陳水扁當局推動舉辦以“臺灣”名義申請加入聯合國的公投，是以公投方式謀求改變大陸和臺灣同屬一個中國的現狀、走向“臺灣法理獨立”的重要步驟，也是一種變相的“統獨公投”。學者對此紛紛予以譴責。

　　美國兩岸問題專家、華府智庫史汀生中心東亞研究室主任容安瀾説：“入聯公投”會負面影響美臺關係，而段時間以來，美國政府官員對民進黨推動“入聯公投”的系列聲明，則反映了美國最高層的政策。容安瀾説，儘管臺灣有一些人會不滿美國政府的作法，認為美國在干涉臺灣內政，但如果臺灣內政影響到美國國家安全，美國政府有義務保護它自己公民以及臺灣民眾的福祉，所以必須清楚告訴臺灣民眾，這件事情會負面影響美臺關係。　《詳細》

　　美國智庫“戰略暨國際研究中心”資深研究員葛萊儀表示，陳水扁説過在他任內不會推動“統獨公投”或“變更國號”，“但是跡象越來越明顯的顯示，這次擬議中的‘公投’違背了他公開和私下的承諾。”  美國反對“入聯公投”是基於本身的利益。　《詳細》

　　立場親臺的美國兩岸事務專家、前美國駐聯合國副代表費浩偉説，民進黨辦“入聯公投”的目的就是為了選票，但“入聯公投”是完全無法達成“入聯”的“危險操作”。他看不到以臺灣為名的“入聯公投”申請案被接受、甚至被轉至聯合國大會討論的任何機會。　《詳細》

　　臺灣淡江大學美國研究教授陳一新表示，美國副助理國務卿柯慶生罕見地邀集臺灣駐華盛頓記者，明確表示民進黨當局推動“以臺灣名義加入聯合國”的“公投”，違反陳水扁第一次就職演説當中承諾的“四不一沒有”。陳一新指出，美國明確表達了這項“公投”違背陳水扁“四不”承諾當中的“不更改國號”和“不推動統獨公投”。並表態，“入聯公投”沒有必要，而且會引起兩岸緊張，危害臺灣人民和美國的利益。 　《詳細》

　　臺灣“中研院”研究員、偏綠人士吳乃德説，政治人物推“公投”，不是要讓臺灣民眾享政策決定權，而是為自身政治利益，“此情況在2008年恐怕會繼續上演，選民仍被迫對無關痛癢題目表態！” 他認為，“公投”體制未必讓臺灣民眾掌握了公共政策決定權，臺灣“公投法”的制度設計，門檻設限過高，讓民眾發動“公投”成案相當困難，“只有政黨有能力搞公投！”2004年“公投”經驗，不論是議題設定還是發動“公投”的合法性，引起的爭論都相當大。　《詳細》

　　臺灣《聯合報》刊發社論指出，“入聯公投”其實是“陳水扁欲綁架選後政局的公投”。文章説，“入聯公投綁大選”的“違憲”亂法，罄竹難書。它重傷了臺美“信任”與臺美“友誼”，它盜用公帑及發動公務員來推動，它宰制“中選會”來操縱選舉，它強制“一階段”以刺探秘密投票及挾持選民，它借題挑激仇恨以撕裂社會……。以上這些罪狀，任一皆可成為臺灣民眾反對“入聯公投”的充足理由；如今又知，“入聯公投”其實是“陳水扁欲綁架挾持臺灣選後政局的公投”，真是罪惡盈貫，無可饒恕。　《詳細》

　　
　　臺灣《中華日報》刊發社論揭發陳水扁的荒謬與圖謀指出，“以臺灣名義加入聯合國”已成陳水扁下臺之前的“謝幕秀”，即使他曾聲言明年選後“甚麼事也不會發生，一切將回到原點”，但“不做無意義之事，何以遣有涯之生”，陳水扁將“臺灣入聯”這等無意義之事揮灑操弄到極致，甘冒世界各國鄙視為“麻煩製造者”之大不韙，實乃當做製造對立、挑撥仇恨之成果的總驗收。進一步説，陳水扁從過去歷史錯置的灰燼中，借由大肆去蔣批蔣擴大族群的對立和仇恨，終極目的就在於“入聯公投”過關。　《詳細》