據臺灣《聯合晚報》報道，國民黨籍民代邱毅12日指，“宇昌案”的第一份公文在當年2月9日由何美玥專簽，案子即跳過“國發基金”的程式，由“行政院”項目核定，時任“副院長”蔡英文在2月11日簽，2月15日再由“行政院長”蘇貞昌簽。
第二份公文在3月21日就由何美玥直接簽呈給蔡英文，蔡英文則在3/22簽名，這時候臺懋公司就有了，很明顯的蔡英文是用“行政院副院長”的權利，加上何美玥配合，達到濫權自肥的目的，同黨“立委”吳清池更認為，“監察院”應該也要介入調查。
據此前報道，根據解密文件，Genentech公司希望在臺尋找合作對象合組公司進行anti-CD4的第三期臨床實驗，文件授權時任臺灣“中研院院長”的翁啟惠談判，如果Genentech願把新公司和大量生産的工廠設在臺灣，開發基金可以在2000萬美元範圍內投資，簽名的包括時任“行政院政務委員”的何美玥、“行政院副院長”蔡英文以及“行政院院長”蘇貞昌。
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