船舶

　　金門有料羅與水頭兩商港，水頭商港同時為小三通指定港口，與廈門東渡碼頭及廈門五通碼頭間有定期航線，亦為烈嶼鄉（小金門）與金門本島間定期航線對口。2006年6月8日另辟與泉州石井港的航線，成為第三條小三通航線。

　　小金門的九宮碼頭及大金門的水頭碼頭之間每天從早到晚每半小時各有兩艘渡輪來回，每次搭乘需付全票48元新台幣，半票24元新台幣，船隻可載運機車或腳踏車等小型車輛，每次載運機車需付40元新台幣或腳踏車等小型車輛20元新台幣(擁有戶籍的島民，臺當局有補助)。

　　烏丘鄉原屬莆田縣，與本島間並無直接航班，僅有臺中港有航次連絡。

　　航空

　　對外交通空運為主，尚義機場為該縣對外交通的重要樞紐，目前有往臺北、臺中、嘉義、臺南、高雄各航線。

　　早期金門的對外航空交通只有搭乘當時軍用運輸機。直到1987年9月遠東航空公司開始飛航金門至臺北航線，開啟臺金民航航線。後來陸續有復興航空、馬公航空(被長榮航空收購後改名為立榮航空）、華信航空等航空公司經營臺金航線。

　　公路

　　金門無客運鐵道，僅有鹽場搬運用鐵路（已消失）。島內倚賴公路，島際則為水路。其中最主要一條為貫穿金門本島中部的中央公路(又名伯玉路)，另有環島北路、環島西路、環島南路、環島東路等主要公路。

　　在軍隊的管理之下，金門道路密度為臺澎金馬地區各縣市之冠。聯絡大小金門島的金門大橋已討論多年，但因金門地區的材料取得不易，加上金門無大型營造商，迄今仍未動工，因此被當地居民戲稱為一座“選舉浮橋”。

　　金門地區的居民于搭乘地區公共車船時，可持金門縣公共車船管理處發行的金門交通卡，在上下車船時于電子感應器前感應刷卡，即可免費搭乘。搭乘地區公共運輸船需另付保險費用。其交通費用由金門縣議會撥款補助。