臺灣島內之前爆出法官集體收賄案、性侵幼童判決爭議引發民間團體不滿，乃至最近陳水扁二次金改案一審判無罪等，許多民眾不滿個別案件判決，或質疑當局推動的司法改革未見成效。馬英九表示，有民眾誤認為“執政”可以左右法院判決，否則就是無能；他會把民眾的聲音放心上，但領導人絕不能逾越職權，干預司法個案。
馬英九接受媒體專訪時表示，民眾對於個別司法案件的結果或是階段性的結果有好惡，這是很正常的現象，但身為領導人，一定要有非常明確的分際，“我不能夠干預司法個案，我不會聽不到民眾的聲音，我都聽到了，我也會把民眾聲音放在心上，但我絕對不能逾越我的職權去干預”。
馬英九説，前段時間被罵的很慘，甚至被民意代表批評無能，但他要讓大家知道，領導人的許可權是不能走到那個地步的。
馬英九強調，身為領導人，聽到這樣的民意不可能麻木不仁或完全漠視，“但我不會説去下令這要怎麼做”；民眾的聲音要聽、要想，更要想辦法適當回應，最好回應的辦法就是通案性的司法改革。
馬英九並舉例，現在推動的“廉政署組織法”與“法官法”等立法工作，就是希望透過制度性改革減少缺失，他並稱，“法官法”將建立一套司法官的退場機制，現在已列為優先法案。
此外，馬英九也指出，包括領導人在內，所有官員都必須以身作則，不能越權或違法貪瀆，相信透過一系列的作法，打造乾淨“政府”的目標終可實現。
