韓國總統府青瓦臺對外戰略企劃官金泰孝7月5日向總統李明博提交辭呈，為主導秘密批准韓日《情報保護協定》引起非議承擔責任。此前，韓國國務總理和外長都已表示道歉。
這份協定原定6月29日與日本簽署，但韓國政府迫於國內強烈反對，“甘冒外交失禮”于簽署當天緊急叫停。如今時過一週，圍繞秘密批准協定的內幕和問責，韓國政壇仍然是波濤洶湧，余波難平。
為何簽署
據韓國媒體日前披露，韓國政府在6月26日的國務會議上秘密批准了協定，以共用朝鮮核計劃等領域的情報。協定簽署後將成為韓日兩國二戰後第一份國防合作協定。
據透露，起初日方在協定簽署上比較積極，韓國政府則出於民間反日情緒消極應對。但隨著最近所謂“朝鮮軍事威脅增強”等説法的出現，韓國政府認為必須更快、更準地掌握朝鮮情報，因此加快了協定簽署步伐。
韓國政府聲稱，日本依靠間諜衛星和偵察飛機，在對朝情報收集和偵察方面具有優勢。簽署相關協定“有助於進一步擴大韓國共用朝鮮情報的渠道”。
韓聯社認為，李明博政府急於促成這份韓日協定的另一個原因是擔心遲則生變。報道説，如果日本下個月發表《防衛白皮書》再次宣稱獨島(日本稱竹島)是日本領土，該協定的簽署很可能被推遲，因此韓國政府抓緊落實了簽署程式。
也有韓國媒體指出，韓日情報協定倉促出臺的背後有美國的影子。《朝鮮日報》報道説，美國強烈要求韓日加強軍事合作。另有媒體報道説，在6月中旬舉行的韓美外長和防長會談中，美方向韓方表達了希望韓日早日簽署《情報保護協定》的意願。
為何反對
分析人士認為，引發韓日情報協定風波的表面原因是政府操作程式不當，但韓國各界之所以強烈反對，其深層原因有三個：一是不應與日本簽署，因為日本在慰安婦等歷史問題和獨島(日本稱竹島)主權等現實問題上不時滋事，簽署軍事協定即意味著向日本提供“免罪符”；二是實效值得懷疑，不少人懷疑日本能提供多少有用的情報，認為韓國有可能失多得少；三是擔心協定會刺激朝鮮、中國和俄羅斯，不利於周邊環境穩定。
此外“暗箱操作”也引起了極大反感。根據韓國政府的解釋，一方面，該協定只需韓日兩國政府批准，無需國會審議，因此忽略了國會程式；另一方面，兩國政府已于4月底草簽，計劃6月底前正式簽署，“由於時間緊迫，為避免爭議”，於是選擇直接提交國務會議秘密批准。
韓國總統李明博7月2日説，簽署《情報保護協定》不是未經充分的意見收集就可以在國務會議上處理的事情。他要求向國會和國民公開協定內容消除誤會。
