兩岸農業合作論壇在海南博鰲開幕。
首次兩岸中秋包機順利完成。
10月8日
中央電視臺“海峽月？中華情”中秋晚會首次在福建廈門舉辦。
甘肅省天水市召開第四屆“海峽兩岸中華傳統文化與現代化研討會”，與會的上百名專家學者共同祭拜了人文始祖伏羲。
“湖北武漢臺灣周？漢臺經貿合作論壇”在武漢開幕，國民黨、親民黨、新黨三黨代表、臺灣工商界知名企業負責人、大陸各地臺資企業協會會長和來自臺灣大學、臺北大學等的專家學者共約200人應邀參加。
首次兩岸中秋包機順利完成，大陸的南方航空和臺灣的立榮航空、長榮航空執飛了全部24個往返航班。
10月10日
10月10日至10月16日在武昌首義園舉辦了“臺灣美食節”。
10月11日
國務院臺辦發言人李維一針對陳水扁最近積極推動“憲改”評論指出，對陳水扁出爾反爾、背棄承諾、不放棄“臺灣法理獨立”的圖謀，破壞兩岸關係和平穩定，我們表示堅決反對，並高度關注事態發展。國臺辦經濟局局長何世忠在新聞發佈會上，公佈了兩岸農業合作論壇系列活動的有關情況，並表示期待此次活動能成為兩岸農業交流與合作向更高層次發展的新起點，兩岸農業能在交流與合作中實現互利雙贏。
中國共産黨武漢市委員會與中國國民黨苗栗縣黨部在武漢就開展政黨交流和推動兩地經濟文化交流進行會談。
10月12日
中共中央政治局委員、廣東省委書記張德江會見了中國國民黨榮譽主席連戰。連戰表示，對兩岸合作充滿信心。連戰于下午抵達無錫。晚上，中共江蘇省委書記李源潮會見了連戰一行。
10月13日
海關總署與福建省人民政府簽署關於加快海峽西岸經濟區建設合作備忘錄，決定建立署省緊密合作工作機制，共同推進海峽西岸經濟區建設。
海峽兩岸媽祖文化研討會在上海松江開幕。
10月14日
中共大連市委書記張成寅在大連與中國國民黨宜蘭縣黨部主委沈銀成舉行了會談。
10月15日
第三屆海峽兩岸資訊産業技術標準論壇在南京開幕。
10月16日
農業部相關部門負責人表示，大陸將繼續加強兩岸農業的交流和合作，廣泛吸引臺灣農業組織、農業企業、農業界人士參與大陸新農村建設工作。
北京交響樂團在臺北中山堂的一場精彩演出為“兩岸城市藝術節——城市文化互訪系列（北京周）”活動揭開了序幕。
10月17日
兩岸農業合作論壇在海南博鰲開幕，中共中央政治局常委、全國政協主席賈慶林在開幕式上發表演講時，就進一步推進兩岸農業交流與合作提出四點建議。中共中央臺辦主任陳雲林説，本次論壇將對兩岸農業交流與合作産生積極的促進作用。連戰説兩岸如何合作互助是論壇核心議題。論壇通過《兩岸農業合作論壇共同建議》。
中臺辦主任陳雲林在兩岸農業合作論壇閉幕式上，宣佈了大陸方面為擴大和深化兩岸農業合作而研究制定的一系列新的政策措施，這些新政策措施涉及四大方面，共20項。
成都市新津縣表示，國家農業部、國務院臺灣事務辦公室已于日前批復在新津縣設立“臺灣農民創業園”。該園是農業部在全國布點的第四家、西部首家“臺灣農民創業園”。
為期5天的福建省泉州市與澎湖之間的首次文化交流圓滿落幕。
10月18日
2006中國蘇州電子資訊博覽會開幕。連續舉辦5屆的中國蘇州電子資訊博覽會為兩岸資訊産業合作不斷拓展新空間。
上海市政府相關部門表示，國務院相關部門已批復同意上海在郊區設立海峽兩岸農業合作試驗區。這個試驗區的範圍包括上海郊區南匯、奉賢、金山、青浦、崇明等７個行政區域和上海市屬農場區域。
10月19日
海峽兩岸農業合作成果展覽暨項目推介會在廈門開幕。中共中央政治局委員、國務院副總理吳儀，中國國民黨榮譽主席連戰出席開幕式並參觀了展覽。本次展會由中共中央臺灣工作辦公室海研中心和中國國民黨國政研究基金會共同主辦，是兩岸農業合作論壇系列活動的重要組成部分，也是迄今為止規模最大的兩岸農業交流與合作盛會，來自海峽兩岸的農業界及有關方面人士共約4000人與會。農業部副部長尹成傑在開幕式上表示，兩岸農業各具優勢，合作與交流的潛力巨大。中國國民黨副主席吳伯雄説，合作互利，和平發展，讓兩岸人民過好日子，這是兩岸應走的道路，也是唯一的選擇。
中共中央臺辦主任陳雲林在廈門宣佈，為解決當前臺灣出現的香蕉滯銷問題，將由中華供銷總社和超大集團循既有機制，立即採購部分臺灣滯銷香蕉。
由安徽歙縣政府與上海農工商集團所屬的上海心族置業總公司協議合作開發的“中國黃山？臺灣食品工業園”，進入全面啟動階段。
廈門海事局表示，廈門市正準備在廈門至金門海上客運直航航線開闢“第二航道”。
10月20日
海峽兩岸農業合作成果展覽暨項目推介會在廈門會展中心圓滿落幕。共有近500個兩岸農業合作項目簽約，實際簽約額近186億元人民幣。
10月22日
作為兩岸農業技術交流及農業培訓基地的中華農學村項目在山東棲霞臺灣農民創業園奠基，標誌著這一園區的建設拉開序幕。
10月23日
福建省婦女第十次代表大會在福州舉行。43名港澳女性和4名臺灣女性作為特邀代表出席大會，其中臺灣籍女性代表是首次參會。
2006海峽兩岸産業合作發展論壇“兩岸光電産業合作與企業創新”專場研討會在江蘇昆山舉行。
廈門市委辦公室表示，廈門海關前三季度監管進口臺灣水果527.9噸，價值63.7萬美元，同比分別增長3.8倍和3.3倍。為保證快速通關，廈門海關、檢驗檢疫等口岸部門為臺灣水果特別開設了快捷“綠色通道”。
10月24日
由臺灣宜蘭縣40名農民組成的臺灣農業考察團結束了對山東省棲霞市、平度市的考察。
10月25日
中國國民黨中央常務委員、中國臺商發展協會理事長蔣孝嚴在廣西南寧作題為“兩岸經貿關係”講座時表示，目前兩岸通航狀態不符合兩岸人民的需求，應把現在的節日包機從“半常態化”向“常態化”推進，下一步引導直航。
10月28日
中宣部、新聞出版總署、國務院臺灣事務辦公室和國家林業局在北京共同舉行圖書首發式，全面展示大熊貓保護管理科研成果的經典著作《大熊貓——人類共有的自然遺産》一書即日面世發行。
10月30日
由中國醫師協會與臺灣海峽兩岸醫藥合作協會共同主辦的2006海峽兩岸醫療合作與交流論壇在北京開幕。
10月31日
首屆中國（莆田）海峽工藝品博覽會在媽祖故里福建省莆田市開幕。
首屆“海峽兩岸管理科學論壇”在福州舉辦。
資料來源：台灣網評論中心
