“副院長”由“院長”提請“總統”任命，其職為輔助“院長”處理院務；在“院長”辭職或出缺期間由其代理。“行政院”設秘書處，包括秘書長一人，副秘書長一人，秘書16至20人組成。正副秘書長承院長之命，處理該院事務並指揮、監督所屬職員。與秘書處相同的幕僚機構有參事室、會計室、統計室、人事室。
“行政院” 的職能部門有8部、2會、1行、1處、2局和2署。
8部：“內政部”、 “外交部”、 “國防部”、 “財政部”、 “教育部”、 “法務部”、 “經濟部”、 “交通部”；2會：“蒙藏委員會”、 “僑務委員會”； 1行：“中央銀行”；1處：“立計處”；2局：“新聞局”、“人事局”；2署：“衛生署”和“環境保護署”。
“行政院”還設直屬委員會。根據“行政院組織法”第14條規定，“行政院”為處理特別事務，得在院內設各種委員會。據此，成立的有：1954年11月的“國軍退除役官兵輔導委員會”；1955年成立的“原子能委員會”；1966年11月設立的“青年輔導委員會”； 1969年3月，由“行政改革研究委員會”改組設立的“研究發展考核委員會”；1977年12 月，由原“行政院經濟設計委員會”與“行政院財政小組”合併組成的 “經濟建設委員會”； 1979年3月設立的 “北美事務協調委員會”； 1981年11月設立的 “文化建設委員會”； 1984年9月，由“行政院農業發展委員會”與“經濟部農業局”合併成立的“農業委員會”；1987年設立的“勞工委員會”；還有“中央選舉委員會”、“國立故宮博物館委員會”、“國家科學委員會”等。
此外， 還有“訴願審議委員會”、 “法規委員會”、“政黨審議委員會”、“行政院發展基金管理委員會”以及1990年10月，由“大陸工作會報”和“港澳小組”合併而成立的“大陸委員會”。“陸委會”由委員會議、業務單位、幕僚會議等三類機構組成；委員會議由正、副主任委員及臺灣有關“部會”主管、專家學者組成；業務單位設企劃、文教、經濟、法政、港澳、聯絡、秘書等7處及人事、 會計兩室，分理有關業務；幕僚會議分“協調會議”和“顧問（諮詢）會議”兩種。前者由相關“部會”主管、司（處）長組成，負責各部門間有關大陸政策事項的溝通和協調，後者由學者、專家組成，以備諮詢。同年11月21日成立了名為民間實具官方性質的仲介機構—— “海峽交流基金會”， 它在“大陸委員會”主導下工作。“海峽交流基金會”于1990年11月21日成立，1991年3月9日舉行開幕式，正式掛牌運作。該會分設由43人組成的董事會和由6人組成的監事會； “總統府資政”孫運璇為名譽董事長；國民黨中常委、臺灣工商協進會會長辜振甫任董事長；國民黨中常委、臺灣工業總會理事長許勝發和臺灣紅十字會秘書長，“國防部”法律顧問陳長文為副董事長兼秘書長， 該會內設秘書處， 文化服務處、 經貿服務處、 旅行服務處及綜合服務處等6個業務單位，主要功能是接受“陸委會”委託，辦理兩岸交流所衍生的各項事務。 “行政院”還設“政務委員”若干， 由“院長”提請“總統”任命， 它由該院各“部會” 首長及主管“部會”的“政務委員”組成。“政務委員”得出席“行政院會議”， 發表意見， 參加表決及審議議案。“行政院會議”由“院長”、“副院長”、各“部會”首長及主管“部會”的“政務委員”組成。該院會以上述人員過半數之出席為法定人數。院會由“院長”任主席，討論院內有關事務。
