——安全領域，成員國元首將批准對2009年《上海合作組織關於應對威脅本地區和平、安全與穩定事態的政治外交措施及機制條例》進行修訂。條例修訂後，聯合預警、危機處置、護僑撤僑等措施將納入上海合作組織安全合作法律範疇，這將切實提高危機情況下成員國溝通、協調和聯合應對能力，更有效地維護地區安全。成員國元首還將批准《上海合作組織成員國關於打擊恐怖主義、分裂主義和極端主義2013至2015年合作綱要》，明確具體合作措施和計劃，有效打擊和遏制“三股勢力”在本地區的活動。
——經濟領域，成員國正在抓緊商定《上海合作組織成員國政府間國際道路運輸便利化協定》，並根據去年總理會議共識，繼續研究成立上海合作組織項目合作融資保障機制問題，推動建設上海合作組織專門賬戶、開發銀行，為組織框架內大型項目和成員國重點工程提供便捷高效的融資渠道。成員國正在考慮峰會期間簽署相關合作文件。
——人文領域，成員國正為簽署《<上海合作組織成員國政府間救災互助協定>議定書》做技術方面的準備。簽署後，各方可以在災害發生時及時便捷地相互通報災情、派遣救援隊伍、提供救援物資，通過合作，最大限度地降低災害影響。
此外，本次峰會還將審議阿富汗申請上海合作組織觀察員地位、土耳其申請上海合作組織對話夥伴地位問題，在協商一致基礎上做出決定。
北京峰會結束後，上海合作組織成員國軍隊將於6月8日至14日在塔吉克舉行“和平使命—2012”聯合反恐軍事演習。此次聯合反恐軍事演習參演總兵力達2000余人，其中中方參演官兵為369人。
這次聯演，是上合組織成員國武裝力量舉行的一次例行性多邊反恐軍事演習，對於共同提高成員國武裝力量的訓練水準和合作水準，有力震懾“三股勢力”，維護地區和平與穩定具有重要意義。
