北京聯合大學臺灣研究院成立于2005年4月23日。其前身是北京聯合大學應用文理學院臺灣研究室、北京聯合大學臺灣研究所。長期以來，臺灣研究所（室）本著“立足北京、服務中央、發展聯大、突出應用”的宗旨，以國臺辦和市臺辦為依托，在北京市教委和北京聯合大學的領導下，積極展開對臺調研工作。

　    北京聯合大學臺灣研究所作為北京市涉臺調研基地和國臺辦重點咨詢單位之一，在過去的幾年中完成了一批高水平的研究課題，包括：民進黨執政狀況研究、臺灣島內政治板塊變化走勢研究、兩岸關係現狀及發展走勢研究、兩岸經貿交流及其與祖國統一辯證關係的研究等。其中多項成果受到了國臺辦、市臺辦的表彰。同時，積極參加了一係列重大的學術交流活動，撰寫了數百篇時事評論文章，接受了上千次新聞媒體採訪，宣傳了祖國大陸的對臺政策，在“反獨促統”的鬥爭中做出了貢獻，並使臺灣研究所成為北京聯合大學對外交流的一個重要窗口。

　　新成立的臺灣研究院由國臺辦原副主任唐樹備擔任名譽院長，臺灣問題專家徐博東教授擔任院長，並聘請了海峽兩岸著名專家學者91人擔任學術顧問和客座教授、校內相關專業的學者18人擔任兼職教授。目前研究院有專職人員12人，外聘人員5人，下設四所一室一中心，即兩岸關係研究所、臺灣經濟研究所、臺灣文史研究所、涉臺事務研究所、院辦公室和信息資料中心。研究重點為當代臺灣政治和兩岸關係、中（大陸）、美、日、臺關係，兼顧研究臺灣經濟、社會和歷史文化等領域的重大問題，總結祖國大陸涉臺事務工作經驗，培訓涉臺工作幹部，促進海峽兩岸的交流與合作，為政府涉臺部門提供決策咨詢。