媽祖出巡歷來都是陸上繞境，但澎湖四面環海，島嶼羅列，居民捕魚維生者佔80%以上，媽祖理應出巡海域才對。澎湖首開臺閩地區媽祖海上出巡之先例。媽祖出海巡境祈安建醮活動分4天進行，由天后宮管委會召集，于每年農曆3月7~10日舉行。3月7日淩晨，馬公港碼頭顯得異常光鮮，平日斑剝黯淡的漁船一夕間粉墨登場，整齊羅列在岸邊恭候著。另一邊的天后宮在各地神明的坐鎮陪觀下，先舉行“小法祭江”，由年少小法師們在資深法師的指導助威下，施法請神明調兵遣將，為即將移駕出巡的媽祖先行鎮煞驅邪和清凈江道。儀式後，媽祖神位開始移駕，沿途先行的“報馬子”急急奔走通告，虔誠信徒紛紛動身凈街。媽祖鑾轎在各方信徒的簇擁下，浩浩蕩蕩地來到碼頭，碼頭一旁早擺上香案，縣長與各級官員恭候多時，上午10點，在獻香、敬果、獻酒後，龍、獅陣頭齊舞，媽祖正式移鑾登船。船長盛裝立於機艙，不亢不卑，雙目炯炯有神，10點10分請令後，鐘鼓齊鳴，鞭炮齊放，媽祖正式啟駕巡航。出巡船隊沿著內海航行，沿岸各村居民一致跪地膜拜，巡航途中，如突降瑞雨，便是澎湖人所謂的“媽祖顯靈”，今年必是個太平年。媽祖出巡的路線會視海上天候狀況來決定，一般的行程是第一天從馬公出發至赤坎，第二天返回馬公，第三天至望安，第四天回到馬公，再繼續陸上巡境。