馬英九上臺後，採取各種方法和舉措，治理陳水扁執政時給臺軍留下的“以武謀獨”後遺症──消除種種危機和不良傾向。香港《大公報》今日刊發評論員文章指出，馬英九的些許舉措皆收效甚微，臺軍迄今仍然醜聞滿天飛。
文章摘錄如下，
據島內媒體報道，近期臺軍再傳醜聞：某幹訓班學員進行戶外操課時，有兩名身穿迷彩服的幹部軍人當眾脫褲互相猥褻，並喝令在旁的另一名學員跪下幫他“口交”，時間長達一、二十秒，情節下流不堪。軍人當眾表演不堪入目的“活春宮”，在場40余名軍人紛紛起鬨鼓噪“看熱鬧”，無人制止，實屬奇聞醜聞！事後不少“立委”看到此影像，憤怒痛批：“整個軍紀蕩然無存，道德喪盡，對臺軍信心完全崩潰”。臺灣防務主管部門負責人陳肇敏最近才對此醜事表達“震怒”，透過新聞稿向民眾致歉。
馬英九上臺後，在堅持“九二共識”的基礎上，主張維持“不統、不獨、不武”臺海現狀，加強臺軍建設，提升戰力，以便在與大陸談判時佔據有利地位，從而採取各種方法和舉措，治理陳水扁執政時給臺軍留下的“以武謀獨”後遺症──消除種種危機和不良傾向。但收效甚微，臺軍迄今仍然醜聞滿天飛。主要有以下幾個方面：
少將溜班擅離職守
一、臺軍紀律渙散事件不斷發生，軍紀渙散匪夷所思。
臺軍紀律渙散事件層出不窮，防不勝防：少將溜班，士兵喝得爛醉。4月22日淩晨，“參謀總長”林鎮夷赴海軍司令部突檢，在最敏感的海軍戰情中心，竟發現擔任高勤官的海軍司令部人事軍務處長戴正慶少將，居然不在高勤室值班，擅離職守。
“參謀總長”林鎮夷在當天還發現海軍司令部士官在營區喝得爛醉，彈藥庫械彈清點也無軍官在場。林鎮夷4月21日深夜突檢臺北大直海軍司令部，先進入海軍儀隊隊部，發現兩名士官趴在桌上睡覺，桌下堆了十多個啤酒瓶。林想叫醒他們，兩人連動也不動。
連隊戰士執勤站崗時，不但抽煙，還把鋼盔當保齡球往宿舍地上亂丟。該戰士還發牢騷説，“這種地方叫人站崗，是要把人累死”。有士兵趁休假時，相約到旅社抽大麻，搞“轟趴”，還有人在留守期間開小差。有的已婚男女軍官長期在營房同居過夜，形同夫妻。
