16日，馬英九宴請國民黨籍民意代表，針對最近有挺扁人士，甚至是“司法”人員向扁案法官抗議，馬英九表示，他已注意到這一現象，並強調司法不容挑釁，會處理這一亂象。出席宴請的國民黨籍民意代表邱毅轉述説，馬英九表示會請公權力介入保護扁案法官。

　　臺灣民意代表邱毅：他覺得這是一個對“司法”非常嚴重挑戰，他覺得非常遺憾，那麼他一定會要求公權力去介入，去保護這些庭審法官的安全。

　　臺灣法律界也有人力挺陳水扁，臺北士林地方法院庭長洪英花，就曾多次投書平面媒體，大肆批評扁案判決嚴重侵犯審理獨立原則，更説判決從一開始就無效。邱毅説馬英九也注意到了這些情況。

　　邱毅：有一些法官在媒體上投書，或者公開地去批判，蔡守訓的合議庭裏面，他的審判的結果，馬英九注意到了，他會去注意到這個問題，會去處理這個問題。

　　17日，臺灣法務部門負責人王清峰也發表了對這一事件的看法。

　　臺灣法務部門負責人王清峰：還是一句話，我們尊重審判，也尊重言論自由，但是呢，這個法官彼此之間是不是公開這樣子批判，是不是妥當，我想司法院會有適當處理。