“司法院”設秘書長1人， 承“院長”之命，處理本院事務，並指揮、監督所屬職員。設秘書處及四廳二室，分別負責不同性質的司法、行政事務。
院直屬機關轄有“最高法院”、“行政法院”和“公務員懲戒委員會”。高等法院和地方法院原屬於“行政院司法行政部”，1980年改轄“司法院”。
“司法院”還設立各種專門委員會，有“人事審議委員會”，負責對各司法機關等職的人事管理事項審議；“法規研究委員會”，負責對“刑法”、民事以及其他地方性法規進行研究；“解釋及判例編輯委員會”，負責對解釋和判例進行系統的編輯、整理；“史實紀要編輯委員會”，負責記述並保存“司法院”的史實和變更判例會議以及“冤獄賠償復議委員會”， 負責掌握冤獄的申訴、復議和賠償。 “修憲”後，還設立“憲法法庭”，由“大法官”組成，職司審理政黨“違憲”之解散事項， 以增強“司法院” 的獨立許可權。
