臺軍共有16支特種部隊，其中絕大都數都未曾解密，亦包含了許多非作戰單位。這群由軍事專業人員組成的隊伍，由於任務特殊，訓練狀況也相對艱辛。臺軍除3支“甲種特勤隊”外，也包含海陸空軍的“乙種特戰單位”。而警方也有相關的特勤隊。
所謂的甲種或乙種特勤隊並不是比較哪個單位戰力較強或是裝備較好，差別只在於任務性質，基本上，甲種特勤隊都是由“國防部”作戰參謀次長室直接指導，須經過“國防部”的命令才可出動。此外，不同的等級，也有不同的薪資差別。
憲兵特勤隊：俗稱“夜鷹特勤隊”，這個機密單位是負責臺灣北部反恐怖任務，保護高級官員及“外交”使節、維護機場與核電廠安全以及處理重大突發事件。早年並代訓警方特勤隊。1978年成立至今仍未公開。
陸軍海龍蛙兵：編制番號為陸軍第101兩棲偵查營。這個兩棲單位是負責金門、馬祖、東引及澎湖地區的反恐怖任務，同時也執行海上巡邏、查緝走私、偷渡、離島運補與陸軍特戰任務。此外，該單位也要保護離島地區高級官員之安全。海龍蛙兵于1973年成立，成立初期曾執行過幾次機密任務。
海軍陸戰隊兩棲偵搜大隊：海軍陸戰隊兩棲登陸前的先遣部隊，執行陸戰隊特戰任務，並負責海岸巡邏任務。兩棲偵搜大隊是臺軍少數幾支具有實戰經驗的部隊，尤其是在1960年代國共爭奪海峽離小島時，這個部隊多次與大陸部隊交手，互有勝負。
海軍水中爆破大隊：海軍三棲特戰部隊，負責支援陸戰隊兩棲登陸，執行滲透特戰任務與處理水中械彈。
陸軍空特部特勤隊：俗稱“涼山特勤隊”之陸軍甲種特勤隊，至設專責臺灣中部反恐怖任務，同時也需執行陸軍特戰任務及處理重大突發事件。1980年成立至今仍未公開，1999年10月裁撤。
海軍陸戰隊特勤隊：俗稱“黑衣部隊”，負責臺灣南部地區反恐怖任務，以及臺灣海域反劫船任務，另外也要奉命執行陸戰隊特戰任務及處理重大突發事件。1980年成立，1995年華興演習首度公開亮相，1999年10月，“黑衣部隊”與陸軍“涼山特勤隊”同遭裁撤。
臺軍其他特種部隊尚有政戰特遣隊、空軍偵照部隊、空特部高空排、憲兵機車連、“國防部”天威部隊與陸軍聯兵旅突擊連等。
此外擔任島內反恐任務的支援兵力，還有警察特勤隊，包括維安特勤隊、保安大隊與各縣市中俗稱霹靂小組的特勤中隊。
