“海軍總司令部”成立於1945年，當時的海軍是美國一手扶植起來的。美國不僅將第二次世界大戰期間被淘汰下來或行將退役的軍艦“贈送”給國民黨南京當局，而且還為蔣軍訓練海軍官兵。國民黨政權赴臺後，“海軍總司令部”部隨之遷往臺灣。其主要任務是負責組建和訓練海軍。並通過其下轄各司令部和各軍區來統禦指揮海軍。
任務
平時鞏固戰力整備、精進戰備訓練、執行臺海偵察巡邏，確保安全，支援各項重大災害防救工作；戰時聯合“友軍”執行反制或阻止“敵軍”進犯，以維護臺海對外航運暢通，確保安全。
組織員額
“海軍總司令部”下轄艦隊、陸戰隊、教育訓練暨準則發展、後勤等司令部及海軍官校、海洋測量局、海軍造船發展中心、通信系統指揮部、勤務指揮部等直屬單位；其中艦艇部隊由艦隊、指揮部、潛艦戰隊、海蛟大隊組成，陸戰隊由陸戰旅、守備區，及大隊組成，總員額5萬3千余員。
歷任“海軍總司令部”總司令
陳 誠：1945年9月—1947年3月
（陳誠係在國民黨政權統治大陸時期任職）
桂永清：1947年3月—1952年4月
馬紀壯：1952年4月—1954年7月
梁序昭：1954年7月—1959年2月
黎玉璽：1959年2月—1965年1月
劉廣凱：1965年2月—1965年8月
馮啟聰：1965年9月—1970年6月
宋長志：1970年6月—1976年7月
鄒 堅：1976年7月—1983年5月
劉和謙：1983年5月—1988年5月
葉昌桐：1988年5月—1992年5月
莊銘耀：1992年5月—1994年4月
顧崇廉：1994年4月—1997年4月
伍世文：1997年4月—1999年1月
李 傑：1999年2月—2002年1月
苗永慶：2002年2月--- 2005年
陳邦治：2005年——2006年2月
林鎮夷：2006年2月——2007年5月
王立申：2007年5月——2009年5月
高廣圻：2009年5月——
