“監察院”上述四種主要職權的行使方式各不相同，各有一套立案監察的程式。“同意權”的行使屬於“監察院會議”，先由“監察院”將“總統”依法提名的人選，交由全院委員審查會就所附送的履歷證件進行審查，經審查後再提交“監察院會議”投票。如果同意，還須由出席委員過半數議決才能有效。
糾舉，是對“中央”及地方公務人員違法失職時，不移送給懲戒委員會直接送給被糾舉人的主管機關管理，如涉及刑事，直接送給法院辦理。 糾舉案須經其他監察委員3人審查決定。糾舉與糾正不同，糾正案只對“事”而言，而糾舉案是對“人”。糾正案指公務人員並無違法失職行為，而是由於事務措施欠當欠妥，其效果沒有懲戒的效力。糾正對象限于“行政院”及其所屬各部會。
“彈劾權”的行使方式是：當公務人員有違法或失職行為時，監察委員會根據取得的事實和證據，提議彈劾，並送交監察委員會九人以上審查，審查由監察委員輪流擔任。如果必須彈劾，由“監察院”移送公務員懲戒委員會，依法懲戒。彈劾又因被彈劾人身份不同，分為兩種，一種是對“總統”、“副總統”的彈劾，須經全體“監察委員”過半數之提議，全體“監察委員”三分之一以上之決議，向“國民大會”提出。另一種是對“中央”和地方公務人員的彈劾，須有“監察委員”兩人以上提議，九人以上審查及決定，就可提出彈劾案。
審計分為綜合審計與普通審計。綜合審計是對“全國”財政預算的審查，由“監察院”直接行使；普通審計又分為四種：監督預算的執行、核定收支命令、審核計算決算、稽查財政上的不法或不忠於職務的行為，權力由“監察院”審計部行使。
