臺當局“中選會”1月15日確定登記參選臺灣地區第12任正副領導人選舉被聯署人，國民黨、民進黨推薦的2組人馬出線。2月15日臺灣“中選會”上午舉行候選人號次抽籤，藍綠兩陣營候選人馬英九與蕭萬長、謝長廷與蘇貞昌各自推派代表抽籤，結果謝長廷抽中1號、馬英九抽中2號。1月27日，國民黨、民進黨兩組臺灣地區正副領導人參選人完成登記參選，同時宣佈各自競選總部正式成立，2008台灣“大選”正式啟動。到3月22日選舉日之前，雙方舉行了多場政見發表會與辯論會，期間謝蘇接二連三拋出選戰議題，包括馬英九持有美國綠卡、其妻周美青買賣股票、臺北市長任內是否有政績問題，馬蕭競選辦公室也對謝長廷進行回擊，包括要謝清楚交代涉嫌高捷弊案、政治獻金案、其股票買賣情況等。雙方還在兩岸關係政策、“入聯”與“返聯”、民進黨與陳水扁是否“切割”、臺灣經濟發展等問題上展開攻防，臺灣地區領導人選舉于3月22日舉行了投票。中國國民黨籍候選人馬英九、蕭萬長獲勝，得票765萬9014張，得票率為58．45％；民進黨籍候選人謝長廷、蘇貞昌得票544萬4949張，得票率為41．55％。3月28日，臺當局“中選會”審定通過並公告馬英九、蕭萬長當選新一屆臺灣地區正副領導人。