軍隊、情治部門、警察、檢查部門歷來是臺當局打擊政敵、鞏固統治的最重要的工具。陳水扁上臺後，更是挖空心思，拉攏、收買、整治軍情警檢部門，培植“扁家軍”。其中，掌控臺軍高層人事、全方位宣揚“臺獨”論調、全力打造“臺獨衛隊”，更是陳水扁鞏固“臺獨政權”、推行“臺獨”施政的重中之重。
頻繁調整臺軍高層人事
臺前“行政院長”郝柏村擔任“參謀總長”期間，臺軍高層人事每年調整一次。陳水扁上臺後，為加速收編臺軍，改為每年兩次。自2000年7月核準第一波晉陞將領名單後，陳水扁5年共10次舉行將官晉陞儀式，共晉陞10名上將、83名中將、380名少將，佔到臺軍將官總數（目前為493名）的80%以上。
其中，2004年12月30日，陳水扁對臺軍進行了最大規模的調整，共計41名將官從今年元旦起晉陞中將和少將，加上約30人退休或轉任文官，20多人調職，此次人數調整約佔臺軍現役將領總數的四分之一。這次晉陞人員包括11名中將、30名少將。若從出身、背景與推薦者分析，陳水扁嫡系超過四分之一。其中，屬於陳水扁親信、“軍情局長”余連發的“憲兵”與軍情系統新科將領8名，分別是“海巡署海岸總局局長”賀湘臺、“憲兵副司令”何澎生、曾任“憲兵政戰主任”的現任“陸軍總部政戰主任”陳克難等三位中將；現任“軍情局”4處處長王漢屏、憲兵第205指揮官高耀斌、第204指揮官王倫輝、第203指揮官洪源在等四位少將。現任“國防部參事”的劉鴻銘也是余連發推薦進入“國防部”佔中將缺的將領。出身“官邸”（陳水扁住宅）與“總統府”的扁係將領2名，分別是原任陳水扁“陸軍武官”、現任“花東防衛司令部參謀長”董龍泉，原任陳水扁“海軍武官”、現任海軍第256潛艇戰隊長王昭舉。為拉攏所謂“衛戍部隊”，包括陸軍第176旅旅長馬醒民、陸軍第178旅旅長曾竹生等陸軍本島僅存的守備旅，原本上校編制主官，此次也被授予少將編制。臺籍中將有2位，包括屬於扁係“臺南幫”將領的“國防部軍醫局局長”陳宏一、彰化縣出身的現任“後備司令部政戰部主任”陳國祥。
陳水扁在扶植親信的同時，還借機逼退不滿陳水扁施政的反“臺獨”將領，讓50多位將領退休、轉任文官或調職。“國防部人事次長”王根林透露，“陸軍副總司令”陳金生、“海軍總部”現任“督察長”洪振洛、“空軍副總司令”陳家麟等人將提前退伍，“陸軍總部後勤部司令”張林生等12人將轉任文官。民進黨出身的“國防部副部長”蔡明憲辯稱，大規模高級將領人事調動，主要是因為“精進案”逐漸裁減員額，軍方為減少高級將領數目，特別委請“考選部”辦理軍轉文的高級文官特考，而且“轉任文官後可以幹到65歲，所以吸引了數十名高級將領報考轉任文職特考”。但軍方知情人士披露，此次臺軍最大規模人事調動，完全是陳水扁對親信“論功行賞”、對異己“秋後算賬”造成的。
嫡系本省人馬備受重用
臺軍將領的升遷，過去主要是靠資歷、成績、尤其是過硬的靠山。陳水扁上臺後，是否親信、是否“愛臺”顯得更為重要。
陳水扁上臺之初，極力拉攏臺軍以穩定政局，“國防部長”、“參謀總長”對臺軍高層人事調整有較大的發言權。湯曜明任“國防部長”時，臺軍一度流行所謂“湯家軍”的説法。與陳水扁關係不錯的“空軍總司令”李天羽，也因為湯曜明一句“李天羽在空軍更有發展前途”的話，而不得不在“空軍副總司令”的位置上多呆了好幾年。
陳水扁逐漸坐穩“總統”大位後，把臺軍人事調整作為“拼臺獨”的一環，是否嫡系就成為臺軍將領能否晉陞的重要指標。堅持“中華民國”的湯曜明不僅不受重用，反而受到冷遇，最終於2004年3月21日辭職。陳水扁剛上臺時，包括時任“空軍總司令”李天羽、“憲兵司令”余連發、“總統府侍衛長”陳再福等8人公開支援陳水扁。“湯家軍”地位顯赫時，“挺扁八家將”發展前途受阻。“湯家軍”成為歷史名詞後，“挺扁八家將”飛黃騰達，李天羽成為“參謀總長”。余連發因在去年“大選”後的民眾抗爭事件中對陳水扁“極度忠誠”，讓陳度過了“最困難的時期”，因而成為陳水扁眼前的紅人。他不但成為首位臺籍“軍情局長”，還成為臺軍“余家班班主”。陳再福雖因“3.19槍擊案”受到懲處，但明懲暗升，受到陳的重用。此外，海軍陸戰隊中將季麟連是陳水扁臺南一中的學長，兩人在中學時關係不錯，這令“陸戰幫”在軍中備受重用。“後備司令部北部地區司令”張戡平曾任陳水扁“玉山官邸”警衛室參謀主任，因而很快被提拔為少將。曾任“總統府侍衛長”的空軍官校校長彭勝竹接任“空軍總部參謀長”，而且未來還有可能接任“空軍副總司令”。“澎湖司令部司令”王漢基，因其弟曾照顧陳水扁服兵役的兒子陳致中，成為“前線軍官”中惟一由少將升任中將的人物。
陳水扁調整臺軍高層人事的另一重要特點，就是重用本省籍人士，排擠外省籍人士。陳水扁曾在其“國防白皮書”中定下目標：2001年臺籍軍官要由過去的20%上升到30%，2008年以後要達到50%。為此，陳水扁大量提拔臺籍人士。目前，臺籍將官由過去的20%上升到30%以上，校官由40%上升到60%以上。陳肇敏、陳邦治、余連發等臺籍將領分別佔據了“國防部軍備副部長”、“總政戰局長”、“軍情局長”等要職。海陸空三軍“司令”、“副司令”大都由本省籍擔任。前“國安局長”蔡朝明也是因為臺籍背景而受到陳的重用。
灌輸“臺獨”論調，加速“去中國化”步伐
除全力拼湊“扁家軍”外，陳水扁還千方百計給臺軍“洗腦”。
其一，輿論宣傳上灌輸“臺獨”論調。在視察臺軍、出席臺“三軍官校聯合畢業典禮”、將領晉陞等場合，陳水扁從來就不按既定程式，呼喊“國家統一”的口號。去年9月1日，“國防部”下令取消軍中喊口號、讀訓儀式。臺軍“奉行三民主義，完成統一大業”等口號就此廢除。陳水扁控制的“國防部”行文“三軍”，下令各營區拆除室內、室外所有有關“國家統一”的標語。陳水扁不斷在軍隊進行“擁扁”教育，強調軍人要“恪遵憲法，服從元首”，不斷向官兵灌輸“統一不是惟一的選項”、“中共依然是威脅臺灣安全的敵人”等思想。他還指令“國防部”頒發“政戰工作訓令”，下令政戰系統停止反“臺獨”教育，將臺軍每次演習或召開大會高呼的“國家統一萬歲”、“中華民國萬歲”口號，改呼“臺灣人民萬歲”；要求臺軍推行“愛臺灣”教育，培育“國家認同”。
其二，政策上加速臺軍“去中國化”步伐。臺灣軍方對其內部刊物、軍人服飾及包括導彈在內的重要裝備，已全面進行“正名行動”。臺軍方以“中華民國”全名取代使用長達數十年的“中國”字樣。例如“中國的空軍”月刊已改為“中華民國的空軍”月刊，“中國海軍”季刊刊名改為“中華民國海軍”；將陸軍防空導彈與海軍岸基反艦導彈彈箱外原先漆有“中國陸軍”與“中國海軍”的字樣全部涂掉；臺軍還準備將海軍現役的“拉斐特”級戰艦中的“康定”、“西寧”、“武昌”號軍艦，改用“雞籠”(基隆舊稱)、“鹿港”、“打狗”(高雄舊稱)等臺灣地名命名。今年元旦起，“國防部”、各軍種還停用以大陸地名命名的總機代號，改以數字區域號碼替代。
其三，心理上大搞“政審”，恐嚇臺軍。前“國防部長”蔣仲伶、前“退輔會主委”許歷農堅決反“臺獨”，不少將領反對“防衛性公投”，因而陳水扁就誣衊他們搞“柔性政變”。更有甚者，陳水扁指使臺“國防部總政戰局”私下委託親綠營的學者，首次在臺軍中對6000人搞大規模抽樣心理測驗，其中包括50名高級將領。“綠營”學者設計的問卷內容涉及是否支援“新憲法”，是否支援“臺獨”，甚至詢問“領土”範圍有多大。島內輿論稱這是“一份是否支援‘臺獨’理念的政審材料”。
陳水扁挖空心思要對臺軍進行“革命性改變”，實質是妄圖把臺軍從“反臺獨的堡壘”改造成“臺獨衛隊”，把臺軍綁上“臺獨”戰車，為其“軍事臺獨”服務。從目前形勢看，臺軍在組織調整上出現了重大變化，“臺獨”論調對臺軍建設也有一定影響，但陳水扁把臺軍變成“臺獨衛隊”的圖謀並沒有實現。這一方面是“臺獨”不得人心，當然也不可能得到臺軍的一致支援，另一方面是兩岸實力對比懸殊，臺軍無法與人民解放軍相提並論，臺軍不願淪為“臺獨”的炮灰。去年，臺軍多名高級將領集體辭職，臺軍10多名上將反對“防衛性公投”，臺軍不少士兵反對“6108億軍購案”等，就是最好的説明。
