臺南市目前產業發展以服務業為主，第一產業逐年遞減，在1996-2001年間更快速衰退，制造業則逐年小幅下降。臺南市產業結構變遷快速，近二十年來，重心明顯由第二產業的制造業轉變為第三產業的服務業。第二產業1986年所佔的比例為83.85%、1991年為70.93%、1996年61.16%；而第三產業1986年所佔比例為16.15%、1991年為29.07%、1996年為38.84%，自1986-1996年十年期間消長幅度22.69%，較臺灣地區13.40%為高。另以員工指標觀察，第二產業比重1986年64.77%、1991年50.34%、1996年43.92%；第三產業比重1986年35.23%、1991年46.97%、1996年56.08%，十年期間消長幅度20.85%，較臺灣地區14.18%為高。制造業產業的結構變遷下降幅度是其中最大者，產值下降27.69%、員工下降21.09%，另外批發零售及餐飲業、金融保險業、工商服務業則大幅度上升，近年來臺南市產業重心已完全轉移至第三產業，成為維持臺南市經濟發展的主力。

　表1 臺南市第二、三產業產值與員工表(1986-1996年，單位：%)

　　臺南市為都會區核心，外圍有臺南縣的永康市、歸仁、關廟、高雄縣的路竹鄉等衛星工業區，核心都市服務業會蓬勃發展，產生互補功能，並且臺南科技園區相繼設置，會對臺南市第三產業產生極化效果。

　　臺南市農漁業的使用面積最大，佔全市面積約三分之一。農業使用面積共3899.47公頃，然而農業發展卻呈現產量逐年下降的情形；安南區主要生產稻米與蔬果，南區以生產水果為主。臺南市漁業主要分布在該市的安南區與南區，墾拓魚塭，從事養殖業(佔農漁生產總值的二分之一)。

　　在工商服務業部分，其用地共1336.2公頃，商業大部分集中于中西區，其次為東區、南區與北區。全市業種以批發與零售業居多，佔全市產業家數的47%。臺南市的產業區位分布，制造業以安南區(科技型產業)與南區(傳統制造業)為主。與地產開發相關的營造業主要分布于東區與安南區；金融及不動產服務業以東區、北區、中西區為主；與生活服務機能相關的產業(批發零售、醫療、藝文活動)則以東區、北區、南區與中西區為主。

　　產業投資環境以臺南市來說可分三類：制造業、服務業及觀光服務業。制造業主要位于安南區與南區，因該兩區地價較為便宜，適合制造業發展。服務業主要集中于舊市區(現中西區)，多為小型零售批發業，主要沿道路兩側發展。觀光服務業主要位于幾個主題文化園區，未來安平四草地區可望成為主要的觀光遊憩區。