據臺灣《聯合報》報道，馬英九兼任國民黨主席後，首先面對的將是棘手的黨産難題。

　　報道稱，國民黨主席吳伯雄曾計劃去年年底完成“黨産歸零”的任務，但因全球金融風暴衝擊以及多起黨産官司糾纏，現在“黨産歸零”的目標已經推到2011年完成，時間點恰巧是2012年臺灣地區領導人選舉前。

　　媒體分析説，未來馬英九擔任黨主席任內，勢必要處置龐大黨産，是否涉及利益和角色衝突，將成為各界關注焦點。據統計，目前國民黨黨産全都歸在“中投”公司名下，總市值至少有200億元新台幣。