2004年，澎湖地區首次組團參展。
2005年，首次組織臺灣農産品參展，並實現臺灣水果首次“零關稅”直航福州。
2006年，一系列惠臺先行先試政策在第八屆海交會上取得進展：率先擴大臺灣農産品準入及“零關稅”種類和範圍，直航的臺灣水果從18種增加到22種；率先恢復啟動兩岸漁工勞務合作；率先實施臺灣居民在大陸申辦個體工商戶；國家政策性銀行首次向在閩臺資企業、臺商投資區發放開放性貸款。
2007年，第九屆海交會上，大陸新公佈的11種臺灣蔬菜、8種臺灣水産品等19種“零關稅”臺灣農産品首次亮相；臺灣臺中等六縣市首次由地方政府組團參展參會，海交會參展商首次拓展到臺灣本島。
2009年，海交會期間，對臺灣軟體、新能源、服務貿易等新興産業項目進行重點簽約和對接。參展臺商達到274家，覆蓋臺灣23個縣市。
2010年，大陸首次正式從臺灣引進的大米，亮相該屆海交會，成為一大亮點。(記者 詹托榮)
