臺灣當局設立“五院”，分別行使“五權”。五權都屬於“治權”,互相獨立,同處於平等地位。行政為五權之一。臺灣的“中央政府”設立“行政院”。“憲法”規定，“行政院”為“國家最高行政機關”。
根據“憲法”規定，“行政院”享有： （1）決策權。有權制訂施政方針與重要政策，並具體予以推行； （2）副署權。即“總統”公佈之法令，及有關成員的任免令，須經過“行政院” 有關首長副署； （3）提案權。 有向“立法院”提出“法律、預算、戒嚴、大赦、宣戰、媾和、簽約”等權； （4）復議權。即對“立法院”提出的法律案，預算案及要求“行政院”改變重要政策的決議，在徵得“總統”的認可後可移請 “立法院”復議； （5）緊急處分權。 即“總統”要求採取緊急處分，需先經“行政院”會議決議。（6）解散議會權。 1997年“修憲”後，“行政院”對“立法院”負責，但在“立法院”對“行政院長”提出不信任案10天不辭職時，可呈請“總統”解散“立法院”。在“行政院”上述六種職權中，決策權和副署權為專有，提案權絕絕大部分享有，復議權和緊急處分權、“立法院”解散權，與“總統”分享。可見，“憲法”賦予“行政院”有較大的決策權和對總統的相對制約權。
但是，與“憲法”差不多同時實施之時，“動員戡亂時期臨時條款”的頒行，使“總統”的權力急劇膨脹，這主要體現在兩方面：一是“總統”緊急處分權的擴張；二是“總統”行政控制權的增加。因此，在“戡亂時期”體制下，在蔣氏父子統治時期的臺灣當局“總統”與“行政院”的關係是“總統府”統“行政院”，即“府”統“院”。但是隨著1980年下半年“戒嚴令”的廢止，“臨時條款”的終止，以及“國安會”的作用的削弱，“行政院”的職權也有恢復，特別是郝柏村任職以來，利用他軍事強人的地位，使“行政院”的地位提高不少。總之，隨著“動員戡亂時期臨時條款”的終止，“總統”與“行政院長”之關係是以“府統院”還是“院前府後”，不僅是政權派系之間的鬥爭，而且也關係著黨的權力之爭。“主流派”和“非主流派”之間的矛盾從側面反映了“府院”之間的鬥爭。
