眾所矚目的民進黨四大天王“特別費”案經最高檢察署特偵組偵結，副“總統”呂秀蓮、民進黨主席遊錫堃、“國安會秘書長”陳唐山依貪污罪起訴，前“行政院院長”、也是民進黨“總統”、副“總統”參選人謝長廷、蘇貞昌都獲不起訴處分；此一結果在政壇引發激烈震蕩，也讓“特別費”問題再次受到社會各界廣泛關注。
臺灣《工商時報》今天發表社論指出，眾所週知，“特別費”問題是因為陳水扁“公務機要費案”所引起，當時民進黨採圍魏救趙策略，告發國民黨馬英九“特別費”支用問題，因為檢方對馬英九窮追猛打，國民黨隨後也告發民進黨四大天王，民進黨又連環告發前幾任“行政院院長”、當局機關及地方數千位領有“特別費”的首長、副首長，最後連“司法院院長”也被連帶告發；其牽連之廣，被告發者地位之高，影響之廣泛，皆前所未有。坦白講，民進黨之所以告發馬英九“特別費”案，就是了解“特別費”定位模糊，使用寬鬆，就算聖人也有可能會出問題。為此，前“行政院院長”蘇貞昌就曾在“行政院”院會公開宣稱，“特別費”問題是“歷史共業”，但是，“司法”部門對涉及數千位先後任當局首長、副首長的“歷史共業”，不尋求統一見解及體制解決，反而因為各種政治壓力瞻前顧後，任由不同承辦檢察官的不同心證來辦案，結果不但耗費可觀的“司法”資源在意義不大的偵審，而且不斷激化政治爭議，讓整個社會付出龐大的代價，甚至幾乎賠上“司法”的公信力。一個在法律上絕不是很複雜的特別費問題，被搞到這種地步，實在是很特別。
社論認為，“特別費”案反映的另一個很特別的問題，是行政部門“認真作假”的風氣。“特別費”分為需撿據報銷及僅需以領據請領兩部分，標準較嚴格的撿據部分，因為早年實施首長“特別費”的時候，目的就是為補貼擔任首長可能增加的各種開支，因此，撿據報銷一向非常寬鬆，只要負責“特別費”申請及核銷作業的秘書人員將單據送到會計單位，會計人員因考慮是首長特權通常是照單全收，不會過問各種發票或單據來源，審計單位的查核亦復如此。這種情況相沿成習，很多首長根本將之視為薪水自由使用，單據經常不夠嚴謹甚或有不符規定的來源，會計及審計人員也是睜只眼、閉只眼，大家都認真作假，也從未發生過爭議。
孰料，因為“公務機要費案”觸發馬英九“特別費案”，在嚴審“特別費”每一張單據的情況下，馬英九這一部分雖然過關，但報帳瑕疵卻讓承辦秘書遭到起訴。現在連位高權重的呂副“總統”、遊錫堃、陳唐山都因為報帳問題被依貪污罪起訴，可以説是行政部門認真作假積習下的産物；如果繼續查下去，可以過關的首長恐怕是極少數。事實上，認真作假普遍存在行政部門各種報銷上，例如為數可觀的委託研究案相關單據同樣禁不起檢驗，若要認真追究，真的會“血流成河”，臺灣政壇及學術界菁英可置身事外者恐怕少之又少。
“特別費”領據部分，原本規定就毋需單據報銷，由首長自行運用，會計及審計人員作業上也把它當成首長收入的一部分，從不過問其支用情形，但是，承辦檢察官審查馬英九“特別費案”，卻在這一部分大作文章，甚至翻天覆地的清查馬英九及其家人的所有賬戶，而且也不採納馬英九“大水庫”的説法，堅持予以起訴。在馬英九被起訴及一審獲判無罪後，檢方在輿論壓力下加速偵結綠營四大天王“特別費”案，但是，無論被起訴或未被起訴的天王，在領據部分，只要是支領現金，不管支用是因公或因私，全都不查；匯入帳款部分則以“當事人不自證己罪”，及賬戶支出大於匯入為由，也都不查。這種前後標準明顯不同的辦案方式，雖然檢方以各種理由自圓其説，但仍難掩蓋政治因素的斧鑿痕跡，難怪連綠營都有人懷疑“參選過關，不選被關”的歧視待遇。
社論表示，另一個更值得關心的問題，不少人感覺到，檢方偵辦“特別費”案迄今，似乎是在鼓勵聰明、會作帳或財務不透明的人，反而是按照規定、不會作帳或財務透明的人被深究、折騰，如果“司法”的目的是在改善以權弄錢的不良政治風氣，現在檢方辦案的方式與標準是不是應該要有所調整？是不是應該多一點對善惡清濁之辨呢？我們希望，“特別費”問題不要再繼續成為政治人物選舉操作的籌碼，而應由行政、“立法”及“司法”部門共同會商如何妥適善後及了結。在此之前，檢方統一見解及齊一辦案標準是必要的起步，也是排除政治因素干擾的關鍵所在。
