海協會先遣人員與海基會有關人員2008年11月1日上午在臺北，就將於11月3日登場的兩會臺北會談和陳雲林會長率領的海協會協商代表團在臺行程進行了磋商。當天下午，海基會董事長江丙坤、副董事長兼秘書長高孔廉舉行記者會，公佈了這份行程表。
海協會協商代表團在臺主要行程如下：
11月3日（星期一）：上午，從北京機場出發赴臺；中午，抵達桃園機場，隨即轉往下榻之圓山飯店；下午，陳雲林拜會已故海基會董事長辜振甫夫人辜嚴倬雲女士，兩會副會長、副董事長進行相關協議預備性磋商；晚間，海基會舉行歡迎晚宴。
11月4日（星期二）：上午，兩會舉行領導人會談即第二次“陳江會談”；下午，兩會簽署協議，隨後海協會、海基會分別召開記者會；下午，陳雲林會見臺“陸委會主委”賴幸媛，海基會舉行酒會；晚間，中國國民黨榮譽主席連戰宴請陳雲林一行。
11月5日（星期三）：上午，兩岸工商及航運座談會、兩岸金融座談會分別舉行；中午，親民黨主席宋楚瑜宴請陳雲林一行；下午，陳雲林一行參訪新竹科學工業園區；晚間，中國國民黨主席吳伯雄宴請陳雲林一行。
11月6日（星期四）：上午，陳雲林一行出席兩岸互贈珍稀動植物記者會，大陸方面將宣佈向臺灣同胞贈送大熊貓和珍稀植物珙桐樹，臺灣方面將宣佈回贈珍稀動物長鬃山羊和梅花鹿；中午，臺灣工商界宴請陳雲林一行；下午，活動待定；晚間，海協會舉行答謝宴會。
