1990年9月11日，在金門戰地的晨曦中，一場因兩起遣返船難事件引發的秘密會談、一次為後來兩岸事務性商談樹立經典模式的談判，正悄悄地舉行，從此開啟了兩岸會談的歷史帷幕。
9月12日，《金門協議》在金門簽署，開創了兩岸會談的模式，兩岸攜手共同打擊犯罪掀開了嶄新的一頁。
背景
兩岸自己的事情不要到別人家談
兩起悲劇，兩岸商討改進的辦法。在哪商談？大陸反對在第三地，郝柏村敲定在金門
1990年發生了兩起海上慘案。7月22日，臺灣當局將渡海入臺的大陸同胞裝進漁船底艙遣返，用6寸長釘釘死，25人被悶死在船艙。8月13日，臺海軍押送福建漁船駛回福建，軍艦與漁船相撞，遣返的人中有21人溺斃。
據樂美真披露，兩起慘案之後，兩岸紅十字組織頻繁互通電話，商討今後改進之法，也在探索見面商談的渠道。繼臺方提出“中線交接”“、第三地研究”的思路後，雙方的聯繫進入了實質性探討。大陸提出自己的看法，“兩岸自己的事情，不要到別人家去談”。
陳長文透露一段秘辛，兩岸協議敢選定金門簽署，是時任“行政院長”郝柏村的果斷提議。
陳長文回憶，當雙方同意談判時，在一個星期天，他打電話向郝柏村報告進度並提及正在考慮談判地點問題，郝柏村問：“為什麼不到金門來？”但1990年是“動員戡亂”時期，金門是戰地，大陸紅十字會的朋友理應多是共産黨員，“在金門和共産黨接觸”涉及“叛亂”，是何等“危險”的事。陳長文當時追問：“院長，是真的嗎？”郝柏村在電話另一頭説：“為什麼不可以？”他轉念一想，金門機密且隱秘，確是談判好地方，他再問一次：“院長，您確定？”郝柏村馬上回答：“當然！”1990年9月1日晚，臺灣方面表示，雙方可以在金門會談。
時任臺軍金防部司令的李禎林指出，1990年8月底接獲軍方密令，表示兩岸將在金門會談，一切行政支援都由金防部負責。當時上層還親自致電指示細節，強調兩岸會談非同小可，“務必力求隱秘”。
商談
幾點爭議陳長文打兩通電話
雙方各有堅持，但中國人的智慧解決了問題，那就是擱置爭議，求同存異
1990年9月11日清晨7點30分，大陸商談代表5人乘坐150噸的“廈漁507”從廈門東渡碼頭準時向金門方向出發，10點半抵達金門。兩岸紅十字組織的人員都住在金寧鄉仁愛新村招待所。
親歷者方慶雲回憶説，休息半小時後，雙方立即在樓下一間佈置好的會議室裏進行商談，雙方就地點和人員坦誠交換了意見。
其實，商談的過程，也是妥善解決問題的過程。
大陸方面仔細研究了臺灣方面寫的備忘錄草案，有關遣返對象、“非法入境”的表述和“偷渡”的提法不嚴謹，最後改成“違反有關規定，進入對方地區的居民”。
有關落款的名稱，為了避開敏感字眼，最後均不使用雙方的全稱，而是用了“海峽兩岸紅十字組織”，簽字人就是雙方代表韓長林、陳長文。
有關遣返的交接點，原來商定的是廈門金門交接，最後我們提出增加馬尾與馬祖。
有關遣返的工具，原來是用漁輪和客輪，因不夠安全，建議用登陸艇，改裝後挂上紅十字旗，作為專用遣返船。
落款的時間，採取雙方各簽各的時間，分別寫1990和1979，達到靈活務實。
方慶雲披露，商談時，一遇雙方爭議的問題，陳長文就立即宣佈休會，讓大家休息一下，然後自己到外面打電話，小聲請示之後再進來宣佈會議繼續進行，而這時的陳長文已經神情鎮定，問題也解決了。這樣的情形發生了兩三次，我們也就習慣了，知道他在向上請示。
