由於最低點位置比所在路段下游河道還低，下沉路段的排水成了大難題。“道路積水基本當天就可以迅速排除，快點幾個小時就能排完，但橋區積水很不好排，要先用水泵抽上來，再排出去，而且抽的同時，積水還在漲。”王瑞強説。
遇上大暴雨，整條路上的積水都以立交橋下沉點為中心，“抽不及，四處的水像江河一樣涌過來。”王瑞強介紹，水泵的出水口被放置在輔路上的下水井蓋處，“很多下水管道被淤泥和垃圾阻塞，尤其是排水量特別大、壓強迅速升高的情況下，沉積物更多，塞得更死，很難疏通。”於是，排水工人們不得不頻繁更換出水口，邊排水，邊清淤。
如果按照50毫米/小時的降雨量計算，永定門橋路段的降雨總量應該在5000立方米左右，橋下積水大概是100米長、50米寬、1.5米深，立交橋泵站的實際抽水能力為4立方米/秒。“從理論上説，半小時應該能抽完。”王瑞強計算。
但7月21日那天，排除積水用了近3個小時。“路橋周圍都是硬化道路，綠化帶滲水能力有限，除了路段積水外，立交橋附近區塊形成很多徑流，都往橋下走，積水量完全超出我們預料。”另外，泵站抽水能力不足，排水管網阻塞等原因也使排水效率再次降低。“抽出來，排不走，再次形成積水。”
“十幾年前，就有專家提醒説，下沉路段要建立截水設施，或者建排水渠和蓄水池，防止積水。”曾參與北京排水系統的設計及建設工作的邱元，對1998年的一次研討會記憶猶新，“當年全國洪水氾濫，有專家提出，如果北京大量降雨，下沉路段排水就是最大隱患。”
當時，曾有專家繪製了排水設施規劃圖，並計算出了預算資金。“全北京的下沉路段都算上，最少也要幾千萬。”然而，此事不了了之。
“關鍵還是大家都抱有僥倖心理，想著北京降水量一直不大，不至於為了偶然性事件投資太多。”邱元看到了微博上網友繪製的“北京積水圖”，“幾乎與十幾年前的專家規劃圖一模一樣。”
