《海峽西岸科技協作聯盟協議書》提出：構建科技協作聯盟是福建省發揮對臺區域優勢，加強海峽西岸省市科技資源整合，夯築對臺前沿科技交流協作平臺的重要舉措。８省市科技行政部門議定從以下方面加強海峽兩岸科技交流協作：

　　密切海峽兩岸的學術交流，科技部和福建省每年定期舉辦“海西科技論壇”，探索建立海峽兩岸科技人員和科技管理人員交流、柔性流動的有效機制，鼓勵聯盟成員共同與臺灣開展科技合作、考察。

　　研究建立海峽西岸經濟區域與臺灣科技資源合作共用機制，探索建立對臺區域産業技術重點研發基地，組織開展區域産業的重大共性、關鍵性技術聯合攻關。

　　促進海峽兩岸科技産業對接，針對臺灣電子技術、生物技術、機械製造、農業産業等在國際上具有較強競爭力的優勢，加強海峽西岸經濟區域與臺灣産業對接。推進科技資源開放與共用，共同建設海峽西岸經濟區域科技資訊資源共用服務平臺。聯合舉辦科技博覽會、交易會、項目推介會等。