那曲一帶西藏史籍稱作“卓岱”，意為“牧業部落”，稱這里的居民為“卓巴”(意為牧民)，或“羌巴”(意為北方人)，“羌日”(意為北方部落)。公元七世紀前，那曲一帶屬蘇毗部落統治。後來，吐蕃部落逐漸強盛，並統一全藏，建立了西藏歷史上第一個王朝——吐蕃王朝。此後，那曲一帶又置于吐蕃王朝統治之下。松讚幹布時，將吐蕃分成4臺和61個東岱(相當于千戶)。原蘇毗部落劃為蘇毗如，共轄11個東貸，那曲一帶隸屬其內。
宋朝以後，那曲和羊八井、幫倉(今當惹湖和昂則湖一帶)、朗如(今班嘎縣一帶)被稱為北方四部落。1751年，清王朝派兵平息了珠爾默特那木扎勒事件，並制定善後章程13條，對西藏地方行政體制進行了重大改革。根據那曲所處的地理位置及其在歷次平息藏亂中的重大戰略地位，清王朝決定在那曲建立坎囊宗，屬新建的西藏地方政府噶廈所治。坎囊宗由坎布(即宗教頭領)和囊索部落頭人行使(聯合的)管治權，是一種政教合一形式的機構。它可以說是藏北第一個宗(即縣)建制或相當于宗建制的一級政府的雛型。
1942年，西藏噶廈地方政府設立絳巧基巧，即那曲總管公署，治轄藏北牧區和拉薩以北的14個宗，那曲宗即為絳巧基巧管轄的宗之一。按地理分布為準，當初的那曲宗下轄7個大部落51個小部落，而以實際管治權限為準，卻只管30個小部落，稱為“雄巴”，其余21個小部落屬西藏上層貴族或寺廟所轄，稱為“格爾巴”或“格爾得”。
西藏和平共解放後，西藏自治區籌備委員會于1956年10月9日在那曲設立基巧辦事處，那曲宗隸屬那曲基巧辦事處管轄。1959年民主改革時，原那曲宗所屬安多8部落(14個小部落)劃出，另設安多縣，其余部分設立了現在的那曲縣。1959年7月6日，成立中共那曲縣委，同年10月7日成立那曲縣人民政府。5、行政區劃與人口那曲縣共轄一個鎮、十九個鄉，即：那曲鎮、那麼切鄉、自日鄉、門地鄉、德吉鄉、仁毛鄉、當毛鄉、孔瑪鄉，達前鄉，尼瑪鄉、色雄鄉、勞麥鄉、達仁鄉、達薩鄉、恩尼鄉、羅瑪鄉，陽井鄉、香茂鄉、古路鄉、尤恰鄉。全縣有284個村民委員會和1020個自然村，3個村級居民委員會。縣屬黨政部門22個，縣屬事業單位6個，企業單位4家，幹部人數507名。全縣人口72876人，其中非農業人口13941人。全縣境內以藏族為主。聚居著藏、漢、回、蒙、門巴，絡巴等民族。
