孫中山先生自一九一三年討袁失敗後，于一九一四年七月八日在日本東京靈南詈組織中華革命黨。一丸一五年袁世凱令楊度組籌安會，亟謀稱帝，中山于是年秋派胡漢民為中華革命軍西南軍總司令，陳其美為東南軍總司令，居正為東北軍總司令，于右任為西北軍總司令，並令李烈鈞、程潛、陳炯明、蔣作賓、李書城等先後回國討袁。一九一七年六月，袁世凱自斃，中山命各軍結束。一九一七年六月十二日，黎元洪解散國會，中山于七月十七日率海軍南下護法，是為第一次回粵。因受桂係軍閥和政學係逼迫，于一九一八年六月一日離粵。
一九二○年八月，中山命駐閩南的粵軍討伐桂係，于是年十一月二十九日回廣州，是為第二次回粵。一九二二年六月陳炯明叛變，中山于八月九日離粵。
一九二三年一月，滇桂軍和粵軍夾攻陳炯明勝利，中山于是年二月二十日回廣州，是為第三次回粵。直到一九二四年十一月十三日應北方國民軍電請北上。
一、孫中山率海軍南下護法
袁世凱于一九一六年六月六日自斃以後，黎元洪繼任總統，于六月二十九日申令遵行孫中山在臨時大總統任內一九一二年三月十一日公布的中華民國臨時約法，並恢復國會，但實權操于國務總理皖係軍閥段祺瑞手中。段受日本利誘，宣告與德絕交。中山于一九一七年三月十日通電反對，理由是歐戰雙方都是侵略者，中國不宜參戰。段內閣于五月七日決定對德宣戰。咨請眾議院同意，該院決定緩議。段授意各省督軍組織督軍團在京開會，迫黎元洪解散國會。黎將段免職。五月二十八日至三十日，安徽省長倪嗣衝、河南督軍趙倜、山東督軍張懷芝、奉天督軍張作霖、陜西督軍陳樹藩、浙江督軍楊善德宣告獨立。黎元洪召張勳入京調停，張迫黎于六月十二日下令解散國會。張于七月一日擁清廢帝溥儀復辟，經段祺瑞討平，馮國璋代理總統，段仍為國務總理。中山目擊親自締造之民國被軍閥毀滅，臨時的法和根據約法召集之國會，為軍閥蹂躪解散，至為痛憤。他曾對《民國日報》記者發表談話，表示反對意見。七月二日，海軍總長程璧光（玉堂）到滬謁見中山，說奉黎大總統命，國家危急，請孫先生維持國事，因于七月三日在莫利愛路孫邸集議。到會者有唐紹儀、章太炎、程璧光、胡漢民等。程君首言海軍于護國軍討袁之時，曾響應護國軍，仗義執言，力主恢復約法和國會，今約法、國會同時被北洋軍閥毀滅，海軍官兵，深為痛憤，願在孫先生領導下奮起救國，犧牲不辭。故決定由孫先生統率海軍到廣州建立臨時政府，實行護法討賊。
原來中國海軍是李鴻章在清光緒中期創設，屬于北洋係統。甲午之役，要艦盡毀。一八九八年清廷派程璧光向英、德二國訂購“海圻”、“海容”、“海籌”、“海琛”四艦為海軍主力。民國成立後， 分為第一艦隊、第二艦隊和練習艦隊。這次隨程璧光南下護法的 只有第一艦隊。
兩廣于六月二十日反對解散國會，宣告自立。海軍總司令程 璧光，第一艦隊司令林葆懌于七月二十一日通電否認北京政府，其發出的一切命令均屬無效。第二艦隊司令饒懷文，練習艦隊司令 曾兆麟未參加通電。
海軍通電子二十一日發出，但各艦在上海出發是七月十七日， 計此次海軍護法南下到廣州的，共有九艦：
巡洋艦“海圻”，長424呎，排水量4300噸，官兵439人，艦長 湯廷光。
巡洋艦“海琛”，長314呎，排水量2950噸，官兵279人，艦長 何瀚瀾。
雷炮艦“飛鷹”，長259呎，排水量850噸，官兵142人，艦長歐 陽格。
驅逐艦“同安”，長198呎，排水量390噸，官兵85人，艦長溫 樹德。
驅逐艦“豫章”，長198呎，排水量390噸，官兵85人，艦長吳 志馨。
炮艦“永豐”，長205呎，排水量780噸，宮兵136人，艦長歐陽 林。
炮艦“永翔”，長205呎，排水量780噸，官兵136人，艦長楊樹莊、趙梯昆。
炮艦“舞鳳”，長124呎，排水量200噸，官兵85人，艦長周宗濂。
運輸艦“福安”，長210呎，排水量700噸，官兵124人，艦長劉承謨。
此外，尚有巡洋艦“肇和”，艦身長320呎，排水量2600噸。艦長林永謨，原在廈門，次年春才到廣州。
原在廣州的“楚豫”、“寶壁”等艦，在第一艦隊到廣州後，亦隸屬于第一艦隊。合計有一萬四千余噸。
孫中山與程璧光、林葆懌率第一艦隊于七月十七日由上海出發，孫、程坐“海琛”艦、林坐“海圻”艦于七月二十二日到達廣州，受到廣州各機關團體的盛大歡迎。同行者有唐紹儀、章太炎、胡漢民、陳炯明等及國會議員八十余人。
八月二十五日，參、眾兩院議員在廣州召開國會非常會議，到會議員一百余人。三十日通過中華民國軍政府組織大綱十三條，其第一條規定：軍政府職責為戡定叛亂，恢復臨時約法；第二條：軍政府設陸海空軍大元帥一人，元帥二人。
九月一日，非常國會開會，選舉孫中山為軍政府大元帥，陸榮廷、唐繼堯為元帥。非常國會致孫大元帥書中說：“執事首創民國，中外同盟，今茲膺選，薄海騰歡，必能使民國危而復安，約法廢而復續。”
孫中山于九月五日就大元帥職，其誓辭有“攘除姦兇，恢復的法”之句，並發表宣言，歷數北洋軍閥段祺瑞等毀法叛國罪行，聲言擁護民國和約法，恢復國會。最後一句為“願與全國共擊廢總統者”。
軍政府設在廣州市河南士敏土廠，其重要人員如下：
大元帥 孫文
元 帥 陸榮廷 唐繼堯
秘書長 章炳麟（太炎）
內務部長 孫洪伊（伯蘭）
外交部長 伍廷芳（秩庸）
財政部長 唐紹儀
交通部長 胡漢民
陸軍部長 張開儒
海軍部長 程璧光
海軍總司令 林葆懌
參謀總長 李烈鈞
廣州衛戍司令 方聲濤
親軍總司令 李福林 陳炯明（親軍二十營，係前廣東省長朱慶瀾于中山到廣州時移交，此為基本武力。）
孫中山就職後派秘書長章太炎由越南赴昆明，攜帶國會選舉唐繼堯為元帥的證書及印信給唐，望其就職；又先後派周震麟、程潛入湘，策動零陵鎮守使劉延藩于九月十八日宣告獨立，程潛于九月二十日在衡陽就中山委派的湘軍總司令職。九月二十一日，湘軍旅長林修梅在醒陵獨立。
二、與皖係軍閥段祺瑞的鬥爭
段祺瑞于七月十二日討平張勳後，自為國務總理，任命研究係頭子湯化龍為內務總長，梁啟超為財政總長，汪大燮為外交總長，林長民為司法總長，張國淦為農商總長，劉冠雄為海軍總長，新交通係曹汝霖為交通總長，段自兼陸軍總長。迫黎元洪于七月十四日通電辭職，由直係軍閥馮國璋代理總統。于八月一日任命傅良佐為湖南督軍，原湘督譚延離獧湘。
段、馮不但不恢復國會，反于九月二十九日令內務部籌備國會選舉事宜，同日令各省選派參議員到京，組織類似民國元年的臨時參議院，由參議院制定國會選舉法，準備召集國會，與護法政府對抗。十月四日，又派研究係藉忠寅為籌備國會事務局委員長。于九月二十九日令各省軍民長官通緝孫中山和眾議院議長吳景濂。
孫中山于十月七日對北京政府下討伐令，湘閩戰事即于是日展開。湘軍旅長宋鶴庚在寶慶獨立，湘軍師長陳復初在常德獨立。中山派馬君武回桂，策動桂督譚浩明援湘，湘、桂聯軍于十一月十四日克復長沙，次年元月二十七日克復岳州。湘督傅良佐及代理湘督王汝貫均先後逃出湘境。
段祺瑞對湘侵略失敗，仍不悔悟，反迫馮國璋下令派第三師曹錕、第七師張敬堯攻湘，任曹錕為兩湘宣撫使，張敬堯為攻岳前敵總司令。因湘軍程潛與桂係譚浩明之間有矛盾，因此北軍于三月十七日佔領岳州，桂係頭子陸榮廷乘機拆臺，密令譚浩明撤回廣西，長沙于四月一日失守，曹部吳佩孚于四月二十日佔領衡山，旋佔衡陽，湘軍退守來陽。因段祺瑞提任皖係張敬堯為湖南督軍，為直係曹錕吳佩孚所不滿，吳佩孚佔領衡陽後，按兵不進，北軍與護法湘軍在湖南郴桂區對峙約二年之久。直至一九二○年五月，吳佩孚接受廣州軍政府毫洋六十萬元，撤兵北上與皖係段祺瑞展開直皖之戰，長沙才由湘軍恢復，時為一九二○年六月十日。
在鄂、豫、陜方面，中山于就大元帥之職後，分派蔣作賓、劉積學、王用賓等北渡長江，策動襄陽鎮守使黎天才于一九一七年十二月十六日通電討段並宣告自主，策動豫軍王天縱于一九一八年一月四日宣告自主，反對皖係豫督趙倜。
一九一七年十月，陜西警備軍統領耿直在西安舉義，反對皖係陜督陳樹藩，與陳巷戰兩日失敗。是年十二月二十一日，陜軍郭堅在鳳翔宣告獨立。次年一月二十五日，胡景翼在陜西三原宣布獨立，成立陜西靖國軍。中山派于右任回陜，策動張鈁一師在陜西獨立，于一九一八年七月聯合郭堅、胡景翼、樊鐘秀、曹世英、高峻、盧佔魁六路軍及惠又光旅，合組陜西靖國軍，共推于右任為總司令，張鈁為副司令，井勿幕為總指揮，與陜西督軍陳樹藩和鎮嵩軍劉鎮華對抗。
在閩南方面，中山接收前廣東省長朱慶瀾的親兵二十營，派陳炯明統率。適其時皖係閩督李厚基派臧致平進擾東江，孫中山派陳炯明為援閩粵軍總司令兼粵閩邊防督辦。 
三、消滅桂係軍閥，平定廣西
廣東自護國軍驅逐龍濟光後，即為桂係軍閥陸榮廷、陳炳焜割據。北京政府解散國會後，廣東督軍陳炳焜、廣西督軍譚法明雖于一九一七年六月十二日通電聲明兩廣暫行自主，不過想藉此截留中央稅款，企圖割據兩廣，並不願追隨中山革命。且以中山在粵開府，對他們乘機投降北京有礙，常思逼促中山離省，以快私圖。非常國會曾推選陸榮廷為軍政府元帥，迄不肯就職，且言黎總統尚存在，只宜促其復職，無另舉大元帥之必要。一九一七年十一月六日，北京政府任命龍濟光為兩廣巡閱使，由瓊州進攻高雷，陸竟于是時通電主張和平，不談護法。且于一九一八年一月二十日糾合唐繼堯等組織“西南自主各省聯合會”，以與軍政府對抗，並公布“中華民國護法各省聯合條例”，其重要條文錄下：
護法各省為擁護約法，保障國會，徵討禍首，戡定內亂，以鞏固統一之基礎，促進憲法之成立，組織護法各省聯合會議，更因時事上絕對之要求，與護法各省最後之決心，訂立條例，共信守之：
第一章 聯合會議
第一條 聯合會議，以下列各代表組織之：1．由護法各省自主政府及海軍所各派出者各一人，但完全自主省份之護法各軍及各戰區之聯合軍，經聯合會議承認者，得各派全權代表一人。2．民國元老：由前項所列派出代表各機關共推者，無定額。
第二條 聯合會議所在地暫在廣州，但得依便遷移之。
第三條 聯合會議組織條例另定之。
第二章 聯合公約
第四條 凡加入護法各省聯合者，有不得脫離之義務。
第五條 護法各省及各地方之護法各軍，不得聯合會議之許可，不得募集外債，或與外人訂立以土地、礦山、公產作抵之契約，但發生在本條例宣布以前者，得報告聯合會議批準之。
第六條 護法各省及各戰區之聯合軍，非經聯合會議之決議，不得為停戰之宣告，或和平條例之提出。
第三章 附款
第七條 本條例宣布之日，護法各軍舉行宣誓式，以保證其效力。
第八條 本條例由下列及繼續加入護法各省，依次署名宣布，為廣東、廣西、雲南、貴州、湖南。
第九條 本條例于約法效力完全恢復後，經聯合會議之議決廢止之。
護法各省聯合會議組織條例
第一條 聯合會議以聯合條例第一條第二項推定下列各總代表輪值主席：甲、軍事總代表 乙、外交總代表 丙、財政總代表 丁、議和總代表
第二條 聯合會議受護法各省、各軍之委托，對內對外執行職務，其職權如下：一、辦理共同外交，訂立契約。二、監督共同財政，辦理內外公債之募集。三、統籌軍備，計劃作戰。四、議決停戰議和條件。五、裁決各省之爭議事件。
第三條 凡聯合會議所議決或裁決事件，由前條所列各總代表署名公布執行。
第四條 聯合會議置軍事、外交、財政、議和各參讚若幹員，由各總代表分別聘任之。各總代表因特別事故不能列席時，得以參讚代理，但不得代理主席。
第五條 聯合會議置秘書長一人，由各總代表選任，秘書處之組織另定之。
第六條 聯合會議之經費，由護法各省支給。
第七條 本條例依聯合會議之決議，得修正之。
聯合會議推舉唐繼堯、陸榮廷、程璧光為聯合會議軍事總代表，伍廷芳為聯合會議外交總代表，唐紹儀為聯合會議財政總代表。
這個“聯合會議”，顯然與軍政府對峙。唐、陸二人不肯居中山之下，故不就元帥職，而組織此聯合會議，自為首領。當時孫中山對此組織，雖不讚同，亦未公開反對，如將軍政府外交部長伍廷芳兼任聯合會議外交總代表，海軍部長程璧光兼任聯合會議軍事總代表，財政部長唐紹儀兼任聯合會議財政總代表。
粵督陳炳麄為粵人反對，陸榮廷同意換任譚浩明為粵督。莫榮新表面說擁護中山，但實際是反對中山，曾將中山衛隊連、排長槍斃，中山大怒。海防司令魏邦平商同海軍“同安”艦長溫樹德，“豫章”艦長吳志馨于一九一八年一月三日向觀音山廣東督軍署開炮，以資警告。事後海軍總司令林葆懌將溫、吳二人撤職，調充魚雷局任管帶。
海軍部長程璧光為堅持護法、擁護中山最力之人，深為桂東軍閥所忌，竟于一九一八年二月二十六日在海珠被刺傷斃命。
桂係軍閥為逼孫中山離粵，乃勾結非常國會內的政學係議員楊永泰等和益友社議員吳景濂等，陰謀改組軍政府，表面上改獨任制為合議制，實際上是擁戴前清官僚陸榮廷的老上司岑春嬧上臺。國會中大孫派（擁護孫中山最力之一派）議員王用賓、鄒魯等雖公開反對，但人數少。因此，孫中山于五月四日向國會辭去元帥職，其辭職書及告同志書中說：“吾國之大患，莫大于武人之爭雄，南與北如一丘之貉。雖號稱護法各省，亦莫肯俯首于法律及民意之下，只知擁兵自娛，不肯為國家盡一分之力。甚至違法亂紀，殘民以逞。文于斯瘏口嘵音，以期各省之覺悟，而莫由取信。軍政府雖成立，被舉之人，多不就職。即對于非常國會，亦莫肯明示其尊重之意。……” “口嘵音，以期各省之覺悟，而莫由取信。軍政府雖成立，被舉之人，多不就職。即對于非常國會，亦莫肯明示其尊重之意。……”
五月十二日，桂係莫榮新竟逮捕軍政府陸軍部長張開儒、次長崔文藻，並將崔殺害。這事是政學係頭子李根源與張開儒爭滇軍領導權的結果，因李原藉桂係的支持，于去年冬取得滇軍總司令職，張開儒亦為粵、滇軍首長之一，李結桂殺張以鞏固其滇軍總戎之權力。
五月十八日，國會非常會議通過修正軍政府組織大綱，即規定設政務總裁七人，並推一人為總裁主席。五月二十日，國會非常會議選舉唐紹儀、唐繼堯、孫文、伍廷芳、林葆澤、陸榮廷、岑春嬧為軍政府政務總裁。
中山未就總裁職，于六月一日離粵赴滬。
廣東軍政府于八月二十一日開會，五總裁出席，推定岑春嬧為政務總裁主席。中山與唐繼堯未出席。
這改組的軍政府完全為桂係軍閥禦用政府。秘書長章士釗，外交部長伍廷芳，司法部長徐謙。
孫中山電辭軍政府總裁職後，國會議員、廣東省議會、各團體及海外華僑，均有電信勸挽。經分別答復，今將中山回港商陳賡如一函節錄如下，以見一斑。
“民國政權，早已落于官僚盜賊之手。蓋民國之名雖存，而其實之亡久矣！文竊痛之。嘗發憤欲為民國一清官僚盜賊之害，以樹立真正之共和，……客歲回粵，以護法討賊號召國人，艱難支撐一年之久，子然無功。徒為親厚所痛，仇濰所快，終至于解職以去。……”
中山到滬後，一面從事著述，撰孫文學說八章，並令朱執信、廖仲愷、林雲陔翻譯他所著實業計劃和原著民權初步，先後出版（此三書統稱“建國方略”）；又命胡漢民、朱執信、戴季陶等辦理《建設雜志》和《星期評論》，從事宣傳，一面籌劃反對桂係投降。
岑春嬧就任總裁主席後，于八月三十日復吳佩孚電主張和平；十月二十三日與北京國務總理錢能訓互通電報，又與北京官僚熊希齡主持的和平期成會勾結，鼓吹南北議和。遂于一九一九年二月二十日在上海開南北代表和平會議。北京國務院派朱啟鈴為總代表，吳鼎昌、王克敏、施愚、方樞、汪有齡、劉恩格、李國珍、江紹傑、徐佛蘇為代表。廣州軍政府派唐紹儀為總代表，章士釗、胡漢民、繆嘉壽、曾彥、郭春濤、劉光烈、王伯群、彭允彝、姚鳴鑾、李達膺為代表。北方代表多為安福係分子，南方代表政學係政客佔大半。中山為防止南方議和代表投降，特準胡漢民參加。岑春嬧、桂係軍閥和政學係均願犧牲國會，以求茍合。岑曾與北廷密商，提出妥協辦法：一、南北兩個國會均停會，另召新國會。二、西南各省取消自主，承認徐世昌為臨時大總統（因北京已于一九一八年八月十二日召開國會，叫做新國會，該會于九月一日選舉徐世昌為總統，徐于十月十日就職）。三、成立弼政院，南北各推弼政八十人。四、民國六年七月以後對外條約，交弼政院審議。五、任命陸榮廷為湘、粵、桂巡閱使，唐繼堯為滇、黔巡閱使。六、撥補西南護法各省軍費積欠若幹萬元（另詳清單）。因為孫中山在滬密切注視，並囑胡漢民堅守護法主張，故和議無結果。到一九一九年五四運動後，唐紹儀經中山督促，提出八條，因而陷于休會狀態。其八條如下：
一、對于歐洲和會所擬山東問題，表示不承認。
二、中日一切密約，宣布無效，並嚴懲當日訂立密約關係之人，以謝人民。
三、立即裁撤參戰軍、國防軍、邊防軍。
四、惡跡昭著、不沿民情之督軍省長，即予撤換。
五、由和平會議宣布前總統黎元洪民國六年六月十三日命令（即解散國會命令）無效。
六、設政務會議，由和平會議推出全國負重望者組織之。議和條件之執行，由其處理，統一內閣之組織，由其同意。
七、其他已經議定及付審查或另行提議各案，分別整理決定。
八、以上七條，如北方同意履行，則由和會承認徐世昌為臨時大總統，執行職權，至國會選舉正式總統之日止。
此八條提出後，北方代表不同意，南方總代表向軍政府辭職。至次年六月竟改派溫宗堯為總代表，北京改派安福係首領王揖唐為總代表，可謂南北政客、軍閥沆瀣一氣。
非常國會議員多人，不滿意桂係傀儡岑春嬧降北陰謀，提議改組軍政府，仍請中山回粵主持。于一九一九年十月二十七日開會通過改組軍政府案交付審查，並有議員提出對岑春嬧不信任案，因政學係議員在會場搗亂，未通過。但岑卻借此通電辭職，同時嗾使滇軍總司令李根源等通電各省。西南護法各省力主挽留，大唱雙簧。而桂係粵督莫榮新等及與桂係勾結的湘督譚延獧等即通電反對軍政府改組，重演一九一七年北京督軍團幹政的醜劇。
一九一九年十二月十一日，廣州軍政府決定設八省鐵路局，任命岑兼西南八省（指粵、桂、湘、鄂、川、滇、黔、閩）鐵路局總裁。準備向帝國主義出賣路權，大借外債，孫中山通電反對。
非常國會議員自提出不信任軍政府政務總裁主席一案失敗後，一部分議員于一九二○年春離粵，分赴川、滇，原擬在成都集會，因川省內戰乃赴昆明，于八月九日在昆明開會，否認岑春嬧政務總裁主席，電請在粵議員赴滇。
軍政府政務總裁唐紹儀、伍廷芳亦反對岑春嬧降北，先後離粵，伍廷芳並將軍政府所收關余未用之款五十萬元攜帶赴滬，予岑春嬧以財政上的打擊。總裁唐繼堯亦不滿意桂係操縱的岑春嬧軍府，派代表李宗黃到滬謁見中山，願與中山一同反對粵政府。因于一九二○年六月一日由中山領銜與伍廷芳、唐紹儀、唐繼堯四人宣言：“廣州軍政府總裁七人，現我等四人均已離粵，軍政府政務會議出席者，只有三人，不足法定人數，軍政府已無效。”岑春嬧亦于六月六日通電略稱：“軍政府總裁原為七人，因孫文、伍廷芳、唐紹儀先後離粵，經國會非常會議補選溫宗堯、劉顯世、熊克武為總裁，實足法定人數。孫文、伍廷芳、唐紹儀在滬行動，係屬個人行動，自屬無效。”
是以，孫中山與桂係軍閥的合法鬥爭轉向武裝鬥爭。
原來孫中山直接掌握之武力，是南下海軍與前廣東省長朱慶瀾移交與中山接管之親軍二十營，中山令陳炯明統率。為暫時避免與桂係衝突，由陳炯明、許崇智統帶援閩，駐于閩省東南數縣，總部設在漳州。經訓練補充兩年，已有力量回粵平桂。一九二○年，直係軍閥吳佩孚為反對皖係軍閥段祺瑞北上，與皖係展開直皖之戰，段祺瑞失敗後，先後派其子段宏業與徐樹錚到滬謁見中山，表示承認過去錯誤，願今後在中山指導之下合作反直。當經商定由皖係福建督軍李厚基資助粵軍陳炯明回粵討伐桂係，陳炯明原駐之漳州等縣政權，交還閩督。孫中山派何成濬到閩傳達合作條件，令粵軍克日回粵平桂。粵軍即于一九二○年八月動員向廣州進軍，于八月底佔領潮汕，于九月七日克復惠州。同時朱執信亦奉中山令于九月六日策動虎門炮臺起義，因受彈傷犧牲，事雖未成，但對桂係的打擊很重，使桂軍人人自危。九月二十六日，廣東警察廳長魏邦平，廣惠鎮守使李福林通電反桂，主迎中山回粵。桂係請滇軍總司令李根源助擊粵軍，曾在德慶、封川之間戰鬥，李軍盡滅。岑春嬧、陸榮廷見大勢已去，倒行逆施。岑春嬧、林葆懌、陸榮廷、溫宗堯等于十月二十四日宣言“取消軍政府，解除軍政府總裁職務，促成南北統一”。粵軍于十月二十六日克復廣州，粵督莫榮新逃桂，于是日通電取消廣東自主。北京政府亦于是日下令籌備統一事宜，可見岑、陸降北早有成議。是月三十一日，孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼完通電申斥岑、陸出賣護法，投降北廷，偽稱促進統一，實為亂階。十一月一日粵軍總司令陳炯明通電否認莫榮新通電取消廣東自主，莫榮新為敗軍之將，為粵人公敵，對粵事已無發言權。十一月十日粵軍克復廉州，二十一日陸榮廷通電桂軍全部回桂。
孫中山在粵軍克復廣州後，于十一月二十九日回到廣州。十二月一日與伍廷芳、唐紹儀及唐繼堯等重開軍政府政務會議。
孫中山對岑、陸降北，早在意中，故展開文武兩種鬥爭，依靠廣東人民力量取得勝利。他有致何雪竹（成濬）東電：“岑、陸見難再容于西南，遂公然投降北延。北廷欲假統一借外債，為徵服異己之圖，悍然以偽總統一紙命令，宣布統一。此不獨視西南為一二桂賊所私有，且蔑視我護法團體。……”
孫中山二次回粵後，原來政府政務總裁陸榮廷已先投降北廷，並于一九二○年十二月二十九日接受北京政府“督辦粵邊防務”的職務。岑春嬧、林葆懌亦降北高粵。唐繼堯因內部糾紛，于二月六日退出昆明，滇督由顧品珍繼任，故原總裁七人，只剩中山、唐紹儀、伍廷芳三人。這時華北為奉係軍閥張作霖、直係軍閥曹錕所盤踞，因此非常國會多數議員認為有改組為正式政府之必要，遂于一九二一年四月七日開兩院聯合會，由參議院議長林森主持，通過議員周震麟等提議的“中華民國政府組織大綱”，當日舉行投票選舉大總統。是日出席議員二百二十人，孫中山以二百一十八票當選為中華民國大總統。雲南總司令顧品珍首先來電敬賀，廣州各民眾團體于四月十日開大會慶祝。惟北京政府總統徐世昌（由安福係國會于一九一八年選出，孫中山在廣州就總統職後，曾于五月八日致書徐氏，勸其退位）慫恿曹錕、張作霖等二十七人反對廣州國會另選總統。
孫中山于五月五日就大總統職，任命馬君武為總統府秘書長，陳炯明為內政部長兼陸軍部長，伍廷芳為外交部長，唐紹儀為財政部長，廖仲愷為財政次長，湯廷光為海軍部長，李烈鈞為參謀總長，胡漢民為交通部長，徐謙為司法部長。任陳炯明為廣東省長兼粵軍總司令。
一九二一年六月，陸榮廷受北延密令派桂軍陳炳焜、申葆藩等分三路侵粵。孫中山命李烈鈞、陳炯明、許崇智、黃大偉、彭程萬等討桂。駐梧桂軍劉震寰起義，粵軍于六月二十六日入梧州，七月十五日佔南寧，八月二十一日李烈鈞部入桂林，陸、陳逃龍州。九月三十日粵軍克龍州，陸、陳逃往安南（越南），兩廣統一，桂係軍閥被消滅。孫中山于九月中旬到桂林，任命馬君武為省長。
四、與政學係、益友係政客的鬥爭
孫中山于一九一四年五月在東京組織中華革命黨繼續革命，黃興、李根源等不肯加入。李根源糾合李烈鈞、鈕永建、陳炯明、章梓、冷遹、林虎、程潛、程子楷、陳強、林執中、李肇甫、彭允彝、胡瑛、殷汝驪、鄒魯、徐傅林、陳獨秀、章勤士（士釗）、歐陽振聲、但懋辛、余際唐、方聲濤、耿毅、俞應麓、彭程萬、龔振鵬、李書城、張孝準、谷鐘秀、張耀曾、楊永泰、韓玉辰、張熾章（季鶯）、文群、鐘才宏、沈鈞儒、楊源濬、伍毓瑞、余惟謙、張惟聖、陳鴻鈞、李明揚、卓仁機、周楊亞、李達膺、王侃、王源翰、王九齡、易象、張聲煥、周子賢、殷汝耕、金兆棪、蔣舉清、趙世鈺、李為綸、趙正平、罩振等組織歐事研究會，推黃興為領袖（其時黃興在美國），這是與中華革命黨對立的團體。後來覃振、李烈鈞、方聲濤、程潛、彭程萬等先後覺悟，仍擁護孫中山，惟李根源別有野心，于民國五年（一九一六年）國會恢復後，以歐事研究會會員為基礎，組織政學會，其會員除鈕永建一人外，其余均為國會議員，以李根源、谷鐘秀、張耀曾為頭目，始終與孫中山對抗。
國會中原屬于國民黨籍議員，除政學係外，還有吳景濂、褚輔成等之益友社（在北京駙馬大街），謝持、鄒魯、馬君武、王用賓、彭養光、馮自由等之丙辰俱樂部（後來稱為大孫派），孫洪伊（伯蘭）、王湘、時功玖、李錡、王乃昌、彭介石等之韜園（後改稱民治社，又稱為小孫派）。當中山到粵宣稱護法時，益友社吳景濂欲改組政務委員會，參、眾兩院議長亦參加為政務委員（眾院議長為吳景濂），遭孫中山反對。孫中山就大元帥職後，政學係採取兩面派方針，令一部分議員南下護法，其首領李根源、谷鐘秀、張耀曾則留住北京。後來李根源為搶奪滇軍，于一九一八年一月才到廣州，而谷、張則始終未離北京，仍任段、馮之政府顧問。
李根源在廣東大元帥府成立後五個月才到廣州。原來岑春嬧在一九一六年任兩廣都司令時，李根源任副都參謀（正都參謀為梁啟超），與岑關係甚深。岑與徐世昌同為清朝官僚，早有勾結，岑來粵就總裁職，曾在北京與段、徐晤談，以包辦西南議和，擁護段、徐為目的。李根源由北京到廣州途中曾先在上海與岑密商，故到粵後即發動政學係議員與益友社議員吳景濂等結合，提出改組軍政府案，即改大元帥獨任制為政務總裁七人的會議制，而預定以岑為主席總裁，這與桂係企圖逐孫離粵的陰謀相符。孫中山自不願為空頭總裁，更不願與岑、陸同流合污，只有辭去大元帥職赴滬一途。
孫中山赴滬後，岑春嬧派章士釗在北京見徐世昌，並與馮國璋的直係長江三督李純、陳光遠等接洽，由長江三督出面主和。岑即于七月三日到粵，由陸榮廷提議，推岑為主席總裁，積極求和。因岑與徐世昌的內閣總理錢能訓通電通信商討南北和議，于次年（一九一九年）二月二十日在上海開南北和議，除總代表唐紹儀及代表胡漢民外，其余九代表均為政學係分子。政學係首領谷鐘秀、張耀曾為徐世昌上賓，均以出賣西南，獵取高官為目的，在北京與官僚熊希齡等組和平期成會，與南方岑、陸桴鼓呼應。
在非常國會中大孫派議員彭養光、王用賓等聯合小孫派議員王湘等與政學係議員展開鬥爭。這時，吳景濂因政學係分子楊永泰附桂取得廣東省長，政學係頭子李根源取得滇軍總司令兼南韶連鎮守使，頗覺往日附和政學係全為人作嫁，因在大孫派與政學係鬥爭中採取中立態度，政學係議員漸成孤立。大孫派議員提出改組軍政府案，議員了鎮等提出不信任政務總裁主席岑春嬧案。國會兩院聯合會于一九一九年十月二十七日開會，通過改組政府案，交付審查。對不信任岑春嬧案，因政學係議員在會場搗亂，沒有通過。岑春嬧借此通電辭職，其後臺陸榮廷等來電挽留，此案無形擱置。但岑竟因此勾結桂係，停發國會經費。政學係議員因有廣東省長楊永泰的支持和桂係軍閥的津貼，其生活不成問題。其他議員則先後遷移于四川巴縣及雲南昆明。一九二○年某月在昆明集會，通過取消岑春嬧職務案。這是擁護孫中山的議員與政學係在國會內鬥爭的情況。當時在廣州的國會議員有四大派，各有集會之所。政學係在長堤石行會館，益友社在海珠酒店，大孫派在霞照樓，韜園派（即小孫派）在南樓五十號。
政學係議員人名如下：
韓玉宸、文群、楊永泰、金兆、李肇甫、郭春森、李述膺、張魯泉、周之翰、歐陽振聲、徐傅林、雷煥猷、陳祖烈、秦錫圭、楊澤、彭允彝、王源翰、張大義、章兆鴻、陳鴻鈞、陳國璽、王侃、潘大道、王恆、陳子斌、李自芳、李英銓、沈智夫、劉治洲、王有蘭、高家驥、孫光庭、駱繼漢、蔣舉清、高仲和、梁士謨、程瑩度、鐘才宏、殷汝驪、丁文瑩、鄭際平、劉楚湘、朱騰芳、孫鏡清、姚芙裳、文登瀛、符鼎升、車林桑都布。
政學係領袖李根源、張耀曾原為議員，後因做官辭職。
谷鐘秀亦為議員，因做北京農商總長辭職，護法時沒有南下。
以上是中山與政學係在國會內外的鬥爭情況。還有與政學係李根源爭奪滇軍統帥權的武裝鬥爭。
原來駐粵滇軍是反袁護國軍第二軍總司令李烈鈞（協和）由雲南帶到廣東討伐粵督龍濟光的部隊，第二軍第一梯團長張開儒，第二梯團長方聲濤。孫中山回粵護法時，張開儒任滇軍第三師師長，方聲濤任滇軍第四師師長，軍餉由廣東省督軍署供給，因此受粵督莫榮新節制。一九一八年一月，李根源到粵，與桂係勾結，藉莫榮新之助，奪取滇軍總司令職，故張開儒不服從其指揮。李根源唆莫榮新于三月逮捕張開儒，李即任滇軍第三師師長，莫榮新任李根源為南韶連鎮守使，令其割據粵北，截斷北伐路線。一九二○年唐繼堯免李根源職，任李烈鈞為滇軍總司令，李根源不服，由莫榮新調桂係與滇軍戰鬥，以致廣韶車不通，商旅交困，卒因協和退讓，李根源又回任滇軍總司令職務。但一部分滇軍仍歸李烈鈞統制。這表面上為兩李鬥爭，因李烈鈞是擁護中山的，實際上是中山與政學係的鬥爭。這次鬥爭從一九二○年二月中到三月二十五日止，綿延月余，李根源勢力稍受打擊和削弱，桂係調任李根源為瓊崖鎮守使。一九一九年八月駐閩粵軍奉中山命回粵討桂，桂係惡貫滿盈，士無鬥志，莫督調李根源所部、滇軍李根沄等抵抗粵軍，在德慶、封川之間與粵軍陳炯明部大戰三日，李軍大部被殲，從此李根源投靠北延。當時輿論權威《新青年》雜志主編陳獨秀認為，民國七年至民國九年之間，禍國殃民的黨派為“北福（安福係俱樂部）南政（政學係）”。
孫中山一九一七年八月回粵護法，廣東省議會選舉胡漢民為省長，因桂係反對，改選李耀漢為省長。李根源就任滇軍總司令後，向桂係力保政學係議員楊永泰為廣東省長，楊就任後，開賭、賣煙、增加鹽稅，為桂係增加軍費，加重粵人負擔。一九一九年楊永泰與英國匯豐銀行商定廣東省銀行鑄幣借款五百萬元，允許匯豐銀行派人監督廣東省銀行收支，雖經粵省人民反對，仍悍然進行。
一九二三年二月，孫中山在粵滇桂軍驅逐叛徒陳炯明之後，三次回粵任大元帥，其時李根源任北京政府農商總長，竟與張紹曾在是年五月一日閣議上提議下令討伐孫中山，經閣議通過備就令文送請總統黎元洪蓋印，經黎拒絕，其事未成。
五、陳炯明、葉舉叛變，北伐軍回師討賊
陳炯明雖為同盟會會員，但在一九一○年黃花崗之役中，領導人黃興派陳擔任進攻廣東巡警教練所任務，而陳留港未去，為同志查黨譴責。辛亥革命時與胡漢民爭任廣東都督。癸醜孫中山發動討袁，陳心存觀望，準備不周，坐失事機，致龍濟光乘虛取粵。孫中山于一九二二年陳炯明叛變時的告同志書上說陳“對國事則有餒氣，對粵事則懷私行，元二之際，陰謀左計，已露端倪”，實為確評。一九一七年七月，孫中山南下護法前夕，陳在滬謁見中山，“自陳悃愊，願效馳驅”，隨中山赴粵。中山就大元帥後，前廣東省長朱慶瀾移交親軍二十營，孫中山命陳炯明統率，初任其為粵軍總司令，後任為援閩粵軍總司令，擴編為二萬人，駐防潮、汕，于一九一八年進駐福建漳州。孫中山于一九一八年五月辭大元帥職赴滬，派廖仲愷協助陳炯明在閩補充訓練，于一九二○年命陳炯明率粵軍回粵討桂，十月二十六日克復廣州，岑春嬧、莫榮新逃。孫中山于十一月二十九日由上海回粵，恢復軍政府，任命陳炯明為粵軍總司令兼第一軍軍長，許崇智為粵軍第二軍軍長；鄧鏗為粵軍第一師長兼粵軍總參謀長，洪兆麟為第二師長，魏邦平為第三師長；李炳榮為獨立第一旅長，熊略為第二旅長，鄧本段為第三旅長，羅紹雄為第四旅長，翁式容為第五旅長，陳炯光為第六旅長；吳國雄為第二軍第一獨立旅長，吳忠信為第二獨立旅長，謝文炳為第三獨立旅長，蔣國賓為第四獨立旅長；黃大偉為粵軍第一路司令，黃明堂為第二路司令，黃志桓為第三路司令，仲景棠為第四路司令，李福林為第五路司令。並任命陳炯明為廣東省長。
四月七日，國會非常會議選舉孫中山為大總統，五月十日就職，任命陳炯明為內務總長兼陸軍總長。陳炯明起初不願中山就總統職，藉口恐招致北廷南攻，難于應付。其意在獨霸廣東，並早與湖南趙恆惕聯絡，企圖搞聯省自治。趙恆惕于四月九日通電反對廣州國會選舉總統，是趙、陳密商的暴露，亦即陳炯明陰謀叛亂的開端。
一九二一年九月，孫中山平定桂係軍閥陸榮廷的叛亂，積極籌劃北伐，于九月初乘船赴梧州，十月到桂林組織大本營，秘書長為胡漢民，下設四處：一、文官處，文官長胡漢民兼；二、參軍處，參軍長胡毅生；三、幕僚處，處長蔣作賓；四、黨務處，處長陳群。設金庫，庫長林雲陔。警衛團，團長陳可鈺，營長張發奎、葉挺、薛岳。當時在廣西的軍隊，有粵軍總司令陳炯明（駐南寧）、粵軍前敵總指揮許崇智（轄李福林、黃大偉、梁鴻楷部）、滇軍總司令朱培德（轄胡若愚、楊益謙部）、湘軍總司令譚延獧（轄魯滌平、謝國光、吳劍學、陳嘉佑部）、贛軍總司令李烈鈞（駐平樂，轄彭程萬、賴世璜、李明揚部）、桂軍總司令劉震寰、鄂軍總司令程潛、豫軍總司令樊鐘秀和大本營警衛團三營，共有十三旅又一團。孫中山準備于次年一月向湖南假道北伐，命陳炯明回粵坐鎮，負責接濟北伐軍餉。但陳回粵後，自十一月至次年四月半年之久，沒有接濟一文一彈。此半年中只有中山離粵時在廣東省銀行提借毫洋二百萬元，自不敷用，迭電令陳炯明籌款接濟，均置不理。因陳不願中山北伐，早于一九二一年六月派其秘書鄧伯偉赴洛陽向吳佩孚輸誠。他的第一師長鄧鏗（仲元）是擁護中山的健將，為他降北的最大障礙，陳便令他的親信陳覺民派營長陳少鵬于一九二二年三月二十一日在廣州大沙頭車站將其刺殺。經廣州黨部電告，全軍憤慨。孫中山在桂林召開軍事會議，許崇智、吳忠信、蔣介石等主張先清內姦，然後北伐。李烈鈞主張改道江西北伐，如陳果叛，再回師討伐。孫中山採納李烈鈞改道北伐的意見，令各軍克日集中韶關，派大本營秘書長胡漢民代理大元帥，自己回粵坐鎮。這一決定為當時列席會議的謝文炳旅長報告陳炯明，陳聽信廣東財政廳長鐘秀南的意見，以退為進，于四月二十日電請中山準其辭去本兼各職。這時中山已到肇慶，即復陳電準其辭去廣東省長及粵軍總司令職，派伍廷芳為廣東省長，粵軍總司令一職取消，所有粵軍由大本營直轄，保留陳內務和陸軍總長兩職。陳接電出其預料，大失所望，即束裝回惠州西湖，密令在南寧的粵軍參謀長葉舉等率軍回粵。中山偕胡漢民、許崇智等于四月二十二日回抵廣州，葉舉等要求恢復陳炯明粵軍總司令職，中山復電說，陳炯明仍任陸軍部長，可以陸軍部長資格指揮粵軍。但為安定軍心，以免動搖後方，于四月二十七日明令“著陸軍總長陳炯明兼辦理兩廣軍務，所有兩廣地方軍隊，均歸節制調遣”。葉舉等表示服從。孫中山遂于五月六日親赴韶關誓師，葉舉等早奉陳炯明命令率五十余營由桂回粵，中山指定肇、陽、羅、高、雷、欽、廉、梧州、玉林一帶為粵軍防地，電令匆來廣州。葉舉等不聽命令，竟率所部進駐省垣白雲山一帶，葉舉的總指揮部，設在白雲山鄭仙祠內，其矛頭正對著總統府。自五月中旬起，粵軍逐日向財政部索餉，省城謠諑繁興，省銀行紙幣日缺，人心不安。
孫中山于六月一日由韶關回省坐鎮，並召洪兆麟、葉舉等到府會談，均抗不到會，叛跡漸露。葉舉、洪兆麟于六月十五日晨在 石龍與陳炯明會商叛變，即于是日下午由葉舉召開粵軍旅長以上 會議，決定由第二師洪兆麟攻觀音山總統府，熊略攻長堤海軍陸 戰隊，楊坤如旅攻石井兵工廠陳策、朱卓文所部五營，葉舉自任總指揮。魏邦平得訊，曾報請總統預防，聞熊略亦托人密報，中 山一概不信。葉舉等定十六日淩晨二時進攻，一時已聞號聲，由遠而近，總統府秘書林直勉、參議林拯民奔告勸避，中山仍不肯行，乃先由衛士送孫夫人出府，由林直勉強勸中山更換便服，挾持由後門出府步行至長堤登“寶璧”艦直駛黃埔。葉、洪等于二時許圍攻總統府，用大炮攻擊粵秀樓，並澆煤油焚天橋，企圖斷絕中山出路，以致總統府成為灰燼。葉舉等知中山已脫險，乃倒填十五日日期發出請中山下野通電（電文略），以圖掩飾。
十七日，孫中山在“永豐”艦召集海軍將士，勉令討賊，統率“永豐”、“永翔”、“豫章”、“楚豫”、“同安”、“廣玉”、“寶璧”各艦，由黃埔直入省城，令各艦開炮轟擊敵軍白雲山、瘦狗嶺等處陣地，激戰終日，仍回黃埔。這時虎門要塞已陷敵手，僅黃埔對面之長洲要塞為馬伯麟堅守，與黃埔艦隊成犄角，與敵相持。
北伐軍在陳未叛前進攻江西，節節勝利，六月十二日克復贛州，前鋒已達吉安。六月十七日中山令北伐軍回師討賊。胡漢民奉令後由韶關到贛州與許崇智等商量，決定留李烈鈞部守贛州，其余全軍回師討賊，以大部主力由曲江進攻，以一部由始興出壩子，會師廣州。開始時北伐軍士氣激昂，戰鋒甚銳，一部已達翁源。嗣因第一師梁鴻楷叛變，其旅長陳修爵增援曲江敵軍，其余一部則在新豐堵擊北伐軍。吳佩孚又命沈鴻英由贛東攻許軍之背，令蔡成勳攻贛州，以致北伐軍腹背受敵，餉彈又無接濟，勢難久支。胡漢民乃下令北伐各軍分退湘贛集中：左翼許崇智、黃大偉、李福林、鐘世英、龔師曾五部，在江西瑞金集合，向閩南行進。右翼朱培德、李明揚、陳嘉佑、歐陽豪、伍毓瑞、余惟謙等部，向湘東南退卻。計自七月九日至八月六日，北伐軍與陳炯明叛軍激戰二十余日。孫中山在“永豐”艦與叛軍相持五十余日，聞北伐軍在曲江戰事失利，乃于八月九日離粵赴香港，于八月十四日到上海。
孫中山在六月一日回廣州時，北方奉直戰爭已經結束。直係軍閥曹錕、吳佩孚驅逐總統徐世昌，擁黎元洪復職，恢復舊國會。孫中山于六月六日在廣州發表對內宣言，以商訂停戰條件為第一步，實行統一為第二步，以貫徹六年以來勘亂護法之主張，同日發表對外宣言，要求各國于現在內爭之時，不幹涉中國內政，勿承認北京之新偽總統。到滬後又于八月十五日發表宣言（即第二次護法宣言），標示四點：其一，文任用非人，變生肘腋，致北伐大計，功敗垂成。當引咎向國會辭職。其二，陳炯明叛軍，當掃滅之，毋使以禍粵者禍國。其三，護法事業，當以合法國會完全自由行使職權為究竟。其四，對于民國與統一建設，當實行工兵計劃，發展實業，尊重自治。又于九月十八日發表告本黨同志書，重申平定粵難的決心。適院係徐樹錚在滬謁見孫中山，商定將退入瑞金的北伐軍向閩西進發，與原屬西北邊防軍第二十四混成旅長王永泉駐防延平的部隊聯合，進攻原屬皖係現投直係的福建督軍李厚基。孫中山派何成赴瑞金傳達命令，促北伐軍即開赴延平與王永泉合作進攻福州，徐樹錚于十月初由浙江到達延平，稱奉孫中山、段祺瑞命令，成立中華民國建國制置府，自為建國制置府制置使。北伐軍到達延平後，即與徐、王商量，由王永泉與許崇智部從閩江右岸進軍，黃大偉、李福林、龔師曾部由閩江左岸同向福州進攻。十月五日下總攻擊令，十月十二日即佔領福州，豐厚基逃馬尾。孫中山任命林森為福建省長，陳劭先為財政廳長。十月二十八日，孫中山下令將北伐軍改為東路討賊軍，任命許崇智為總司令兼第二軍軍長，黃大偉為第一軍軍長，李福林為第三軍軍長，蔣中正（介石）為總部參謀長。于十二月中由福州開出，經泉州、漳州向粵東進攻。
十月一日由贛南退湘邊的朱培德部進佔桂林，孫中山任張開儒為西路討賊軍滇桂軍總司令。因唐繼堯于一九二一年三月二十日回昆明，顧品珍戰死，顧部楊希閔逃到廣西桂林大湟一帶，計有楊希閔、楊池生、楊如軒、蔣光亮、范石生五旅。孫中山派孫科到港，與港商楊西岩、伍學煌接洽，運動這五旅滇軍為西路討賊軍主力，任命楊希閔為西路討賊軍滇軍總司令。同時駐在廣西樂平、昭平的桂軍沈鴻英部四旅和原在廣西的劉震寰，在梧州的粵軍英雄等部，亦經中山派鄒魯等策動，鹹願參加討賊。經孫中山任沈鴻英為西路討賊軍桂軍第一路司令，劉震寰為桂軍第二路司令，劉玉山、鄭潤琦為師長，莫雄為獨立旅旅長。滇桂粵各軍將領于一九二二年十二月二十六日在廣西大湟江舉行“白馬會盟”，于是月三十一日誓師東下，次年一月三日前鋒到達肇慶邊境，九日克肇慶。陳炯明粵軍第一師陳濟棠一團及四團工兵營長鄧演達陣前起義，十日克三水，十五日佔領廣州，陳炯明通電下野，殘部向惠州逃竄，是日洪兆麟在汕頭宣告與陳炯明脫離關係，歡迎中山回粵。二十日中山任命許崇智為廣東總司令，胡漢民為省長。二十六日中山在上海發表和平統一宣言，主張化兵為工，將國內現存奉、直、皖三係和西南護法諸省各劃疆自守，裁現有兵額之半，舉行裁兵借款，由農工商學報各界監督。此宣言發表後，全國輿論一致讚頌，唐紹儀、黎元洪、段祺瑞、張作霖、盧永祥、張紹曾、孫洪伊等均有函電讚同。在粵的滇、桂、粵軍及海軍將領和兩廣人民代表屢電吁請中山還粵主持，中山認為“其時為謀求統一良好機會，又以滬上交通便利，各方接洽亦最適宜”，故未亟還粵，不幸桂軍沈鴻英心懷叛逆，于一月二十六日在海珠江防司令部各軍將領會議時，將粵軍第二師長魏邦平扣留，並圍攻第三師一部將其繳械，經孫中山去電訓斥和各軍譴責，沈鴻英于二月六日通電所率各部轉駐廣州郊外，歡迎中山回粵主持大政。中山于二月十五日由上海赴粵，二十一日到廣州，是為護法後第三次回粵。
孫中山實踐“引咎向國會辭職”的宣言，故這次回粵不稱總統，仍以大元帥名義行使職權，大元帥府設于農林試驗場（後于四月三日遷士敏土廠）。任命徐紹楨為廣東省長（原任胡漢民未到任），楊庶堪為大元帥府秘書長，伍朝樞為外交部長（其父伍廷芳在廣州積勞病故），林森為內政部長，廖仲愷為財政部長，李烈鈞為參謀總長，程潛為軍政部長，趙梯昆為海軍司令，伍學煌為兩廣鹽運使，楊西岩為廣東財政廳長，陳策為海防司令。派姚雨平、羅翼群、周之貞、朱卓文、吳鐵城、黃其蘇為兵工局籌備委員。
陳炯明叛軍殘部，乘桂軍沈鴻英反復叛變之際，又聚集惠州蠢動。北京政府于三月二十日于任命沈鴻英督理廣東軍務之時，任命林虎為潮梅護軍使兼粵軍總指揮，陳炯明為粵陸軍第一師長，鐘景棠為第二師長，黃業興為廣東陸軍第一混成旅長，王定華為第二混成旅長。洪兆麟雖于一月宣告獨立，並受李烈鈞收編，仍任師長，但三月中又投叛軍，于四月三日受北延任命為廣東陸軍第三師長，同日北廷任命李易標為廣惠護軍使，申葆藩為欽廉鎮守使。
四月十四日，經上海章太炎提議，由中山領銜聯合西南各省領袖唐繼堯、劉成勳、熊克武、趙恆惕、譚延獧、劉顯世等七人在滬發表通電（虞電）反對直係軍閥武力統一和侵略西南政策。
孫中山為調整內部，對抗直係和叛軍計，于三月十九日任李烈鈞為閩贛邊防督辦，令率所部賴世璜等進駐閩南，所遺防地交由閩回粵之許崇智粵軍駐扎。又于五月七日調廖仲愷為廣東省長，財政部長職由葉恭綽繼任，鄭洪年為財政次長。原任廣東省長徐紹楨調任內政部長。
五月初，叛軍葉舉發動東江戰事，于五月九日通電誣蔑中山“縱煙開賭，賣產勒捐”，特“為民請命”。叛軍乘滇粵軍在韶關與沈鴻英作戰時進攻博羅，一度佔領。幸于九日在北江戰勝沈軍，克復韶關，沈敗退南雄，中山調劉震寰桂軍進攻博羅，于十九日克復博羅。同時叛軍林虎向潮、汕許崇智軍進攻，因許部黃大偉降敵，林虎于五月二十五日攻入潮安，進佔汕頭，許軍向揭陽退卻。五月二十六日中山令滇軍楊希閩、桂軍劉震寰圍攻惠州，陳炯明叛軍一部拉出後方，于三十日佔博羅，進窺石龍。孫中山急令李福林、吳鐵城部隊加入戰線，並親赴石龍督戰，叛軍潰退。六月中，吳敬恆（稚暉）到粵，請中山赦免陳炯明，港商陳賡如等亦為孫、陳議和奔走，孫中山只要陳炯明寫悔過書，一切好辦。陳不肯，于二十七日由香港入潮、汕，率林虎、洪兆麟部分軍隊救惠州。六月二十九日，孫中山發表對外宣言，譴責北方直係軍閥以武力侵擾西南，指使粵桂叛徒沈鴻英、陳炯明等進攻革命根據地，警告各國不得援助軍閥亂國擾民。
孫中山因叛將楊坤如死守惠州，屢攻不下。這時沈鴻英已被擊敗，曲江、南雄相繼收復，乃盡調西北江、滇、桂、粵各軍，于八月初進攻惠州。陳炯明亦調潮汕、閩南林虎、洪兆麟軍隊到東江助戰。中山于八月二十三日正午乘大南洋輪船向東江進發，下午九時抵石龍，二十四日下午到博羅，面授粵軍總司令許崇智機宜，次日返石龍。二十六日，飛鵝嶺失守，博羅被圍，中山急調省城滇粵軍支援。二十九日帥船向博羅前進，三十日到蘇村，九月二日至第七碉，親登上北嶺查看形勢，誠如他于二日致胡漢民信上說：“吾今日兼盡一排長之職務。”自九日至劉震寰電告博羅圍解，敵軍退響水、淡水，永湖附近敵軍亦退。二十日帥船到白沙堆，親赴飛鵝嶺籌劃攻惠州城，被敵軍發覺，用大炮密集射擊；中山屹然不動，毫無懼色。同日返梅湖，白沙泊輪爆炸，飛機隊長楊仙逸、長洲要塞司令蘇從山、魚雷局長謝鐵良殉難。
十月十八日，孫中山令各軍攻惠州，由地道炸毀城垣十余丈，仍未攻入。同時，右翼林虎叛軍，猛攻河源，亦未攻下。
十月二十八日，洪兆麟由海道進軍，佔領平湖。又由廣九鐵路進軍，佔領石龍，均被擊退。
十一月十日，叛軍洪兆麟、仲景棠、熊略、楊坤如分路進攻石龍、增城，大本營移至石灘，十一日敵軍沿河街衝至（艸彔）蘭、石龍、增城，許、滇軍均退至石灘。十二日晚，敵軍已佔白雲山、瘦狗嶺、觀音山，大炮射程可達士敏土廠大元帥府，廣州震動。次晨樊鐘秀率豫軍七千人趕到，即刻參加戰鬥，敵人以為飛將軍從天而降，全部潰退，各軍乘勝追擊，克復石牌、石灘，次日又克復石龍、增城。
樊鐘秀（醒民）曾參加陜西靖國軍，任第二路司令，一九二二年陜西靖國軍瓦解，樊率部回河南。一九二三年，吳佩孚利用沈、陳叛軍侵粵，派樊為援粵軍司令。樊出身綠林，有革命性，素幕中山為國奮鬥不屈的精神，于一九二三年十一月六日到達江西大庾，即與直係方本仁開戰，在大庾就中山任為豫軍總司令職務，聞東江戰事緊急，于十二日黎明乘粵漢廣韶段專車趕到廣州，有滅此朝夕之風概，深為中山嘉許。當廣州震動時，有人勸中山退守三水，中山堅持死守，率得樊助。叛軍失敗後，探知樊軍不過數千人，還可再戰，因此又集合殘部萬余人，分四路進攻。十一月十八日，敵軍到達廣州北郊，粵、滇、豫各軍雖節節抵抗，已難久支。幸譚延獧所部湘軍，于是日中午趕到。譚軍二萬余人加入戰鬥，將敵擊退，乘勝追擊，先後克復石龍、博羅，敵退惠州。這次敵軍頗受損失，故次年春季沒有進攻。
至一九二四年春，因國民黨改組，忙于建黨、建軍、建黃埔軍校，對叛軍無暇進攻。直至四月十九日，滇、桂、粵聯軍再攻惠州，鏖戰旬余未下。這時叛軍內葉舉派與林虎派爭權奪利，相持不下，北京政府于五月十八日任命林虎為廣東督理，葉舉為廣東省長，洪兆麟為潮梅護軍使，沈鴻英為粵桂邊防督辦，圖以分贓方式，解決叛軍內部糾紛。從此叛軍即無力向廣州大規模進攻。直到一九二五年，才由中山手創的黨軍兩次東徵，徹底消滅陳炯明的叛軍。
六、與海軍叛徒的鬥爭
海軍一向屬于北洋軍閥係統，但其中將領有革命思想的亦不少。辛亥革命時福建于舊歷九月十八日起義，清海軍各艦歸附民軍。護國之役，海軍于六月二十五日發表聲明加入護國軍，主張恢復民元臨時約法和國會。一九一七年六月，國會解散，張勳復辟，海軍總長程璧光和第一艦隊司令林葆懌，率九艦隨孫中山南下護法，程璧光堅持革命而被莫榮新派人刺殺。
一九二○年秋，駐閩粵軍奉中山命回粵討桂，于九月八日攻克惠州，向廣州進軍，駐瓊海軍何福昌等竟于十月二日通電援粵督莫榮新，而海軍總長兼大元帥總裁林葆懌竟于十月十一日通電宣布南北海軍統一（即投降北延）。又于十月二十四日與岑春嬧、陸榮廷、溫宗堯聯合通電宣布南北統一，取消廣東軍政府，解除軍政府總裁職務。孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯四總裁，即于次日在上海通電駁斥岑、陸、林所謂“南北統一”，指為彼等十人出賣護法，投降北廷，不生任何效力。林葆懌于十一月十日通電離粵。
林葆懌雖降北，但海軍艦隊並沒有跟他北上，由“肇和”艦長林永謨繼任海軍艦隊司令，參謀長毛仲芳，副官倪則。
孫中山在粵軍由閩回粵討桂後，于一九二○年十一月第二次回粵開府，任命“海圻”艦長湯廷光為海軍總長。
由于林葆懌任第一艦隊司令甚久，各艦將領多屬林派，投北之念未消，軍心散漫，且海軍將領多出身于馬尾海軍學校，多屬閩人，其出身天津大直沽水師學堂者，亦多閩人。故海軍閩籍將士對于非閩籍常存排擠念頭。如“海圻”艦的閩籍將士，即曾于一九二一年排擠非閩籍官兵百余人離職，而另招閩人遞補。
孫中山早知海軍中有些艦只不穩，但以二次回粵後忙于出兵廣西討陸和籌備北伐，且海陸軍性質不同，不能以陸軍解決海軍，如有處理不當，反促各艦投北。直至一九二二年三月應海軍革命將士之要求，任命曾被林葆懌革職的“同安”艦長溫樹德為改革艦隊臨時總指揮，令海防總司令陳策協助。溫樹德于三月三十一日密召“海圻”協長田炳章、魚雷大副趙梯昆、“肇和”副長田士捷和歐陽格、李毓璠、郭樸等士官會商，于四月一日中午由趙梯昆指揮敢死隊二十余人，接應隊一百五十人乘三號小輪開往黃埔“海圻”艦搶登舷梯，一擁而上，封閉艙口，搶佔炮位，將炮口指向“海琛”、“肇和”二艦，“肇和”即升白旗，並調炮對向“海琛”。原停靠海珠的小輪，亦已到達“海琛”旁邊，“海琛”副長見勢不佳，亦升白旗，三大艦均收服。其屬于閩籍官兵，即被迫離艦。
原停泊在省河白鵝潭的“楚豫”艦，由胡文溶在艦發動。原準備接應的小艦，即乘機登上“楚豫”，把炮口指向“永豐”、“永翔”、“同安”、“福安”、“豫章”各艦，一日之間，全部收復。並捕當場反抗的毛仲芳、鄭祖韶、倪則烺、林壽民、鄭疇剛五人。收容閩籍官兵一千一百余人，統通遣散回籍。
孫中山即任命溫樹德為海軍艦隊司令兼“海圻”艦長，常光球為參謀長，田士捷為“肇和”艦長，何翰瀾為“海琛”艦長，潘文治為“楚豫”艦長，歐陽林為“同安”艦長，歐陽格為“豫章”艦長，趙梯昆為“海琛”副長，劉承謨為“福安”艦長，孫祥夫為海軍陸戰隊司令。各艦均一致擁護中山。
但在陳炯明叛變時，湯廷光、溫樹德受陳、葉叛軍威脅利誘，六月二十日由湯廷光、魏邦平與叛軍葉舉會銜發出布告讚成統一息戰。溫樹德于六月二十一日與叛軍訂立和約六條，服從陳炯明，由陳負擔海軍軍餉，讚同請中山下野。于七月四日由湯廷光、溫樹德領銜以海軍全體將士名義發出宣言，讚成南北統一，請孫公下野。七月八日溫樹德率“海圻”、“海琛”、“肇和”三大艦駛離黃埔停于蓮花山下。次日叛軍鐘景棠部攻佔長洲炮臺，孫中山即率“永豐”、“永翔”、“楚豫”、“豫章”、“同安”、“廣玉”、“寶璧”各艦，經長洲要塞後方深造村，過車歪炮臺進入白鵝潭，坐艦“永豐”艦首左舷被車歪炮臺擊傷。是日湯廷光還來“永豐”艦見中山，請求停戰，為中山拒絕。中山于八月九日離艦後，海軍與叛軍同流合污。
一九二三年四月二十一日，桂軍攻佔三水，孫中山令海軍協同陸軍進攻，“永翔”艦長、“楚豫”艦長胡文溶會同“豫章”、“同安”兩艦，協助陸軍經過十天戰鬥，收復三水。
孫中山三次回粵後，溫樹德畏罪逃往汕頭，並將“海圻”、“海琛”、“肇和”三艦先期開往汕頭，一面托趙梯昆向中山請罪，聲言願回廣州戴罪立功。中山因忙于處理沈鴻英叛變事務，未遑處理。一九二三年五月，北京政府海軍部軍需司長劉永謙到香港，通過利太洋行經理柳平野收買，溫樹德企圖將全部海軍離粵歸北。孫中山得報，即于五月三十一日罷免溫樹德本兼各職，並撤換一部分艦長，各艦由大元帥直轄。但“永翔”、“豫章”、“楚豫”、“同安”四艦，終受北京海軍部巨款運動，于是年十月三十日衝出虎門駛往汕頭，與“海圻”、“海琛”、“肇和”三艦會合。溫樹德于十二月十七日率領在汕頭的七艦開往青島，吳佩孚委溫樹德為渤海艦隊司令。留在廣州始終擁護孫中山的，只有“永豐”（後來改為“中山”艦）、“飛鷹”、“舞鳳”、“福安”四艦，連同護法前即駐在廣東的“廣玉”、“寶璧”等艦。
七、收回關余，鎮壓商因叛亂
中國關稅權自鴉片戰爭以後，即落于帝國主義手中，不但進口稅率受限制，即徵收關稅機構和人員亦為外國人掌握，總稅務司赫德和安格聯均為英國人。孫中山早有收回關稅權的宏願，一九一一年十一月就提出“應將海關稅則重行編訂”。一九二三年一月一日，在上海發表的中國國民黨宣言中又有“力圖改正條約，恢復我國國際上自由平等之地位”一條。到一九二四年“一大”宣言對外政策中更明白規定取消外人管理關稅權。一九二三年十二月，為收回關余問題，與帝國主義展開激烈的鬥爭，可以說是收回關稅權的先聲。原來中國關稅的進口稅率是被外國強制協定的，名為按進口貨價值百抽五，實際上這個貨價是幾十年前的價格，貨價已漲，而稅額未增，名為值百抽五，實不過值百抽二，以致外貨大量涌進，造成大量入超，國民經濟每年損失五億元至十億元。所收之關稅絕大部分償還庚子賠款、甲午賠款、外債和大部分內債，剩下的錢叫做關余。這關余由總稅務司扣除海關經費外，解交北京政府。孫中山先生第一次回粵任大元帥時，即于一九一八年春令外交部長伍廷芳交涉將廣東海關收入按比例應得之關余交與軍政府使用。經伍部長與北京公使團交涉，從一九一九年六月起，按全國關余百分之十三的比例，撥交廣東軍政府。自一九一九年六月一日至一九二○年三月二十九日伍廷芳離粵時止，共收入關余三百九十萬元。當時岑春嬧任軍政府政務總裁主席，有降北企圖，伍廷芳反對降北離粵，並將軍政府積存未用的關余一百八十五萬元提出帶滬（此款大約交付孫中山為駐閩粵軍準備回粵討伐桂係軍閥的軍費）。此項關余係在伍離職後由粵海關撥交廣州軍政府，由其財政部長陳錦濤接收，直到一九二○年十月底，粵軍克復廣州，岑春嬧逃滬時繼續撥交。此後到孫中山二次回粵（一九二○年十一月底），粵海關即拒不撥付，藉口岑春嬧于一九二○年十月二十四日通電聲明南北統一，廣東軍政府取消，故關余應撥交北京政府。到一九二一年，在廣東應得的關余積有二百五十萬元，經美國駐華公使克蘭促北京公使團將此二百五十萬元劃歸北京政府，一直到中山三次回粵（一九二三年二月），此項關余迄未撥交粵府。查全國海關收入，一九二三年總收入為八千八百萬元，一九二四年總收入為一億二千一百萬元，關稅應付債務（包括賠款、外債和國內公債）為九千一百五十萬元，關余為二千九百五十萬元，按百分之十三比例，粵政府應分得關余三百八十三萬元。所謂百分之十三，是指兩廣內九個海關即粵海關、江門關、三水關、九龍關、拱北關、潮海關、瓊海關、梧州關、龍州關的收入，合計佔全國各海關（包括兩廣九關）總收入的百分之十三。但關稅每年總收入不同，其所負債務，亦每年不同，故關余數目亦每年不同。
孫中山三次回粵後，迭令外交部長伍朝樞向海關交涉，未得要領，遂于是年（一九二三年）十一月五日令外長伍朝樞照會北京東交民巷公使團，指出關稅余款全屬中國內政問題，非列強權限所能及，要求將關余按百分之十三點七的比例按月攤分交與本政府收用，並將民國九年（一九二○年）三月以後西南應得的積存關余，一並交與本政府，請貴使團轉知總稅務司遵照辦理……。公使團沒有答復。又于是月二十三日再照會北京公使團，催其立即按前照會要求辦理，否則即派員接收粵海各關，改為自由商埠。並于是月二十四日命令廣州稅務司：“本政府轄境內各海關所收關稅除按比例償還外債及賠款外，應由本府以命令支付，不得違抗，否則，即派員接收海關。……”
十二月一日，北京公使團集議決定訓令廣州領事團，如廣東政府強提關余，即以武力對付。十二月三日，總稅務司安格聯亦訓令廣州稅務司拒絕粵府要求。十二月五日，北京公使團令美、英、日、法、意、葡各國軍艦，開入廣州白鵝潭示威，由美使舒爾曼統率。舒爾曼在十一月對華北美僑協會演說稱：“西南對于外人之利益及條約義務頗為蔑視，西南方面民性特殊，足以為中國政治統一之障礙。廣州若得關余一部，將延長中國內亂。國務院（指美國國務院）認為列強對關余之一致，實為必要。除北京政府外，美政府不與任何方面接洽。”
孫中山于十二月二十五日再令外交部長伍朝樞命令廣州稅務司限兩星期內交出西南應得之關余，同時派羅桂芳為粵海關監督，準備到期接收廣州稅務司。
帝國主義者見孫中山強硬不屈，尤其是英帝怕香港海員罷工和普遍抵制英貨，遂授意廣州英總領事出面調處，答應關余照撥，但須作為整治廣東西江河道之用。這是以此遮羞，孫中山亦不反對。美國公使舒爾曼見英國已屈服，亦不堅持其主張，且以調人自居，率各國軍艦離開廣州。這是孫中山與帝國主義鬥爭的第一次勝利。
廣州商界一向有自己的武裝組織，叫做商團。在初辦時原為維持治安與警察分工，可以補助警察力量。孫中山曾于一九二三年對商團演講，要他們參加革命，不要脫離政治，獨樹一幟。但買辦陳廉伯、陳恭受等卻受英帝國主義者指使，利用商團反抗革命政府，企圖叛變。一九二三年五月，廣東省長楊庶堪擬徵收廣州鋪底捐，以充軍餉，廣州商團竟鼓動商人罷市，楊省長依照商人要求，準予緩和。因此，商團認為革命政府軟弱可欺，積極謀叛。陳廉伯等即于一九二四年六月集資百余萬元（其中大部分是匯豐銀行借款），向外國購買大批槍械子彈，擬分三批運入廣州為謀亂之用。八月五日向廣東政府請領槍械入口護照，當時聲明此護照槍械在領照日四十日之後到五十日之間進口。但八月十日即有丹麥輪船“哈佛”進口，經海關查報有步槍八千余支，子彈五十萬發，即被政府扣留。商團提出護照申請發還，但該護照是聲明四十日後進口，今距領護照只有五日，顯然不符。又該護照寫明進口步槍四千八百五十支，子彈一百十五萬發，亦與“哈佛”輪所載槍枝數目不合，這是陳廉伯等企圖偷運入口的第一批軍火，原護照則作為第二批進口之用，不料第一批被查出，便企圖以護照抵賴。他們煽動商人于八月十四日向大元帥府請願發還。經孫中山親自接見，提出對這批槍械入口的三個疑點：第一是護照聲明要四十天之後才到廣州，今五天就到了，說明這批槍枝不是商團的，而是別人偷運的；第二是商人所買槍之外，還有許多槍；第三是商團只有一千多人，買八九千枝槍，有何用處。你們說槍不發回就要罷市，是向政府要挾。孫中山聲明：“只要這些槍沒有別的黑幕，可以發還。”商人對孫中山答復，頗為滿意，次日沒有罷市。但廣州陳廉伯、佛山陳恭受等繼續煽動，要求立即發還。八月十五日成立全省商團聯防總部並舉行提燈大會慶祝。八月二十日廖仲愷省長布告陳廉伯私運軍火，煽惑罷市，奉令通緝歸案究辦。二十一日佛山罷市，商團總部遷佛山，二十五日廣州及附近一百三十八埠同罷市。孫中山令“寶壁”等艦，向商團集中地點西關開炮，英國駐廣州總領事竟于八月二十九日照會軍政府聲稱：“奉香港海軍總司令訓令，倘中國當局對城市開炮，所有一切可用的英國海軍隊應立即行動。”廣州沙面領事團亦提出抗議說，要“抗爭對一無防禦的城市開炮的野蠻舉動”。孫中山對此極為憤怒，即于九月一日發表“為廣州商團事件對外宣言”，指出“今將開始一時期，為努力推翻帝國主義之幹涉中國，掃除完成革命之歷史的工作之最大障礙”。同時發出“向麥克唐納政府抗議書”。當時廣東工人、農民團體及學生聯合會、新學生社等群眾團體，都主張請政府解散商團。國民黨左派廖仲愷等亦力主強硬對待，惟右派胡漢民、鄒魯等力主妥協，而駐粵滇軍范石生、廖行超等和粵軍李福林等則暗中與商團勾結，主張令商團報效若幹萬軍費，將槍械發還。他們提出調停辦法若幹條：1．陳廉伯表示擁護政府，取消通緝；2．商團改組，受政府節制；3．商團槍枝發還，由商團領槍時報效軍費五十萬元；4．商界復業，各軍回防。這四條由胡漢民接受。九月十五日陳廉伯通電擁護政府，十八日政府下令赦免陳廉伯，經調人商妥由商人先交二十萬元，發還四千槍枝，于雙十節交付。誰料陳廉伯等陰謀于雙十節領到槍枝後即行叛變。他們預雇匪徒三千余人，冒穿商團制服，于領到槍枝四千和子彈十萬發以後，即舉行武裝示威遊行，開槍打死當天慶祝國慶雙十節的農團軍、工團軍和市民、學生數十人，其中理發工人被打死後，刨肝剖肺，砍頭斷腳，拿到沿街示眾，慘無人道。他們把廣州全市的槍校在西關集中，架天橋，築炮臺，用鐵柵門分鎖各街道，把廣州市分成城內和西關兩部分，城內為政府機關，西關為商團勢力范圍。到十月十四日晚，凡接近政府各機關的高當鋪，都由商團兵登樓，居高臨下，開槍轟打政府機關，一夜打到天明。幸政府軍早調粵軍許崇智一旅和吳鐵城一團由東江趕回，即由胡漢民下令于十五日早晨攻打商團，只數小時即將此烏合之眾擊敗，紛紛繳械，陳廉伯等逃往沙面由英艦庇護赴港。
八、與各地方實力派周旋
孫中山南下護法時，支持孫中山的號稱西南五省，即粵、桂、滇、黔、川，後來又增閩、湘、鄂三省，為護法八省。但這八省並不完全接受孫中山領導，或陽奉陰抗，或立于敵對地位。
首先是雲南軍閥唐繼堯。唐繼堯是進步黨蔡鍔舊部，在護國之役中任軍務院總軍長。唐軍分駐滇、川、黔三省。一九一七年黎元洪解散國會後，唐與貴州督軍劉顯世于八月十一日通電擁護約法，宣告自主，廣東非常國會選舉唐為元帥，唐不就職。是年十一月，在川的滇、黔軍聯合川軍推唐為滇、黔、川靖國軍聯軍總司令。唐不稱護法軍而稱靖國軍，即在與孫中山立異，不甘心居孫之下，而欲與孫爭西南的領導。他又與趙恆惕、陳炯明勾結，提倡聯省自治。一九一八年一月二十日陸榮廷等組織西南各省自主聯合會，唐亦派李宗黃代表參加，與北洋軍閥李純等亦有代表來往。他派出顧品珍、趙復祥兩軍入川，與川軍盧師諦、呂超等聯合倒熊克武，于一九二○年七月一日佔領成都。熊克武與劉湘等提出“川人治州”口號，于九月八日恢復成都。趙復祥戰死，顧品珍即回滇倒唐。于一九二一年二月七日攻入昆明，唐繼堯迷蒙自轉赴香港。孫中山是年五月在廣州就總統職，邀唐繼堯到廣州共商北伐大計，任唐為滇、黔、贛聯軍總司令，以蔣尊簋、李友勳、龍雲、谷正倫、胡瑛為第一、二、三、四、五路司令，歸唐統率。唐表面應允參加北伐，但其內心只想回滇倒顧，托詞赴港，一去不返。是年八月孫中山任命顧品珍為北伐軍滇軍總司令，詎料唐繼堯于一九二二年一月十八日竟設滇軍總司令部于廣西柳州，準備回滇倒顧。孫中山派耿毅、龔師曾到柳州，勸唐中止回滇，合力北伐，唐不但不聽從，反欲將參加北伐的滇軍楊益謙等部勾引出去，供其回滇討顧之用，孫乃將受唐運動的滇軍旅長楊益謙免職，令胡師舜繼任。並于二月二十三日下令滇、黔、贛各軍制止唐返滇。唐于是年三月二十四日重返昆明，顧品珍戰死。一九二三年三月唐派其弟繼虞攻黔，驅逐袁祖銘，于三月十五日佔領貴陽，唐任命繼虞為貴州軍務督辦，劉顯世為省長。一九二三年直奉戰爭後，唐于六月二十九日通電主張召開聯省會議，組織聯省政府，這是向北廷討價還價。一九二四年八月孫中山決定北伐，推唐為副元帥兼川滇黔聯軍總司令，曾兩發真電，促唐就職，均未得復。所以孫中山于是年對滇軍演說，批評唐“只知升官發財，不顧國家和朋友”，自是確論。
孫中山常召集駐粵滇軍楊希閔部講演，進行軍人精神教育。有幾次講演，如一九二三年二月二十一日“和平統一化兵為工”的講演，十二月二日“打破舊思想要用三民主義”的演說，均有滇軍參加。而一九二四年三月二十四日“革命成功始得享用國民幸福”的演說，則是專對滇軍講演的。要滇軍立大志救國救民，不要升官發財，真是苦口婆心，誨人不倦，把滇軍當子弟看待。而滇軍將領死不覺悟，竟有兩個師長楊如軒、楊池生受吳佩孚收買，于一九二三年七月十六日背叛，孫中山乘機廢除滇軍總司令職，改編滇軍為直轄一、二、三、四軍，以楊希閔、范石生、蔣光亮、朱培德為軍長。楊希閔終懾于孫中山革命魄力，在孫中山健在的時候，不敢謀叛。孫中山逝世後即在廣州謀亂，為黃埔學生軍殲滅。
因楊、劉兩軍霸佔廣東稅收機關，以致廣東軍政教育各費十分困難。孫科在一九二三年至一九二四年之間任廣州市長，拍賣廣州各大姓宗祠的祠產，並開徵筵席捐及花捐（即指妓女捐），實非得已。我于一九二三年八月出席全國學聯大會，曾親聽大本營財政部長葉恭綽和廣東省長廖仲愷對廣東軍政府財政鬥爭的艱巨情況有所說明，全國學聯因此曾建議請孫中山組織正式中央政府，復任總統，截留關余備用。
此外，粵軍黃大偉部亦反復無常。黃是黃破人，留學比利時時加入同盟會。一九二一年出發廣西時，在廣州車站用湖北話罵孫中山為“孫大炮”。一九二二年孫中山電令改編駐閩粵軍為東路討賊軍，以許崇智為總司令，黃大偉為第一軍長。黃不甘居許下，不服從許令，孫中山派蔣介石邀其赴滬。黃大偉竟加入陳炯明叛軍，反對孫中山。
貴州督軍劉顯世原為憲政黨人，後與袁世凱勾結取得貴州都督。護法之役，迫于大勢所趨，加入護國軍。一九一七年督軍團作亂，劉仰承唐繼堯鼻息，隨唐通電擁護約法。在桂係軍閥迫孫中山下臺時，劉依違兩可，故桂係卵翼下的廣州非常國會于一九二○年五月四日選劉顯世為總裁，而在昆明集合的非常國會亦于是年八月十四日選劉為總裁，他都未就職。一九二○年十一月十三日，貴州軍人盧燾進佔貴陽倒劉，劉通電辭職。盧燾繼任黔軍總司令，于二十二日通電擁護的法與西南一致行動。袁祖銘組定黔軍于一九二二年四月三日驅逐盧燾，自為黔軍總司令，通電擁護孫中山，但又接受北延任命。一九二三年三月十二日，劉顯世藉滇軍之力驅袁祖銘，復任省長。唐繼堯派其弟唐繼虞為貴州軍務督辦。一九二四年劉顯世之弟劉顯潛繼任貴州省長，曾派代表張瑞麟（獻書）到韶關晉見孫中山，聲稱願效馳驅，孫中山復電嘉許。（南京共和書局出版的中山全書第四冊內載孫中山致劉顯世電，實是致劉顯潛電之誤。因電文上稱如淵先生，劉顯世字如舟，如淵為劉顯潛之字。）
四川軍人最為復雜，故孫中山與之鬥爭亦最錯綜。護法時，四川有舊川軍，如陳洪范、劉湘、劉成勳等，有新州軍如熊克武、但懋辛、向傳義、呂超、石青陽、顏德基、黃復生、盧師諦等。新川軍為國民黨接近的軍隊，但其中分為熊克武派，楊庶堪、謝持派，還有依附北洋軍閥之劉存厚及由滇軍倒戈加入川軍的楊森。
在護國之役中，蔡鍔為四川督軍。蔡死後由羅佩金繼任，戴勘為省長。因戴是進步黨員，段祺瑞任戴為四川督軍兼省長。在督軍團作亂時，四川軍人驅逐戴勘，北京政府卻任周道剛為川督，繼改任劉存厚。孫中山回粵護法，派楊庶堪等人入川，策動四川軍人響應護法。四川新舊軍人聯合滇軍于一九一八年二月驅逐劉存厚川軍，推熊克武為四川靖國軍總司令。孫中山任命熊克武為四川督軍，楊庶堪為四川省長，改編新舊川軍為六個師兩個混成旅。因熊、楊不合，楊派軍人盧師諦等聯合滇軍倒熊，熊于一九二○年七月十一日退出成都。熊與劉湘、劉存厚聯合，于九月八日克復成都。熊于是年十二月三十一日聲明辭職，推劉湘為川軍總司令兼省長。一九二一年一月八日，劉湘等通電宣布自治。旋川軍二戰，于一九二二年七月十二日改推劉成勳為川軍總司令，十二月二日四川省議會選劉成勳為省長。一九二三年七月孫中山任命熊克武為四川討賊軍總司令，熊于十月十六日攻下重慶。但舊川軍劉湘、劉存厚、楊森都受北洋軍閥役使，合力攻熊，熊于一九二四年退入黔邊銅仁。孫中山任命熊克武為北伐軍川、滇、黔聯軍前敵總可令。
九、反對聯省自治派趙恆惕
自一九一七年六月黎元洪解散國會，孫中山在粵成立軍政府後，南北兩府相持數年，而南北兩方內部，又有爭奪政權和地盤的混戰。因此，章太炎（炳麟）及一部分國會議員褚輔成、殷汝驪等倡聯省自治之說，主張各省自定憲法，實行自治，再由自治各省聯合組織，以免大軍閥盤踞中央，釀成循環戰爭。各省小軍閥及欲割據一省稱王的人，都表示讚同。一九二○年九月，章太炎等到達昆明，鼓吹聯治。褚輔成等于十一月六日在北京成立各省自治聯合會。而五四運動右翼胡適，亦在《努力周報》上鼓吹聯省自治。
湖南督軍譚延獧于十一月二日宣布湖南自治，于同月二十三日被其師長趙恆惕驅逐，趙自為湖南總司令，林文字為省長。一九二一年一月八日，四川劉湘通電宣布自治。二十八日，貴州盧燾通電實行自治。四月七日廣東國會選舉孫中山為總統，趙恆惕通電反對。八月十一日趙恆惕通電主張各省制憲，他聘請王正廷、李劍農、黃士衡等七人起草省憲法，于十二月十一日交全省公民總投票表決通過，于一九二二年一月一日公布，旋當選為湖南省長。陳炯明為反對孫中山北伐，亦主張聯省自治，曾于一九二一年派代表鄧伯偉與趙恆惕勾結，拒絕孫中山假道湖南北伐。孫中山主張革命的統一，反對割據的聯省自治，因此與聯省自治派展開鬥爭。雲南軍閥唐繼堯，于一九二二年六月二十九日通電主張聯省自治，與趙恆惕、陳炯明相呼應。一九二三年七月六日湖南蔡鉅猷在湘西獨立，派劉欽彝、田鎮藩、周朝武分三路進攻趙恆惕。七月二十六日，孫中山派建設部長譚延獧回湘，任譚為湖南省長兼湘軍總司令，譚于八月六日到衡陽就職，與蔡鉅猷合力攻趙，趙恆惕于八月十九日組護憲軍自任總指揮，派唐生智、賀耀組、劉鉶、葉開鑫、陳渠珍、唐榮陽、楊源濬七人為七路司令抗譚。譚部朱耀華旅于九月一日攻佔長沙，趙退醴陵，乞援吳佩孚，吳派馬濟率北軍援湘，譚部于十一月十四日退出湘境。譚此次入湘，雖未能打倒趙恆惕，但將湘軍魯滌平一師及謝國光、吳劍學、陳嘉佑各旅帶到廣東，其時正值陳炯明軍進攻廣州，湘軍于十一月十八日趕到廣州擊退陳軍。趙恆惕經此一役，便揭開聯省自治假面具，投降吳佩孚，接受由吳佩爭派來的督促修改省憲的代表符定一，于年底修改省憲法，以適應吳佩孚武力統一的要求。一直到大革命的前夕，才被其部下唐生智所驅逐。
十、北上討伐軍閥曹錕、吳佩字未成
孫中山在滬時，張作霖派代表楊宇霆，段祺瑞派徐樹錚，浙督盧永祥派其子盧小嘉到滬謁見孫中山，商定孫、段、張合作辦法。由北伐軍許、黃等部，會同徐樹錚舊部、在福建延平的王永泉旅合攻原為皖係後投直係的閩督李厚基，其後由徐、王協助許、黃回粵討伐陳炯明。孫中山派孫科偕同盧小嘉至天津與段子段宏業、張子張學良會晤，為孫、段、張三角同盟進一步聯係，即世所稱“四公子會議”，時為一九二三年十一月。
孫中山于一九二三年二月回粵以後，為實踐“引咎辭職”及和平統一宣言，僅以大元帥名義辦理粵省善後，但曹、吳仍處心積慮與孫中山為敵。三月七日曹錕代表項致中、吳佩孚代表李悼章同赴北京，迫張紹曾內閣任命沈鴻英督粵，張閣終于三月二十日令沈督粵，令孫傳芳督閩，並分任叛軍陳炯明、鐘景棠為廣東陸軍第一、二師長，任林虎為潮梅護軍使兼粵軍總指揮，任黃業興、王定華為粵軍旅長，以擾亂廣東。以致沈鴻英于四月叛攻廣州，陳軍于五月進犯博羅、增城。孫中山一面討伐沈、陳叛軍，一面于七月底派譚延獧入湘驅趙，為北伐曹、吳作準備。
一九二三年六月，曹、吳授意馮玉祥等，逼走黎元洪。孫中山于六月二十九日發表宣言，譴責直係軍閥暴行。一九二三年十月五日，曹錕賄選偽總統告成，孫中山于九日通電全國討伐曹錕及通緝選曹議員，並電段祺瑞、張作霖、盧永祥一致行動。一九二四年秋浙江盧永祥、上海護軍使何豐林，聯合攻打江蘇齊燮元。孫中山于九月五日開軍事會議，組織北伐軍，以譚延獧湘軍和樊鐘秀豫軍為主力，配合原駐韶關的趙成梁滇軍集中韶關，取道江西北伐，任譚延獧為北伐軍總司令，九月十三日率譚延獧、吳鐵城等赴韶關誓師，于九月十八日公布北伐宣言和三道大元帥令，指出北伐以打倒軍閥和廢除不平等條約為號召，言明北伐之目的“不僅在推倒軍閥，尤在推倒軍閥所賴以生存之帝國主義，……以造成自主獨立國家”。嗣因帝國主義唆使買辦商團作亂，致北伐延期，浙江盧永祥不久亦敗北，故北伐限于文字宣傳而已。
一九二三年一月，蘇俄代表越飛到滬，與孫中山協定四條，孫中山決計以俄為師，改組國民黨，實行聯俄、聯共、扶助農工三大政策。孫中山在勵行新政策中，遭到黨內各種派別的反對。首 先是老同志鄧澤如、居正、謝持、鄒魯、罩振等，其次是當時任 廣州機器工會負責人馬超俊等和部分國會議員徐清和等。尤其是孫中山的老幹部胡漢民、汪兆銘、胡毅生、古應芬、朱卓文等人，他們都是反對或不大讚成三大政策的。孫中山致蔣介石的通信中曾說，以俄為師，漢民、精衛不能降心相從。蔣介石當時也曾不實行孫中山所定軍隊編制辦法和對蘇援助槍支分配辦法。這些人在孫中山在世時尚不敢反對。但在中山逝世後，林森、居正、鄒魯、謝持、罩振、沈定一、茅祖權、傅汝霖等即于一九二五年十一月二十三日在北京西山碧雲寺開所謂第四次中央全體會議，議決取消共產黨員在國民黨的黨籍。
一九二四年十一月十日，中山發表北上宣言，說明“國民革命之目的，在造成獨立自由之國家”，仍重申打倒軍閥，打倒帝國主義，取消不平等條約的主張，而力主開國民會議為達到反帝和建設獨立、自由、統一的國家的目的。十一月十九日在上海住宅招待新聞記者時，更明白指出“中國兩個禍根，一個是軍閥，一個是帝國主義”，必須“打倒帝國主義”，中國才能統一富強。
在中山到達上海之前，英國《字林西報》即著論說孫中山不宜在上海搞政治活動，又《大陸報》于十一月十九日發表“條約神聖”一文，反對廢除不平等條約。孫中山即在上海記者招待會上申斥他們。他說：“上海是我們中國的領土，我是這兒的主人，……無論什麼政治運動，我都可以做。”
中山到天津後，段祺瑞發表“外崇國信”的宣言，孫中山對段祺瑞的代表許世英、葉恭綽說：“我將來在國民會議席上要聲討段祺瑞。”他在病中反對善後會議，彌留前又對汪精衛說：“不要被敵人軟化。”這個“敵人”就是帝國主義。他在遺囑中諄諄以“求中國之自由平等”和“開國民會議及廢除不平等條約”，勉勵其黨員繼續奮鬥。在致蘇聯遺言中，尤致意于“希望國民黨在完成其由帝國主義制度解放中國及其他被侵略國之歷史工作中，與你們共力合作”。
由此可見孫中山晚年與帝國主義鬥爭的決心和魄力。
注 釋：
Ｋ本文係作者范體仁生前根據孫中山大元帥府參議周鰲山、民國元年眾議院議員李錡以及本人所掌握的材料綜合而成。作者曾以《新民國雜志》記者身份出席旁聽中國國民黨第一次全國代表大會。
（來源：孫中山紀念館網站）
編輯：齊曉靖
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