10月28日，《臺灣史料整合》系列中最龐大的工程《明清臺灣檔案彙編》在臺北正式完工。累積臺灣歷史幾世紀的史料，《臺灣史料整合——明清臺灣檔案彙編》耗費七年時間，經過多方、無數學者努力蒐集與整理，共出版5輯110冊，涵蓋了明清時期臺灣的政治、社會、文化與市民生活等內容。 中新社發 李佳佳 攝
《臺灣史料整合》系列中最龐大的工程——《明清臺灣檔案彙編》于2009年10月28日在臺北正式完工。該彙編被學界認為是研究臺灣歷史脈絡的重要參考。
《臺灣史料整合》的計劃發起人、臺灣成功大學臺灣文學系教授吳密察坦言，該書的史料蒐集整理過程中曾得到大陸史學界的大力幫助，參考了大量大陸收藏的文獻，譬如明清時期的福建巡撫檔案、閩浙總兵檔案等。在廣泛蒐集海峽兩岸史料的基礎上，該書的內容大量豐富，篇幅驟增，吳密察教授認為，“該書的出版也可以作為大陸對臺灣進行史料研究的重要參考”。
累積臺灣歷史幾世紀的史料，《臺灣史料整合——明清臺灣檔案彙編》耗時七年，經過多方、無數學者努力蒐集與整理，其間還與臺灣大學圖書館合作進行了系統化的數據檔案管理。該套叢書共出版五輯一百一十冊，涵蓋了明清時期臺灣的政治、社會、文化與市民生活等內容。
據介紹，臺灣“文建會”自2002年起，開始推動臺灣史料的建置計劃，邀請到臺灣大學、政治大學、東吳大學、東華大學、暨南大學、逢甲大學等多家臺灣高校的史學、文學教授，蒐集海內外臺灣史料，進行標校、整理、編印與出版。其中《臺灣史料整合》係近幾年來臺灣最大型的史料建置計劃，該書共分四個系列，分別是《明清臺灣檔案彙編》、《清代臺灣方志彙刊》、《清代臺灣關係諭旨檔案彙編》及反映日據時期的《臺灣總督府檔案抄錄契約文書》，另包括一冊《臺灣史料整合提要》。
《臺灣史料整合》全部出齊為一百九十六冊，目前合計出版了一百八十九冊。其中，《明清臺灣檔案彙編》編製成一百一十冊，是臺灣近年來最龐大、也最全面的明清檔案整理工作，也是研究臺灣歷史最有系統的史料。業界評價該書推動了臺灣史料研究的奠基工程建設，為臺灣史研究開闢了一片寬闊的視野。
吳密察在2009年10月28日的該書完工成書儀式上表示，《臺灣史料整合》的出版計劃曾在2005年因種種原因突然中斷，甚為可惜。他希望史料的蒐集、研究與出版應該確保其穩定性與延續性，“我不贊成用很快的速度出齊全書，而應當成一項使命，由專職機構常年、有序地進行下去”。
