1990年6月底，李登輝召開“國是會議”。 會上，民進黨事選通過秘密管道， 同李登輝多次溝通， 了解到李贊成“總統直選”，達成了“總統”應由全體公民選舉的共識。此事一公開，引起譁然，國民黨大多數代表，包括一些“主流派”核心人物也不知內情，有被捉弄之感。經過爭論和妥協，最後“總統民選”還是被列入會議共識，具體選舉方式另議。
隨著二屆“國大”進行“實質修憲”的臨近，國民黨內兩派圍繞“總統” 選舉方式的鬥爭愈演愈烈。 1992年3月7 日， 李登輝以國民黨主席身份邀集黨內高層人士召開 “憲改”討論會。經過長達6個小時的激烈競爭，針對“總統”選舉方式問題，與會人士中有7人主張“公民直選”， 他們中有國民黨中央秘書長宋楚瑜、“總統府秘書長”蔣彥士、“監察院長”黃尊秋和“司法院長”林洋港等人。李煥、邱創煥、沈昌煥、謝東閔、李國鼎和蔣緯國等人則堅持“委任直選”，郝柏村持保留態度。3月9日，國民黨召開臨時中常會，針對“總統”選舉方式議題， 又經過長達7小時半的激烈爭論，結果是14人主張“公民直選”，10人主張“委任直選”。因兩種意見僵持不下，由李登輝裁示將兩案並列提報國民黨 “三中全會”討論。 3月14日至16日， 國民黨舉行“十三屆三中會全”，中心議題是“憲政改革”。會上出現了“國民黨遷臺以來最激烈的鬥爭”，當由李元簇為召集人的“憲改策劃小組”即將就“總統”選舉方式定為“委任直選”之際，一直保持“超然”的李登輝，忽然根據他對“民意”的“體認”，透露出支援“公民直選”的訊息，但因不便直接介入，而轉採迂迴由週邊進入黨的核心的做法，不料此招引起軒然大波，反彈與質疑聲浪的強烈是李登輝所始終未及的。 在必須作出“二者擇其一”時， 李登輝只好一再“指示”尋求新的折衷方案，最後以“總統選舉應以民意趨向審慎研究”避免了“國民黨遷臺40多年來最嚴重的一次分裂危機”。 3月18日， 國民黨籍支援 “總統直選”的“國代” 與民進黨、無黨籍 “國代” 共組 “全民總統直選聯盟”，以期在“國大”臨時會上推動“公民直選案”。 3月20日，二屆“國大”第一次臨時會召開，進行第二階段“實質修憲”。會上“總統”選舉方式和“國大”定位是爭論最多、最激烈的問題。由於國民黨內兩派對立，互不相讓，最後大會通過“總統”不再由“國代”選舉，改由“臺灣全體人民選舉”産生的妥協原則，究竟採取“公民直選”，還是“委任直選”待本屆“總統”任期滿前，再召開“國大”臨時會決定。
但是，形勢發展到1992年底起了很大的變化。李登輝為了鞏固自己的權力，利用第二屆“立法院”開議前，從黨內外打擊“行政院長”郝柏村， 迫使他于1993年2月辭去“行政院長”職務。同年8月“十四全”， 李登輝採取各級黨籍“民意代表”為當然“黨代表”； 420名中央委員選舉有一半由主席提名候選人，31名中常委選舉時，有15名由主席以職務功能硬性指派決定等措施， 李在黨代表中已掌握了2/3 以上的多數，在黨籍“民意代表”中也壟斷了近三分之二的票源； 而“非主流派”則處於絕對的少數地位。 這樣，在1994年5月至8月召開的二屆“國大”第四次臨時會上，進行了第三階段的“修憲”，“總統”的地位和職權發生如下的變動；一是確定“總統”、“副總統”由“中華民國”自由地區全體人民“直接選舉”的“總統直選”的原則，自1996 年起實行；其次是“總統發佈依憲法經國民大會或立法院同意任命人員之任免令，無須行政院院長副署”，剝奪了“行政院長”的副署權。 根據“國大”二屆三次會議于1997年7 月18日通過的 “憲法增修條文”規定，“總統” 有權解散“立法院”。自此，李登輝通過“憲政改革”，在“總統選舉方式”和“總統許可權”等方面對原“憲法”作了較大的調整， 建立起以“總統”為軸心的政治體制， 使其由“內閣制”實質上向“總統制”轉變。
