南端，背山面海，地勢狹長，是臺灣東海岸最大海軍基地和主要後方基地，亦是臺灣第五大國際商港，年吞吐量400萬噸。臺軍東海岸指揮部就設置在此。高雄港位於臺灣島南部的高雄市，瀕臨南海，扼臺灣海峽與巴士海峽航運要道。它是臺灣最大的商港，也是世界十大集裝箱運輸港之一，其軍用部分是臺海軍艦船重要集結地和支援外島作戰的後勤保障基地。
港區防衛森嚴特種部隊把守
臺軍深知，這些港口遠不能滿足戰時所需，所以將一些現有商港、漁港擴建改造成軍事備用港，作為戰時疏散、補給基地，戰時都可以停泊登陸艦、中小型運補艦等。
臺灣軍港一般設備齊全。港內有各種碼頭和錨地，供各類艦船停泊、補充給養和修理。碼頭上有起重機、油船等各種設備，為泊港艦船裝卸貨物和加油。各港口還設有發電廠、糧油倉庫、淡化設備和淡水供應站。特別是幾乎每個軍港都建設有一座修船廠，可以完成艦艇的大修任務。
值得一提的是，臺軍港防衛十分森嚴。以左營港為例，海軍陸戰隊基地警衛旅負責港區警衛、防空及火力支援任務，並編配了港防作戰及地面警衛兵力，以增強其基地防空、反空降、反滲透及反突擊等防衛作戰能力。高雄壽山還駐紮有海軍陸戰隊的特勤與“天弓”導彈海鋒中隊，裝備有“雄風”II型反艦導彈。此外，海軍陸戰隊兩棲偵搜大隊也駐紮於此，負責執行陸上搜索、警戒、遊擊和海上兩棲突擊、海灘水文偵察等任務，配備有橡皮艇和玻璃鋼快艇，其中玻璃鋼快艇裝有美制12.7毫米機槍。
此外，臺軍港主要航道口均設有防潛、防雷或水下監視裝置，岸上均建有對海、對空火炮陣地，一些港口還為潛艇修建了水下隱蔽部。而各港口的主要物資倉庫，如油庫、彈藥庫等，都建成地下或半地下庫，以增強其抗毀能力。
六大致命缺陷易遭封鎖癱瘓
軍事專家指出，臺軍近年為爭奪制海權，瘋狂加強港口建設，但臺軍港存在很多致命缺陷，嚴重制約了基德艦一類戰艦的性能發揮。
缺陷一，數量少、規模小。
嚴格來講，臺灣軍港只有左營、馬公兩處，水璉為潛艇專用基地，功能過於單一，高雄、基隆、蘇澳都是以商用為主，軍用為輔。相對臺海軍艦船數量而言，顯然是“僧多粥少”，戰時別説及時搶修，躲都沒地方躲。
缺陷二，生存能力差。
從地理位置看，臺主要港口集中在西南部地區，左營港與高雄港連成一體，馬公港離左營、高雄港不遠，很容易招致封鎖和集中毀滅性打擊。而且，臺軍港出入口很狹窄，易受水雷封鎖，加上臺海軍的掃雷能力有限，臺軍港極易被圍成死港。
缺陷三，後勤補給跟不上。
臺海軍裝備一“倣”、二“買”、三“租”，技術儲備和裝備配件有限，即使臺最先進的戰艦，自持力也不超過50天。而臺軍港多數暴露在臺灣島岸邊，每個港口僅靠一兩條公路與海島內陸相通，港口之間的替補作用不多，一旦戰鬥艦群遭到攻擊，如何及時提供補給是臺海軍的大問題。
缺陷四，港區警衛成問題。
儘管臺海軍重視港區防衛，但安全隱患仍然嚴重。比如守衛森嚴的左營基地後勤指揮部，就曾發生過罕見的銀行搶劫案。事後調查發現，雖然該區四週佈滿了鐵絲圍墻，但圍墻多處殘缺破損，要穿過防線進入核心區並不困難。
缺陷五，維修能力很弱。
雖然軍港都有修理廠，但只能進行簡單的修修補補。即使臺海軍最大的維修基地左營港，也只能停泊5000噸左右的艦船，根本無法維修基德艦。所以該艦一旦戰時出毛病，還得拖到美國去修。
缺陷六，保密工作漏洞多。軍港是軍事重地，保密工作十分重要。然而，臺軍港近年卻泄密事件頻發。2002年，臺“邵陽號”軍艦上一名士兵，隨艦出行時拍攝各個軍港和艦船資料，並將圖片上傳網際網路，迫使臺海軍不得不全面更新通信密碼。2005年前後，臺灣開發商在左營港旁邊，興建了一棟15層大廈，頂樓可以看見軍港全貌，致使左營港時刻處於“被監視狀態”。
