對外交通

　　海路方面，有臺馬輪(計有550席位)或合富輪(為軍租船保留一般民眾50席位)從南竿的福澳港以及東引的中柱港通往臺灣基隆港，由基隆開往馬祖方向時，原則上當月份單號先開往南竿（約次日早上七時到達）再轉往東引，當月份雙號先開往東引（約次日早上六時到達）再轉往南竿，每週一為臺馬輪公休日不開航，如風浪太大有可能停航。此外還有金龍輪與閩珠貳號通過小三通每週一至五在南竿的福澳港與福州的馬尾港之間通行。

　　空中方面，南竿機場（北緯2609’02" 東經11957’13"）位於南竿島東側，機場設施包括航站大樓、塔臺、長1580公尺寬30公尺的主跑道及一座直升機坪，于2003年1月23日啟用，可供DH8-300、200及福客50等型客機起降，起降受限能見度5000公尺、雲高1500尺，目前無法夜航。北竿機場（北緯2613’31" 東經12000’00"）位於北竿島東側，于1994年1月17日啟用，跑道長1120公尺，可飛航DASH-8-300型50多人座客機，起降受限能見度3200公尺、雲高1300尺。目前只有立榮航空在經營馬祖至臺灣航線，現有南竿－臺北、南竿－臺中、北竿－臺北航線。

　　離島交通

　　馬祖列島各島間以交通船、當地俗稱"小白船"聯繫，其中重要的港口有南竿的福澳港。