由於地型上的崎嶇和海運上的不便，直到19世紀中葉以前，臺東都還是清朝政府眼中的化外之地，除少數逃犯外，多數百姓視入後山為畏途。

　　這樣的情形一直要到1874年牡丹社事件後才有所改變。飽受驚嚇的清廷在此之後派遣自強運動的重要推手——福建船政大臣沈葆楨赴臺經略後山，將今日中央山脈以東一帶劃為卑南廳，至此整個東部開發史開啟了第一頁。

　　有鋻於東部對外聯絡艱難，沈葆楨由北至南連開數條道路橫貫臺灣本島，自此打開東部對外的聯繫。在開路的同時，沈葆楨從福建招來的移民也搭乘一艘艘的帆船登陸臺東。今天的臺東市寶桑裏一帶是東部最早的漢人移民據點，今天依然能借著參拜全臺東最早的天后宮，來體會漢人移民渡海而來的艱辛。

　　1886年臺灣建省，將今天的花蓮縣與臺東縣一帶劃為臺東直隸州，州治設在今日的臺東市區。