（一）“總統府”
“總統府”是輔助“總統”的幕僚機構。“總統府”置秘書長、副秘書長各一人。 秘書長承“總統”之命， 綜理“總統府”一切事務並指揮、監督總統府內所有職員。副秘書長輔助秘書長處理事務。
“總統府”置資政若干人，其職責是，對於“國家”大計，得向“總統”提供意見，並備諮詢。資政由“總統”就其所謂“勳高望眾”者中選聘。
“總統府”置參軍長一人。其職責是承“總統”之命，辦理有關軍務事項。
“總統府”設下列機構：第一局至第六局的六個局、機要室、侍衛室、人事處、會計處等。
“總統府”還先後設下列諮詢機構和直屬機構：
1．“國策顧問委員會”。 該委員會的職責是，除“總統”交議者外，對於“建國”有關事項，得隨時向“總統”提供意見。該委員會置委員31至47人，由“總統”根據有關規定條件特聘，並從委員中指定一人為主任委員。
2．“戰略顧問委員會”。 該委員會的職責是，除“總統”交議者外， 對於戰略及有關“國防” 事項，得隨時向“總統”提供意見。該委員會置委員19至29人，由“總統”依照有關的資格條件特聘。
3．“光復大陸設計委員會”。 該委員會的主要任務是研究“光復大陸”的方案。 該委員會的委員由“總統” 在“國代”中聘任，也可于其他的，特別是“有助於光復大陸工作”的人士中選聘。 委員會設主任委員1人，副主任委員2人，均由“總統”選聘。 該委員會下設內政組、國際關係組、軍事組、財政組、經濟組、教育文化組、交通組、司法組、邊疆組及僑務組等機構。
4．“國史館”。 該館任務是掌理纂修“國史”事宜。同時該館還兼負“臺灣政府”檔案總庫工作。該館下設史料館、 徵核處、總務處及秘書室、 主計室、人事室的三處三室。
5．“中央研究院”。 為臺灣方面學術最高機關，任務是：人文及科學研究；指導、聯絡及獎勵學術研究。該院設院長1人，副院長1至2人，還設院士若干。 該院在90年代初設14個研究所和4個研究所（室）和籌備處等。
（二）“國家安全會議”
1．“動員戡亂時期國家安全會議”
蔣介石當政時設“動員戡亂時期國家安全會議”，簡稱“國安會”，是輔助“總統”決定大政方針的機關。該會議的任務是： 關於所謂“動員戡亂”大政方針的決定； “國防” 重大政策的決定；“國家” 建設及科學發展的研究指導；總體作戰方針的測定及指導；“國家”總動員的決策；戰地任務的處理；其他有關“動員戡亂”的重要決策事項，及奉“總統”核交研議或審核事項。
“國安會”由下列人員組成：“總統”、“副總統”、“總統府秘書長”、“參軍長”、“行政院院長”、“國防部部長”、“外交部部長”、“財政部部長”、“經濟部部長”、“參謀部長”、“國安會”秘書長和各委員會主任委員，以及“總統”指定的人員組成。“總統”為會議主席，主持會議。“總統”必要時，得召開“國家安全會議”的特別會議。出席會議的除上述會議組成人員外，還有“立法院院長”、“司法院院長”、 “監察院院長”、 “考試院院長”、“國民大會”的“憲改研討會的副主任委”、“光復大陸設計研究委員會副主任委員”、“行政院”有關部會首長及其他有關人員。
“國安會”設秘書長1人， 副秘書長1至3人。還設秘書處，其職責是承秘書長之命，處理有關事務，及不屬於其他機構職責的事項。
此外，“國安會”還設“國家建設研究委員會”、“科學發展指導委員會”及“國家安全局”等機構。“國家安全局” 是臺灣最高情報機構， 負責指揮島內外的各種情報活動。
2．“國家安全會議”
臺結束“動員戡亂時期”之後，在李登輝主導下，1993 年12月30日，臺“立法院”三讀通過了新的“國家安全會議組織法”，對原“國安會”的性質、地位、組成、職權等重新作了規定。具體情況是：
“國安會”為“總統”決定國家安全有關之大政方針之諮詢機關。“國安會”之決議，作為“總統”決策之參考。“國安會”及其所屬“國安局”應受“立法院”之監督。
“國安會”以“總統”為主席，“總統”因事不能出席時，由“副總統”代理。
出席“國安會”的人員是：“副總統”、“總統府”、“秘書長”、“參軍長”； “行政院”、“院長”、 “副院長”、“內政部部長”、“外交部部長”、“國防部部長”、“財政部部長”、 “經濟部部長”、 “行政院”“大陸委員會主任委員”、“參謀總長”；“國安會秘書長”、“國安局局長”； “總統”指定的其他列席人員。 “國安會”置秘書長1人， 特任； 承“總統”之命， 依據“國安會”之決議，處理會務，並指揮監督所屬職員。“國安會”置副秘書長1人至3人，襄助秘書長處理事務。
“國安會”置諮詢委員5至7人，由“總統”特聘。
“國安會”設秘書長，掌理以下事項：關於議程編撰，會議之記錄， 及決議案處理之聯繫等事項； 關於文書、檔案、出納、事務、資訊及印信典守等事項。
“國安會”下屬“國家安全局”。“國安局”綜理“國家” 安全情報工作及特種勤務之策劃與執行， 並對“國防部”“軍事情報局”、電訊發展室、“海岸巡防司令部”、“憲兵司令部”、“內政部警政署”、“法務部調查局”等機關所主管之有關“國家”安全情報事項，鋼負統合指導、協調、支援之責。
“國安局”置局長1人，綜理局務，副局長3人，襄助處理局務。
“國安局”主要職能部門為“6處3室”。第一處，掌理國際情報工作；第二處，掌理大陸地區情報工作；第三處，掌理臺灣地區安全情報工作；第四處，掌理“國家戰略情報”研析；第五處，掌理科技情報與電訊安全工作；第六處，掌理密碼及其裝備之管制、研製有關事項。資訊室，掌理資訊作業之規劃、執行與資料庫之建立、管理等有關事項；秘書室，掌理施政計劃及施政工作之管制，考核與工作報告彙編、一般性綜合業、公共關係、印信典守、文書處理、檔案管理、資料編譯及印製等有關事項；總務室，掌理庶務、出納、警衛、醫療保健及不屬於各處室之有關事項。
“國安局”的其他機構還有：人事處、 會計處、 政風處、電訊科技中心、訓練中心、特種勤務指揮中心等。
“國安局”為處理特定業務，還可設各種委員會，由局長指定人員組成。基於情報工作特殊需要，可委託國內外學者、專家、學術研究機構等，從事相關研究工作。
（三）“國家統一委員會”
簡稱“國統會”，1990年10月7日成立。 是為推動大陸政策理念而成立的臨時性任務編組機構，主要職責是向“總統”提供有關大陸方面的政策諮詢，委員由島內各黨派、社會各界人士代表組成，委員會數25至31人，另聘“研究委員”若干人，委員會兩個月召開一次， 任期一年。 第一期“國統會” 主任委員李登輝、 副主任委員李元簇、郝柏村、高玉樹。
