2006年春，一篇史學研究文章《反帝反封建是近代中國的歷史主題》引起關注。文中，中國社會科學院學部委員、中國史學會會長、中國社會科學院近代史研究所研究員張海鵬駁斥了一些人否定近代中國人反帝鬥爭的觀點。他寫道：“研究和解讀歷史，是非常嚴肅的事情……如果寫成人人心中的歷史，則言人人殊，失去歷史的本來面目，如果拿這種歷史去教育青年，就會貽誤青年。”

　　2007年，由張海鵬主編的《中國近代通史》宣告出版。這套十卷本、550萬字的叢書首次以政治史為框架，突破了以往中國近代史只寫到1919年的老規矩，貫穿了1840年至1949年中國社會的政治、經濟、文化、外交、軍事等各領域，是近代史學界公認的“第一部大部頭”。

　　從1999年起，近代史研究所每年組織一次青年學術論壇，這是張海鵬擔任中國社會科學院近代史研究所領導後倡導的一項行動。此後，一大批“60後”“70後”從青年學術論壇中脫穎而出，在國內學術界嶄露頭角。

　　張海鵬在學術風氣上鼓勵“百花齊放、百家爭鳴”，在學術觀點上尊重原創、不壓制人。他擔任所領導的16年間，從沒有主動參加院、所的評獎，而“把機會多留給年輕人”。