臺灣固東番之地，越在南紀，中倚層巒，四面環海，荒古以來，不通人世。土番魋結，千百成群，裸體束腰，射飛逐走，猶是遊牧之代。以今石器考之，遠在五千年前，高山之番，實為原始。而文獻無徵，搢紳之士固難言者。按史秦始皇命徐福求海上三神山，去而不返。又曰，自齊威、宣、燕昭使人入海，求蓬萊、方丈、瀛洲。此三神山者，其傳在渤海中，去人不遠，患且至，則船風引而去，蓋嘗有至者，諸仙人及不死之藥皆在焉。其物禽獸盡發，而黃金銀為宮闕。未至，望之如雲，及到，三神山反居水下。臨之，風輒引去，終莫能至雲，世主莫能甘心焉。及至秦始皇並天下，至海上，則方士言之，不可勝數。始皇自以為至海上，而恐不及矣，乃使人齊童男女，入海求之。船交海中，皆以風為解。曰未能至，望見之焉。或曰，蓬萊、方丈為日本琉球，而臺灣則瀛洲也。語雖鑿空，言頗近理。蓋以是時航術未精，又少探險海外，飄渺虛無，疑為仙境，陋矣。臺灣與日本琉球，鼎立東海，地理氣候，大略相同。山川美秀，長春之花，不黃之草，非方士所謂仙境也歟？徐福有來臺灣，今雖無可確證，而五百男女之散處日本琉球者，後嗣不絕。然則秦時男女或有往來臺灣者，未可知也。或曰，澎湖則古之方壺，而臺灣為岱員，于音實似。《列子？湯問》：“夏革曰：渤海之東，不知幾億萬里，有大壑焉，實維無底之谷，其下無底，名曰歸虛。……其中有五山焉：一曰岱輿，二曰員嶠，三曰方壺，四曰瀛洲，五曰蓬萊。其山高下週旋三萬里，其頂平處九千里。山之中間相去七萬里，……而五山之根無所連著，常隨潮波上下往還，不得暫峙焉。仙聖毒之，訴之於帝。帝怒，流於西極，失群聖之所居，乃命禺疆，使巨鰲十五，舉首而戴之，迭為三番，六萬歲一交焉，五山始峙而不動。”夫澎湖與臺灣密邇，巨浸隔之，黑流所經。風濤噴薄，瞬息萬狀，實維無底之谷，故名落漈。又有萬水朝東之險，而言風輒引去也。臺灣之山有高至海拔一萬三千六百餘尺，為東洋群山之特出者，長年積雪，其狀如玉，故曰望之如雲也。或曰，臺灣為古之東鳀，《後漢書？東夷傳》曰：“會稽海外有東鳀人，分為二十余國。又有夷洲及澶洲。傳言秦始皇遣方士徐福將童男女數千人入海，求蓬萊神仙，不得，徐福畏誅，不敢還，遂止此洲。……會稽東冶縣人有入海行，遭風流移至澶洲者，所在絕遠，不可往來。”然則臺灣之為瀛洲，為東鳀，澎湖之為方壺，其説固有可信，而澎湖之有居人，尤遠在秦、漢之際。或曰，楚滅越，越之子孫遷于閩，流落海上，或居於澎湖。是澎湖之與中國通也已久，而其見於載籍者，則始於隋代爾。
《海防考》曰：“隋開皇中，嘗遣虎賁陳棱略澎湖地。其嶼屹立巨浸中，環島三十有六，如排衙。居民以苫茅為廬舍，推年大者為長，畋漁為業。地宜牧牛羊，散食山谷間，各氂耳為記。棱至撫之，未久而去。”是為中國經略澎湖之始，而亦東入臺灣之機也。當是時，宇內既平，南北混一，聲靈所布，訖于南蠻。而澎湖地近福建，海道所經，朝發夕至，漳、泉沿海之黎民早已來往，耕漁並耦，不侵不釁，幾為熙皞之世。唯是書所言，頗有錯謬。陳棱之拜虎賁，事在大業三年，而此為開皇中，相去幾十余載，豈為追述之辭？若其經略臺灣，則詳于《隋書》之《琉求傳》也。其傳曰：“流求國在海中，當建安郡東，水行五日而至。土多山洞。其王姓歡斯氏，名渴剌兜。不知其由來有國世數也。彼土人呼之為可老羊，妻曰多拔荼。所居曰波羅檀洞，塹柵三重，環以流水，樹棘為藩。王所居舍，其大一十六間，琱刻禽獸。多鬥鏤樹，似橘而葉密，條纖如發之下垂。國有四五帥，統諸洞，洞有小王。往往有村，村有鳥丫帥，並以善戰者為之，自相樹立，主一村之事。男女皆以白紵繩纏發，從項後盤繞至額。其男子用鳥羽為冠，裝以珠貝，飾以赤毛，型制不同。婦人以羅紋白布為帽，其形方正。織鬥縷皮並雜毛以為衣，制裁不一。綴毛垂螺為飾，雜色相間，下垂小貝，其聲如珮。綴珰施釧，懸珠于頸。織藤為笠，飾以毛羽。有刀、弰、弓、箭、劍、鈹之屬。其處少鐵，刃皆薄小，多以骨角輔助之。編紵為甲，或用熊豹皮。王乘木獸，令左右輿之而行，導從不過數十人。小王乘機，鏤為獸形。國人好相攻擊，人皆驍健善走，難死耐創。諸洞各自為部隊，不相救助。兩陣相當，勇者三五人出前跳躁，交言相罵，因相擊射。如其不勝，一軍皆走，遣人致謝，即共和解。收取鬥死者聚食之，仍以髑髏將向王所。王即賜以冠，使為隊帥。無賦斂，有事均稅。用刑無常準，皆臨事科決。犯罪皆斷于鳥丫帥，不服，則上請於王，王令臣下共議定之。獄無枷鏁，唯用繩縛。決死刑以鐵錐，大如筋，長尺余，鑽頂殺之。輕罪用杖。俗無文字。望月盈虧，以紀時節。候草本榮枯，以為年歲。其人深目長鼻，頗類于胡，亦有小慧。無君臣上下之節，拜伏之禮。父子同床而寢。男子拔去髭須，身上有毛皆除去。婦人以墨黥手，為蟲蛇之文。嫁娶以酒珠貝為聘，或男女相悅，便相匹耦。婦人産子，必食子衣。産後以火自灸，令汗出，五日便平復。以木槽中暴海水為鹽，木汁為酢，釀米曲為酒，其味甚薄。食皆用手。偶得異味，先進尊者。凡有宴會，執酒者必待呼名而後飲。上王酒者，亦呼王名。銜杯共飲，頗同突厥。歌舞蹋蹴，一人唱，眾皆和，音頗哀怨。扶女子上膊，搖手而舞。死者氣將絕，輿至庭前，親朋哭泣相吊。浴其屍，以布帛纏縛之，裹以葦草，襯土而殯，上不起墳。子為父者，數月不食肉。其南境風俗少異，人有死者，邑裏共食之。有熊羆豺狼，尤多豬雞，無牛羊驢馬。厥田良沃，先以火燒，而引水灌。持一插，以石為刃，長尺余，闊數寸，而墾之。土宜稻、粱、禾、麥、麻、赤豆、胡黑豆等，木有楓、栝、樟、松、栝、楠、楩、梓、竹、藤，果藥同於江表，風土氣候與嶺南相類。俗祀山海之神，祭以肴酒。戰鬥殺人，便將所殺之人祭其神。或倚茂樹起小屋，或懸髑髏于樹上，以箭射之。或累石係幡以為神主。王之所居，壁下多聚髑髏，以為佳。人間門戶上必安獸類骨角。大業元年，海師何蠻奏言，每春秋二時，天清風靜，東望依稀，似有煙霧之氣，亦不知幾千里。煬帝令羽騎尉朱寬入海訪異俗，何蠻言之，遂與蠻同往，因到流求。言語不通，掠一人而反。明年，帝復令寬慰撫之，不從，寬取其甲布而還。時倭國使來朝，見之曰，此夷邪久國人所用，帝遣虎賁陳棱、朝請大夫張鎮州率兵，自義安浮海，至高華嶼。又東行二日，至{句黽}鼊嶼。又一日便至流求。初，棱將南方諸國人從軍，有崑崙人頗解其語，遣人慰諭之，流求不從，拒逆官軍。梭擊走之，進至其都，焚其宮室，載軍實而還。自爾遂絕。”其《陳棱傳》曰：“大業三年，拜虎賁中郎將。後三歲，與朝請大夫張鎮州發東陽兵萬餘人，自義安泛海，擊流求國，月余而至。流求人初見船艦，以為商旅，往往詣軍中貿易。棱率眾登岸，遣鎮州為先鋒。其主歡斯渴剌兜遣兵拒戰，鎮州頻擊破之。棱進至低沒檀洞，小王歡斯老模率兵拒戰，棱擊破之，斬老模。其日霧雨晦冥，將士皆懼，棱刑白馬祭海神。既而開霽，分為五軍，趨其都邑。渴剌兜率眾數千逆拒，棱又遣鎮州為先鋒，擊走之。乘勝逐北，至其柵，渴剌兜背柵而陣。棱盡銳擊之，從辰至未，苦鬥不息。渴剌兜自以軍疲，引入柵。棱遂填塹，攻破之，斬渴剌兜，獲其子島槌，虜男女數千而歸。”《閩書》亦曰，福州之福盧山，當隋之時，曾掠琉球五千戶置此，尚有其裔。是琉球者臺灣之古名，今之琉球古曰沖繩，至明初方通中國，與前所謂琉球實為二地。《蓉洲文稿》曰，臺灣海中番島，考其源，則琉球之餘種，自哈喇分支。近通日本，遠接呂宋，控南澳，阻銅山，以澎湖為外援。哈喇之音似為渴剌。而波羅檀之地今在何處，或以為葫蘆墩，于音相近，或以為瑯琊之部落。當隋之時，大安、大甲兩溪匯合一流，濁水以北，猶巨海也。波羅檀為海濱高原，王都於是，以固險也。故自《隋書》以至宋、元所言之琉球，多屬臺灣。仁壽三年八月，商人欽良暉歸自日本，與倭僧圓珍同船，為北風漂至琉球，見岸上數十人，各執刀戈，良暉大驚，圓珍力祈不動尊。”既而風回，乃至福建。是為華人發見臺灣之始，而早于陳棱之征伐者四年。
唐貞觀間，馬來群島洪水，不獲安處，各駕竹筏避難，漂泊而至臺灣。當是時，歡斯氏遭隋軍之後，國破民殘，勢窮蹙。馬人乃居於海澨，以殖其種，是為外族侵入臺灣之始。故《臺灣小志》曰，生番之語言，出自馬來者六之一，出自呂宋者十之一，迤北十七村多似斐利賓語。説者謂自南洋某島遷來，其言近似。而統一之者為卑南王，王死之後，各社分立，以至今日。及唐中葉，施肩吾始率其族遷居澎湖。肩吾汾水人，元和中舉進士，隱居不仕，有詩行世。其《題澎湖》一詩，鬼市鹽水，足寫當時之景象。而終唐之世，竟無與臺灣交涉也。歷更五代，終及兩宋，中原板蕩，戰爭未息，漳、泉邊民漸來臺灣，而以北港為互市之口，故臺灣舊志有臺灣一名北港之語。北港在雲林縣西，亦謂之魍港。當是時，馬人之在臺灣者，族強勢大，遂攘土番而分據南北焉。淳熙之間，琉球酋長率數百輩猝至泉之水澳、圍頭等村，肆行殺掠。喜鐵器及匙筋，人閉戶則免，但刓其門镮而去。擲以匙筋，則頫拾之，見鐵騎則爭刓其甲，駢首就戮而不知悔。臨敵用鏢槍，繫繩十余丈為操縱，蓋惜其鐵而不忍棄也。不駕舟楫，縛竹為筏，急則群舁之，泅水而遁。與那國者沖繩之一島也，昔有長耳國人渡來，掠人為害，與那國人謀防禦，造巨屨，投之海，長耳國人見而驚去。是為臺灣番族侵掠外洋之始，而此為馬人也。其黠者且乘艋舺，渡大海，至呂宋，以物交物，轉貿于高山之番，至今猶有存者。故《宋史》曰：“流求國在泉州之東，有海島曰澎湖，煙火相望。……旁有毗舍耶國，語言不通，袒裸盱睢，殆非人類。”蒙古崛起，侵滅女真，金人泛海避亂，漂入臺灣。宋末零丁洋之敗，殘兵義士亦有至者，故各為部落，自耕自贍，同族相扶，以資捍衛。
元世祖既宅區夏，余威震于殊俗，南洋諸島悉入帡幪。至元十八年，元師伐日本，至九州海上，遇颶熸焉。諸將各擇堅艦遁，至澎湖及臺灣西岸，再遇風，乃歸福建。二十三年，整兵造艦，謀再舉，未發而止。二十八年秋九月，命海船副萬戶楊祥、合迷、張文虎併為都元帥，將兵徵瑠求，置左右兩萬戶府，官屬皆從祥選辟。既又用福建吳志鬥言祥不可信，宜先招諭之，乃以祥為宣撫使，佩虎符，阮鑒兵部員外郎，志鬥禮部員外郎，並銀符，赍詔往瑠求。明年，不得達瑠求而還。夫元之謀伐琉球，蓋欲以扼日本也。故《元史》曰：“瑠求在南海之東，漳、泉、興、福四州界內，澎湖諸島與瑠求相對，亦素不通。天氣清明時，望之隱約，若煙若霧，其遠不知幾千里也。西南北岸皆水，至澎湖漸低，近瑠求則謂之落漈，漈者水趨下而不回也。凡西岸漁舟至澎湖已下，遇颶風發作，漂流落漈，回者百一。瑠求在外夷最小而險者也，漢唐以來，史所不載，近代諸番市舶不聞至其國者。世祖至元二十八年九月，海船副萬戶楊祥請以六千軍往降之，不聽命，則遂伐之，朝廷從其請。繼有書生吳志鬥者，上言生長福建，熟知海道利病，以為若欲收附，且就澎湖發船往諭，相水勢地利，然後興兵未晚也。冬十月，乃命楊祥充宣撫使，給金符，吳志鬥禮部員外郎，阮鑒兵部員外郎，並給銀符，使往瑠求。詔曰：‘收撫江南已十七年，海外諸番，罔不臣屬。唯瑠求邇在閩境，未曾歸附，議者請即加兵。朕維祖宗立法，凡不庭之國，先遣使招諭，來則安堵如故，否則必致征討。今止其兵，命楊祥、阮鑒往諭汝國，果能慕義來朝，存爾國祀，保爾黎庶；若不效順，自恃險阻，舟師奄及，恐貽後悔，爾其慎擇之。’二十九年三月二十九日，自汀路尾澳舟行，至是日巳時，海洋中正東望見有山長而低者，約去五十里。祥稱是瑠求國，鑒謂不知的否。祥乘小舟至低山下，以其人眾，不親上，命軍官劉閏等二百餘人，以小舟十一艘，載軍器，領三嶼人陳煇者登岸。岸上人眾不諳三嶼人語，為其殺死者三人，遂還。四月二日，至澎湖。祥責鑒、志鬥已到瑠求文字，二人不從。明日，不見志鬥蹤跡，覓之無有也。先是，志鬥嘗斥言祥生事要功，欲取富貴，其言誕妄難信，至是疑祥害之。祥顧稱志鬥初言瑠求不可往，今祥已至瑠求而還，志鬥懼罪逃去。志鬥妻子訴于官，有旨，發祥、鑒還福州置對。後遇赦，不竟其事。成宗大德元年，福建省平章政事高興言，今立省泉州，距瑠求為近，可伺其消息，或宜招宜伐，不必它調兵力，興請就近試之。九月，高興遣省都鎮撫張浩、福州新軍萬戶張進赴瑠求國，擒生口一百三十余人而還。”是為中國再略臺灣之事。當是時，澎湖居民日多，已有一千六百餘人，貿易至者歲常數十艘，為泉外府。至元中，乃設巡檢司，隸同安。澎湖之置吏行政自茲始。
明初宇內未平，桀驁之徒，聚為海寇，出入澎湖，以掠沿海。洪武五年，信國公湯和經略海上，議徙澎民于近郭，以絕邊患，廷議可之。二十年，遂廢巡檢，盡徙其人于漳、泉，而墟其地。自是，澎湖遂為海寇巢窟。永樂中，太監鄭和舟下西洋，諸夷靡不貢獻，獨東番遠避不至。東番者臺灣之番也 ，和惡之，率師入臺，東番降服。家貽一銅鈴，俾挂項間，其後人反寶之，富者至掇數枚，是為中國三略臺灣之事。初，和入臺，舟泊赤嵌，取水大井。赤嵌番社名，為今臺南府治，其井尚存。而鳳山有三寶姜，居民食之疾廖，雲為鄭和所遺。則和入臺且至內地，或謂在大岡山。嘉靖四十二年，海寇林道乾亂，遁入臺灣。都督俞大猷追之，至海上，知水道紆曲，時哨鹿耳門以歸。乃留偏師駐澎湖，尋罷之，居民又至。復設巡檢，已亦廢之。道乾既居臺灣，從者數百人，以兵劫土番，役之若奴，土番憤，議殺之。道乾知其謀，乃夜襲殺番，以血釁舟，埋巨金于打鼓山，逸之大年。萬曆二十年，日本伐朝鮮，沿海戒嚴，哨者謂有將侵淡水、雞籠之議。明廷以澎湖密邇，議設兵戍險。二十五年，始設遊兵，春冬汛守，於是澎湖復為中國版土。四十五年，日人入龍門港，遂有長戍之令。初，日本足利氏之末葉，政亂民窮，薩摩、肥前諸國之氓，相聚為盜，駕八幡船侵掠中國沿海，深入閩、浙，而以臺灣為往來之地，居於打鼓山麓，名曰高砂，或曰高山國。高砂為日本播州濱海之地，白沙青松，其境相似，故名。或曰是番社之名也。當是時，日本徵夷大將軍豐臣秀吉既伐朝鮮，謀並臺灣。二十一年十一月，命使者原田孫七郎至呂宋，途次賜書高山國，勸其入貢。書曰：“夫日輪所照臨，雖至海岳山川、草木禽蟲莫不受他恩光也。予際欲處慈母胞胎之時，有瑞夢，其夜日光滿室，室中如晝，諸人不勝驚愕。相士相聚占卜之，曰壯年輝德色于四海，發威光于萬方之奇異也。故不出十年之中，而誅不義，立有功，平定海內，異邦遐陬向風者，忽出鄉國，遠泛滄海，冠蓋相望，結轍于道，爭先而服從矣。朝鮮國者，自往代于本朝，有牛耳盟，久背其約。況又予欲徵大明之日，有反謀，此故命諸將伐之。國王出奔，國城付一炬也。聞信已急，大明出數十萬援兵，雖及戰鬥，終依不得其利，來敕使于本邦肥之前州而乞降。繇之築十個城營，收兵于朝鮮域中慶尚道，而履決真偽也。如南蠻琉球者年年獻土宜，海陸通舟車，而仰予德光。其國未入幕中，不進庭，罪彌天。雖然不知四方來享，分為其地疏志，故原田氏奉使命而發船。若是不來朝，可令諸將攻伐之。生長萬物者日也，枯渴萬物者亦日也，思之不具。”是為日本經略臺灣之始。三十二年，山田長政赴暹羅，途次臺灣，於時日本人在臺日多，或採金于哆啰滿，或寄居小琉球，既復攻雞籠番，脅取其地。明朝憂之，乃增澎湖遊兵。秀吉死，德川家康嗣大將軍，戡軍內亂，圖遠略，獎勵海外貿易。其船之出洋者，給朱印狀以保護之。四十三年，村山等安受高砂渡航朱印狀。等安肥前人，奉景教。家康委以經略臺灣之事，欲利用其教，以收服土番，乃率其子來。家康以兵三千與之，欲取為附庸，然以無援，故不成。先是，中山遣使于明曰，日本有取 臺灣之議。明廷命警備沿海，及是而罷。
天啟元年，海澄人顏思齊率其黨入居臺灣，鄭芝龍附之，事在其傳。於是漳、泉人至者日多，辟土田，建部落，以鎮撫土番，而番亦無猜焉。居無何，思齊死，眾無所立，乃奉芝龍為首。芝龍最少，才冠其群，陸梁海上，官軍莫能抗。朝議招撫，以葉善繼習芝龍，為書招之，芝龍感激歸命。及降，善繼坐戟門，令芝龍兄弟泥首。芝龍屈意下之，而一軍皆嘩，竟叛去。復居臺灣，劫截商民，往來閩、粵之間。六年，泊于漳浦之白鎮，與官軍戰勝，遂趨中左所。中左所者廈門也。督師俞咨皋與戰敗，又佚之，中左人開門納之。崇禎元年九月，率所部降于督師熊文燦，而其黨有留臺灣者。當是時，海寇曾一本、李魁奇先後據澎湖，以侵掠福建，嗣為官軍所滅。
先是，萬曆初，有葡萄牙船航東海，途過臺灣之北，自外望之，山嶽如畫，樹木青蔥，名曰科摩沙，譯言美麗。是為歐人發見臺灣之始。越三十餘年，而荷人乃至矣。荷蘭為歐洲強國，當明中葉，侵奪爪哇，殖民略地，以開東洋貿易之利。萬曆二十九年，荷人駕夾板，攜巨炮，薄粵東之香山澳，乞互市。粵吏難之，不敢聞于朝。當是時，中國閉關自守，不知海外大勢，而華人之移殖南洋者已數百萬，政府且欲禁之。海澄人李錦久居大年，習荷語，其友潘秀、郭震亦賈于南洋者。錦見荷酋麻韋郎曰：“若欲通商，無如漳州，漳州之南有澎湖，南北交通之要地也，誠能踞而守之，則互市不難。”麻韋郎曰：“守土官不許奈何？”曰：“稅使高寀嗜金錢，無遠慮，若厚賄之，必奏聞。得天子一報可，而守土官誰敢抗哉？”錦乃為作書，一移寀及兵備守將，令秀、震赍往。守將陶拱聖大駭，亟白當事，係秀于獄，震懼不敢入。而荷人俟之久，三十七年秋七月，駕二巨艦抵澎湖。時明兵已撤，遂登陸，伐木築屋，為久居計。錦潛入漳州，詭言被獲逃歸。守吏知其事，並下獄，遣使説荷人去澎，不諧。高寀亦令密使周之范往見荷人，説以三萬金饋寀，即許互市。荷人喜，與約。事垂成矣，總兵施德政偵其事，檄都司沈有容將兵往諭。有容負膽智，大聲論辯，荷人心折，曰我從未聞此言，索還所饋金，以貨物贈寀。寀不答。福建巡撫徐學聚亦嚴禁國人下海，犯者誅。錦等旋論死，而荷人亦去澎湖。
天啟二年，荷人再乞互市，不許，遂侵掠沿海。冬十月，荷將以船艦十七艘再至澎湖，據之。澎民數千謀拒守，荷人劫以兵，奪漁舟六百餘，築城媽宮，役死者千三百人。復於風櫃尾、金龜頭、■裏白沙、漁翁諸島，各造炮臺，以防守海道。初，荷人撤退澎湖之時，巡撫南居益上疏，請修防備，未舉而荷人再至，復上疏請逐。天啟三年夏六月，以兵二千入鎮海港，破炮臺，進攻媽宮城。荷人恐，潛結海寇，以八船窺福建，出沒金、廈間。四年春正月，居益復遣總兵俞咨皋伐之。荷人大敗，禽其將高文律，斬之。八月，荷人請和。許之，與互市，乃退澎湖，而東入臺灣。先是，海澄人顏思齊居臺灣，鄭芝龍附之。既去，而荷人來，借地于土番，不可，紿之曰，願得地如牛皮，多金不惜。許之，乃剪皮為縷，周圍裏許，築熱蘭遮城以居，駐兵二千八百人，附近土番多服焉。
六年夏五月，西班牙政府自呂宋派遠征軍，以朗將之，率戰艦入據雞籠，築山嘉魯城，駐兵防守，而臺之南北遂為荷、西二國所割據。當荷人入臺之前，日本人已先在此，以臺灣為南洋所經之地，往來頻繁。及荷人至，課丁稅，日人以先來之故，不從，法令亦不能強其奉行，於是始與臺灣領事有隙。爪哇總督嘉爾匾芝如欲挫日本貿易，擢其子俾敕爾盧為臺灣領事，且命至長崎，理交涉之案。俾敕爾盧蒞任未久，而濱田彌兵衛之事起。初，長崎代官末次平藏受幕府命，航海往福州，途次澎湖，為荷人所苦。歸大憤，欲雪恥，謀諸長崎市人濱田彌兵衛。彌兵衛素負勇俠，慨然許之，與其弟小左工明、子新藏率市中壯士十二人，以崇禎八年春三月二十日至臺。同船華人某告荷人，荷人驗其船，搜奪兵器及楫，留之，牒報爪哇總督，請處分。彌兵衛淹留四月，不得歸，罄售貨物，久之無所得食，憤甚。六月二十九日，率眾三人至領事廳，豫伏援兵，面求解纜。不聽。彌兵衛大怒，直前劫之，左右愕眙，伏兵盡起。有執兵入衛者，新藏揮刀斬之，諸皆畏懼莫敢動，乃拉領事歸旅館。領事告其屬，示媾意，若日人果有復仇之心，則以兵拒之。彌兵衛亦慮有變，乃與立約。曰，以領事之子及官一、荷人三為質，而日本亦以末次平藏之侄及五人交質。曰，荷蘭領事須放前捕土番十一人及華人通譯，並歸其財産。曰，應以相抵之物贈彌兵衛，以洗前恥。曰，日本人所失華絲二萬斤，須以八萬六千盾賠償之。凡約五日而成，七月初四日交質。明日，囚荷人于長崎，既而領事之子瘐死獄中。其後七年，始放荷人歸國。自是日人之勢力始震于臺灣，及鎖港之令行而後絕跡。
二年，西人復入淡水，築多岷古城，為犄角。駐領事，辟土田，以鎮撫土番。當是時，雞籠、淡水均為荒穢之地，華人亦少至者，草茀瘴毒，居者輒病死，故西人亦大費經營也。五年，西船遭颶至蛤仔難海岸，為土番劫殺，發兵討之。六年，西人始至大浪泵，南訖竹塹，謀殖民，而神甫輒遭番害，乃止。
當荷人入臺之時，福建沈鐵上書巡撫南居益曰：“紅夷潛退大灣，蓄意叵測，徵兵調兵，殊費公帑。昨僭陳移檄暹羅，委官宣輸，約為共逐，未知可允行否。澎湖雖僻居海外，實漳州門戶也。無論紅夷灣泊，則日本、西洋、呂宋諸國亦所必經。地最險要，山尤平坦，南有港門，直通西洋，紅夷築城據之。北有港門，名鎮海港，官兵渡澎居之。中間一澳，從南港門而入，名曰暗澳，可泊舟數百隻。四圍山地，可作園，栽種黍稷瓜果，牧養牛羊牲畜。未可遽墾為田，以山多頳土，無泉可灌也。今欲使紅夷不敢去住澎湖，諸國不得往來澎湖，其策有六：一曰專設遊擊一員，鎮守湖內。二曰招募精兵二千余名，環守湖外。三曰造大船，制火器，以備用防守。四曰招集兵民，開墾山蕩，以助糧食。五曰建設公署營房，以妥官兵。六曰開通東西洋、呂宋商船，以備緩急。此六議似當斟酌舉行者。夫澎湖險地，什倍南澳，地在海島，夙盜藪也。萬曆初年，撫臺劉凝齊公祖移會廣東制臺，題設副總兵坐鎮于中，只合兵民完敘，田土開闢，屹為海邦重鎮，俾夷不敢窺伺，漳潮賴以安枕，信明驗矣。今澎湖可倣而行之。請設遊擊一員，坐鎮湖內，仍設左右翼把總哨官，為之輔佐，擇閩中慣歷風濤諳練水路者充之。無事則演藝守汛，有事則料敵出奇，俾諸夷不得復窺中土。並議久任責成，凡兵之進退，糧之出入，鹹遊擊是賴。三載加銜，六載成勣，特升大將。每歲或委廉幹佐貳，不時查點。如兵士有虛捏，月糧有克減，參處查究，追出銀兩，以充兵餉，庶知勸懲，永奠沃壤，殆與南澳一鎮，併為閩中屏翰矣。此議設遊擊之策一也。夫有官守，必有兵戍。戍守哨操之兵，非二千余名不可。每名月糧九錢，此定例也。其糧或出自漳、泉二府，或支自布政司庫，原有定議。沿海捕魚之民，慎擇以充之。或撥出洋遠探若干名，遇賊則攻擊之。或撥守港內若干，有警則應援之。遊擊標下親兵與把總哨官人役，各自另設。不許佔用水陸戍兵一人，不許虛冒戍兵月糧一分，其月糧按季開支。該道委海防館，照名數鑿鑿包封，逐名唱給，不許將官總哨代領，以防克減。尤不許防館吏書需索常例，以奪兵食。此遊兵營堡宿弊，亟宜申明禁革之。凡汛地之守探，具數總報院道，以便查考。夷情之緩急，飛報院道防館，以便調度。一或誤事，自有軍法。庶水陸並進，犬牙相制，澎島一帶，可保無虞。此議戍兵之策二也。夫各寨遊船，每板薄釘稀，委官製造，價銀十不給半，一遇海濤，便自潰裂，安可出戰？今宜令駕船者領價監造，每船歷幾汛方許修理，載幾汛方許改造，僅給半價，則造船駕船均出一手。或不敢以敝漏之舟，自試蛟龍之窟耳。若火藥尤紅夷所懼者，中左所火攻，已破其膽。大舟四集，自爾宵遁，則火器當多備明甚。而大銃大船尤不可少者，宜造大船十余只，安置大銃十余門，布列港口，俟賊至夾攻之。夷酋憚我長技，不惟不敢侵我疆土，且遠遁無敢再出。此議造船、火器之策三也。澎湖山地雖雲頑土，不堪墾田，而遍度膏膄之區，或可播種禾谷者。即黍、稷、麻、豆、甘蔗、果木，均可充兵民口食之需。須廣招同安、海澄濱海黎庶乏田園可耕者，多四五百人，少亦二三百人，俾摯犁鋤種子以往，就居撥地，聽其墾種。每人量給二三十畝，仍帶妻子，方成家業。並畜牛羊，捕釣魚類，少資糊口。仍禁遊擊總哨各官，不許索租粒食。各戍兵下班之日，有能用力種植者，亦聽之。明示十年以內，決不抽稅。俟十年以後，田園果熟，酌量每畝抽銀二三分，以為犒賞官兵之費用。務使民兵相安，永遠樂業。此議招民開墾園地之策四也。夫官既守海，必有公廨居之，戍兵寓民，亦須藉營房寮舍為藏身計。今議蓋遊擊府公署，或在鎮海港口，或在娘媽宮前，當查舊基擴充，量撥百名。環列左右，仍設倉廒數間，為貯糧之所。擇寬廣為較場，以備操練。而暗澳口相對二銃城及東北面大中墩，各量置營舍，以為守禦，方免各兵暴露。船兵營兵輪流撥用，少均勞逸。即招募種植民居，就今自蓋房舍，或官量給房價，鹹附兵營居住，相依為命，守望相助。此議設官廨兵營之策五也。夫澎湖大灣上下，官兵船隻把港，則番船不許出入，紅夷不許互市，無待言者。然泉、漳二郡商民，販東西兩洋，以代農賈之利，比比然也。自紅夷肆掠，洋船不通，海禁日嚴，民生憔悴。一夥豪右姦民，倚藉勢官，結納遊總官兵，或假給東粵高州、閩省福州及蘇、杭買貨文引，載貨物，出外海，徑往交趾、日本、呂宋等國買賣覓利。中以硝磺器械違禁，接濟更多，不但米糧飲食也。禁愈急而豪右出沒愈神，法愈嚴而衙役賣放更飽。且恐此輩營生無路，東奔西竄，如李旦、黃明佐之儔，仍走夷鄉，代為畫策，更可慮也。故不如俟澎湖島設兵鎮後，紅夷息肩，暫復舊例。聽洋商明給文引，往販東西二洋，經過澎湖，赴遊府驗引放行，不許需索阻滯。回船之日，若有夷人在船，即拿送上司，以姦細論。庶可生意飽商民之腹，亦可以夷增中國之利。俟澎湖設官建城之後，可徐成為之。此議通商便民之策六也。以上迂議六款，似可為澎湖善後之一助。而通商一款，亦聊備後日變通之微權。伏望臺憲不棄迂朽，仍會藩臬、巡海、守巡、司道洎總兵、副參等衙門，面議停委。一面題請，一面舉行。非但澎湖一島，堪與南澳並稱重鎮，而入閩士民，永有攸賴矣。”居益不從。八年，給事中何楷奏陳靖海之策。其言曰：“今欲靖寇氛，非墟其窟不可。其窟維何？臺灣是也。臺灣在澎湖島外，距漳、泉止兩日夜程，地廣而腴。初，貧民至其地，窺漁鹽之利，後見兵威不及，往往聚而為盜。近則紅毛築城其中，與姦民互市，屹然一大部落。墟之之計，非可干戈從事，必嚴通海之禁，俾紅毛無從謀利，姦民無從得食。出兵四犯，我乘其虛而擊之，可大得志。紅毛舍此而去，然後海氛可靖也。”不聽。
十年，荷人犯粵東，乞互市。不許，歸而整理臺灣。先是，東印度公司經營爪哇，及據臺灣，更增勢力。數年之間，地利日辟，厥土黑壤，一歲三熟，而華人來者日多，凡有一萬五六千人，以與中國、日本互市。守吏俸祿薄，不足用，亦各營商業，博私利，於是荷人商務冠于東洋。然課稅繁重，制王田，募民耕之。計田以甲，每丁徵稅四盾。領臺之初，歲收三千一百盾，其後增至三萬三千七百盾。蓋移殖者眾，而歲入亦巨也。十二年，東印度公司派員來臺，視行政。六月，荷將郎必即裏哥率夾板犯閩、浙，閩撫鄒維璉拜鄭芝龍為將，破之。自是不敢窺閩海。
十三年，荷人以西人之據北鄙也，上書爪哇總督，欲發兵逐之。而西人方與葡萄牙合，謀奪其海權，然荷人國力方盛。夏五月，臺灣領事波宇烈士致書西人，請撤退。曰：“余不忍生民罹禍，女其速舉城降。”西領事昂薩路復曰：“城固在也，女其來取。”八月，荷人以戰艦攻雞籠，不勝。已而呂宋有事，裁戍兵，荷人乘勢攻之。翌年春三月，又以兵五百伐淡水。西人戰不利，閉城守，久而援絕。九月初四日，乃棄城走。凡西人據臺十六年，而為荷人所逐。
弘光元年，臺灣領事集歸化土番之長老，設評議會，以布自治之制。分番社為南北二路，立村長，理民政，奉領事約束。每年三月初八日開于北路，四月初四日開于南路。其時歸化番社，曰新港，曰目加溜灣，曰蕭垅，曰麻豆，曰大穆降，曰大傑顛。每年五月初二日，主計官集公所，召商贌社，謂之社商。凡番耕獵之物悉界之，而與以日用之物，其令嚴密，番莫敢犯。當是時，土地初辟，森林未伐，麋鹿之屬滿山谷。獵者領照納稅，其皮折餉，售于日本，肉則為脯。荷人以牧畜之利，南北二路設牛頭司，放牧生息，千百成群。犢大，設欄禽之，以耕以輓。
永歷二年，荷人始設耶穌教堂于新港社，入教者已二千余人。各社設小學，每學三十人，課以荷語荷文及新舊約。牧師嘉齊宇士又以番語譯耶教問答及摩西十誡，授番童，拔其畢業者為教習。於是番人多習羅馬字，能作書，削鵝管略尖斜，注墨于中，揮寫甚速，凡契券公文均用之。三年，五學學生凡六百餘名。荷人又與番婦婚，教化之力日進。
十年，荷人復築城赤嵌，背山面海，置巨炮，增戍兵，與熱蘭遮城相犄角。華人移住雖多，終為所苦，遂進而謀獨立。十一年，甲螺郭懷一集同志，欲逐荷人，事泄被戮。懷一在臺開墾，家富尚義，多結納，因憤荷人之虐，思殲滅之。九月朔，集其黨，醉以酒，激之曰：“諸君為紅毛所虐，不久皆相率而死。然死等耳，計不如一戰。戰而勝，臺灣我有也，否則亦一死。唯諸君圖之！”眾皆憤激欲動。初七夜伏兵于外，放火焚市街。居民大擾，屠荷人，乘勢迫城。城兵少，不足守，急報熱蘭遮，荷將富爾馬率兵一百二十名來援，擊退之。又集歸附土番，合兵進擊，大戰于大湖。郭軍又敗，死者約四千。是役華人株夷者千數百人。
懷一之謀既挫，數年無事。及聞延平郡王鄭成功威震東南，荷人恐，增兵備，而成功以中原多故，未遑征討。金陵敗後，窮蹙兩島，乃稍稍議遷。荷人亦大戒嚴，輒捕華人之富家為質，遇有嫌疑，即囚之，或殺之。華人含恨，遂洶洶欲動。十四年，臺灣領事鄂易度請援于印度公司，命爪哇派艦十二，運兵來守，於是臺灣戍兵計有三千五百人，艦將以為無恐，移書廈門，詰成功曰：“若欲戰乎？抑欲和乎。”成功答曰：“余不欲戰也。”而臺灣領事終不釋。荷蘭評議會謂其多事，召歸兵艦。艦長既還，遂劾鄂易度畏怖，將召歸，以郭冷谷代之。未至而鄭師來伐。
十五年，成功在兩島，地蹙軍孤，議取臺灣。適荷蘭甲螺何斌負債走廈，盛陳沃野千里，為天府之國，且言可取狀。成功覽其圖嘆曰：“此亦海外之扶余也。”召諸部計議，吳豪對曰：“藩主以進取臺灣下問，豪聞其水路險惡，炮臺堅利，縱有奇謀，亦無所用，不如勿取。”成功曰：“此常俗之見，不足用於今日。”黃廷曰：“果如吳豪之言，是以兵與敵也，勿取為便。”成功又曰：“此亦常見爾。”馬信曰：“藩主所慮者，以諸島難以久拒清人也。夫欲壯其枝葉，必先固其根本，此萬全之計。今乘將士閒暇，不如先統一旅，往視其地，可取則取，否則作為後圖，亦未為晚。”而諸將終以險遠為難，唯楊朝棟力陳可取。成功意銳，捩舵束甲，率兵二萬五千，三月，泊澎湖，令陳廣、楊祖、林福、張在守之。徇曰：“本藩矢志恢復，念切中興。曩者出師北討，未奏膚功，故率我將士，冒波濤，欲辟不服之地，暫寄軍旅，養晦待時，非敢貪戀海外，茍延安樂也。唯天唯祖宗之靈，其克相余。”至鹿耳門，則水驟漲丈余，大小戰艦銜尾而渡，縱橫畢入。荷人大驚，以為自天而下。引兵登陸，克赤嵌城。荷人退保熱蘭遮，以兵二百四十擊鄭師，鄭師四千繞城戰，荷軍大敗，亡一隊長，而鄭艦亦擊沉荷艦，余悉遁。荷艦摩阿利走報爪哇，阻風，五十三日始達。鄭師攻城不下。四月二十六日，成功命使者以書告曰：“執事率數百之眾，困守城中，何足以抗我軍，而余尤怪執事之不智也。夫天下之人固不樂死於非命，余之數告執事者，蓋為貴國人民之性命，不忍陷之瘡痍爾。今再命使者前往致意，願執事熟思之。執事若知不敵，獻城降，則余當以誠意相待。否則我軍攻城，而執事始揭白旗，則余亦止戰，以待後命。我軍入城之時，余嚴飭將士，秋毫無犯，一聽貴國人民之去，若有願留者，余亦保衛之，與華人同。夫戰敗而和，古有明訓，臨事不斷，智者所譏。貴國人民遠渡重洋，經營臺島，至勢不得已，而謀自衛之道，固余之所壯也。然臺灣者中國之土地也，久為貴國所踞，今余既來索，則地當歸我，珍瑤不急之物，悉聽而歸。若執事不聽，可揭紅旗請戰，余亦立馬以觀，毋遊移而不決也。生死之權，在余掌中，見機而作，不俟終日，唯執事圖之！”鄂易度復書不從，其明日果樹紅旗，聚男子于城中毀市街。鄭師攻之不克，乃築長圍以困之，出略平野，於是多殺荷人，報宿怨也。鄭師捕其商人羅谷具，令入城勸降。荷人不從，又捕其民五百，悉斬以徇。爪哇評議會既劾鄂易度，以郭冷谷代之。方二月，而摩阿利至，始知鄭師伐臺，乃復鄂易度之職，派兵七百、船十艘馳援。郭冷谷既至臺灣，遠望紅旗，而港口又鄭艦雲集，懼向日本而去。既而爪哇援兵踵至，城兵亦乘勢出擊。鄭師力戰，荷軍又敗，失船二，乃召回雞籠、淡水戍兵，潛載婦孺逃歸，謀死守。於是鄭師暫息。會清使自福州來，約荷人先取金、廈。荷人從之，調軍艦五艘往。遭風破沒，余艦又歸爪哇，而臺灣之兵力愈薄。當鄭師之按兵也，有華人自城中出，請急攻，陷其南隅。荷人恐。成功又告之，乃降。十二月初三日，率殘兵千人而去，而臺灣復為中國有矣。是役也，陷圍七月，荷兵死者千六百人。自天啟四年至永歷十五年，荷蘭據有臺灣凡三十八年，而為成功所逐，於是鄭成功之威名震乎寰宇。
連橫曰：臺灣之名，始於何時，志乘不詳，稱謂互異。我民族生斯長斯，聚族于斯，而不知臺灣之名義，毋亦數典而忘其祖歟？余嘗考之史籍，驗之地望，隋唐之際，以及宋、元，皆稱琉球，明人不察，乃呼東番。故《鳳山縣誌》曰：“或元以前，此地與澎湖共為一國，而同名琉球。”《臺灣小志》亦曰：“閩人初呼臺灣為大琉球。而稱沖繩為大琉球，稱臺灣為小琉球，不知其何所據。”《文獻通考》謂琉球在泉州之東，有島曰澎湖，水行五日而至，旁為毗舍耶。《臺海使槎錄》謂毗舍耶則指臺灣，非也。毗舍耶為呂宋群島之一，密邇臺灣，其名猶存，故曰其旁也。而舊時之稱者曰北港。《方輿紀略》曰：“澎湖為漳、泉門戶，而北港即澎湖之唇齒，失北港則唇亡齒寒，不特澎湖可慮，即漳、泉亦可憂也。北港在澎湖東南，亦謂之臺灣。”按北港一名魍港，即今之笨港，地在雲林縣西，曩為海舶出入之口，而往來者遂以北港名臺灣也。《臺灣縣誌》曰：“荷蘭入北港，築城以居，因稱臺灣。”然臺灣之名果始於荷人否？志稱荷蘭設市于北，築磚城，制若崇臺。海濱沙環水曲曰灣，又泊舟處概謂之灣，此臺灣所由名也。如志所言，拘泥文字，以為附會之説。臺灣果出荷人，則荷人著書當用其名，何以又稱為小琉球耶？《蓉洲文稿》曰：“萬曆間，海寇顏思齊踞有其地，始稱臺灣。”思齊踞臺早于荷人三年，若徵此説，則臺灣非出於荷人也明矣。然蓉洲之説亦有未確者。《瀛壖百咏序》曰：“明季周嬰《遠遊篇》，載東番一篇，稱其地為臺員，蓋閩音之訛也。臺灣之名入中國始於此。”據是，則土番之時，閩人已呼東番為臺灣矣。周嬰，閩之莆田人。當明中葉，漳、泉人已有入臺僑住者，一葦可航，聞見較確。或曰，臺灣原名埋冤，為漳、泉人所號。明代漳、泉人入臺者，每為天氣所虐，居者輒病死，不得歸。故以埋冤名之，志慘也。其後以埋冤為不祥，乃改今名，是亦有説。延平入處，建號東都，經立，改名東寧，是則我民族所肇造，而保守勿替者。然則我臺人當溯其本，右啟後人，以毋忘蓽路藍縷之功也。
