臺灣“解嚴”、“開禁”以來，“臺獨”勢力在島內迅速蔓延滋長，相繼出現了許多“臺獨”組織。它們或直接表明“認同臺灣主權獨立”，或以“學術研究”為名，行“臺灣獨立”之實，氣焰十分囂張。特別值得注意的是，1990年底以來，島內十幾個“臺獨”骨幹組織多次舉行“溝通會議”，以期通過“整合”、“溝通”來擴大政治影響和活動能量。島內現有的主要“臺獨”組織情況簡要介紹如下。
“新國家聯盟”
1990年4月18日在臺中成立。成員多數為過去曾被國民黨拘禁過的“政治受難者”，以及少數律師、牧師和其他社會人士，人數為150余人。發起人為民進黨時任高雄縣黨部主委的楊金海及趙振貳、陳三興等。趙振貳任主席。該聯盟公開打出“純以臺灣獨立建國為宗旨”的旗號，主張以“和平手段”達成臺灣獨立，以文宣、座談及組織訓練等渠道謀求宗旨的實現。
“新國家聯盟”與海外“臺獨”組織關係密切。據透露，它實際上是海外“臺獨聯盟”在臺灣的一個代理機構。1990年4月，“聯盟”成立伊始，主要領導人之一的楊金海即東渡日本，與在日本的“臺獨”組織秘密聯繫。該聯盟雖然成立時間不長，但社會影響頗大。1990年7月，臺沙“斷交”後，趙振貳即發表聲明，稱“新國家聯盟”要以“臺灣”名號重返國際社會，獲得不少“臺獨”分子及團體的響應。
“新潮流辦公室”
係“新潮流係”的人員組成，以黨外“編聯會”為前身。邱義仁等辭去黨工身分後，為“繼續紮根工作”而成立的。核心人物有邱義仁、吳乃仁、林濁水等，主要成員都是激進的“獨派”分子。
該辦公室成立以來，主要致力於聯絡、擴大“新潮流係”人馬，進行一些具有“草根性質的組織工作”和“推展臺獨運動”。比較有影響的活動是在1989年三項公職選舉中，積極籌組“新國家連線”，併為“臺獨”分子助選。該組織擁有相當 的政治資源，從高層的“國大代表”、“立法委員”、“省市議員”到縣市基層政權機構，都插進了不少成員，使之從上到下形成一個“勢力團體網路”。當前“新潮流辦公室”還在積極進行“組織聯繫”。一方面在各地設立“公各服務處”，保持對“新潮流係”內當選的公職人員進行聯絡，訓練幹部，並將臺灣省分為北、中、南三區，組織派遣專人督導“公職服務處”與社會運動幹部的工作成效；另一方面，通過各地的“公職服務處”和社會運動團體據點，加強同其他派系組織的橫向聯繫，積極推動各“臺獨”組織這間的結盟工作。
“新潮流辦公室”是目前島內很有影響、有很強社會發動力的“臺獨”組織，被臺灣報紙稱為“臺獨”運動的“龍頭大哥”。
“新國會聯合研究室”
成立於1990年2月。係“新國家連線”的智囊團。原由林濁水任研究室主任，後由張維嘉接替。頭面人物有葉菊蘭、李慶雄、洪奇昌、盧修一、戴振耀等。主要政治綱領：一是使“臺獨”內涵轉化成“國家”法案內涵。該研究室成立後的第一個會期發行的“新國會通訊”稱：“過去臺灣獨立是言論禁忌，現在禁忌已經突破，進而登上國會殿堂，臺獨運動從喊口號階段進入實質、具體內容的階段，而國會正是進行此工作的重要場所”；二是希望在環保、農民、勞工、各社會弱勢團體的“立委”之間，建立雙向互動的“聯合”關係，把各團體的意見匯整合“立委”問政的依據，來影響當局“立法”及施政；三是採用“生産民主制”的組織原則，助理人員和“立委”一樣，共同參與決策。
“新國會聯合研究室”專門從事為“臺獨”主張者提供公共政策。自成立以來，先後推出“公民投票法”、“中國大陸關係法”、以及“公平交易法”等公共政策法案。後又推出所謂“臺灣獨立與民主之關係”、“臺灣獨立與公共政策關係”等一系列研究報告。
“政治受難者聯誼會”
于1987年8月31日成立。主席吳鐘靈。由黃華、鄭南榕、楊金海等“臺獨”分子發起籌組，首任主席黃華。成員主要是“美麗島”事件受刑人家屬、朋友及辯護律師等。據稱該會成立之初並非為了政治目的，僅在於政治犯之間的聯誼。由於成立當天發生許曹德提議將“臺獨”主張列入章程，而造成蔡有全、許曹德被臺灣當局拘捕入獄。該會由此走上街頭抗爭，並明確提出“臺獨”主張。1988年10月，該會發起震撼島內外的“新國家運動”，以遊行、口號、標語、演講等形式，公開發表“臺灣獨立建國”的主張。1989年4月，該會借總幹事鄭南榕自焚大作“臺獨”文章，把“臺獨”從口頭訴求推向街頭抗爭。1990年以來，該會又積極參與聲援黃華運動，是臺灣島內一個很受矚目的“臺獨”組織。
“臺灣建國聯盟”
1989年4月10日，在追悼自焚的“政治受難者聯誼會”總幹事鄭南榕的靈堂，由部分“政治受難者聯誼會”成員發起的一個“臺獨”組織。當時任臺灣文化促進會會長的黃富被推選為主席。
“臺獨建國聯盟”是島內最早公開打出臺灣“獨立建國”旗號的“臺獨”組織。它的政治訴求是（1）主張“總統”民選；（2）另選新政府，另定新國號；（3）在5年內制定臺灣憲法。該聯盟在鄭南榕自焚事件後，曾一度非常活躍，很為島內外所矚目。隨著鄭南榕事件在島內民眾心目中的漸漸淡忘，加上該聯盟力量薄弱，成立倉促，沒有完整的行動綱領，1990年以來在島內的活動逐漸減少，呈現出衰敗趨勢。
“臺灣國際關係基金會”
這是臺灣島內頗受矚目的“臺獨”組織，于1991年3月成立。由民進黨前主席江鵬堅負責。該會成員以“臺灣國際關係中心”為班底，以“新潮流”或親近這一派系的人馬為主。主要領導人有董爾璇、蔡武雄等。由於江鵬堅等都是老牌、頗有名氣的“臺獨”分子，而且與海外“臺獨”組織有很深的淵源，因此它最突出特點是串聯島內外的“臺獨”組織。在該基金會的籌組過程中，不僅“臺獨聯盟”傾囊相助，還獲得臺灣企業界和“盟外人士的大力支援”。
該基金會資金雄厚，與海外“臺獨”勢力聯繫密切，在島內有較大的活動能量和影響力。江鵬堅稱，基金會成立的目的，是“將臺灣問題國際化，使未來臺灣前途發展引起國際重視”，“幫助臺灣重返國際社會，進而達成主權獨立之目標”，並附帶進行人才培訓工作。該基金會編印了《臺灣就是臺灣》等宣揚“臺獨”的書籍。臺灣評論界稱，江鵬堅等人發起的“臺灣國際關係基金會”是海內外“臺獨”運動的大結盟，並已展現了越來越引人注目的實力。
“臺灣公民投票基金會”
1990年7月25日成立於臺北，由前“臺獨聯盟”主席蔡同榮任董事長。臺灣“廉政促進會”會長吳樂天、“亞太公共事務基金會”總幹事吳文就等都是基金會的發起人。該基金會的成員大部分為民進黨“美麗島係”與“新潮流係”中擔任執行委員的人物。該組織鼓吹“臺灣前途由公民票決”。儘管他們“評估”這一主張將不會為人接受，但他們仍然執著于這一追求。他們聲稱，“公民投票”不被接受不重要，重要的是利用此機會做“臺獨”宣傳。這個基金會已募資近10億元新台幣。1991年春節後，該基金會組織了一次聲勢浩大的名為“主張舉行公民投票以臺灣名義進入聯合國”的“萬人簽名活動”。據稱，有“50萬人簽署支援”，其聲勢及影響不小。
“臺灣教授協會”
成立於1990年12月9日。成員中不乏“臺獨聯盟”人馬，會長由臺灣“師大”教授林玉體擔任。該組織表面標榜從事“學術研究”，實為主張“臺灣獨立”。該會章程公開提出其宗旨是“認同臺灣主權獨立”，強調“臺灣是個擁有主權獨立的國家”；堅決反對“中華人民共和國吞併臺灣的企圖”；也反對“島內既得利益者、投機分子出賣臺灣的賣國心態”，並表示要“結合各種專長人才，通過長期努力，深入各領域去建立臺灣的主體性與自主性”。同時稱該會將邀“世臺會”副主席李應元入會。
該協會成立後，進行了不少所謂“學術性研討”，宣揚“臺獨”主張，並積極參與聲授黃華運動。
“蓬萊島基金會”
于1987年由參與聲援“蓬萊島事件”的黃天福、陳水扁、李逸洋等人捐款成立。黃天福擔任會長。委員有黃天福、陳水扁、李逸洋、李勝雄、許榮淑、陳永興、鄭欽仁等7人。
該基金會的主要任務是：援助主張“臺獨”而遭“迫害”的人“繼續奮鬥”；支援“爭取臺灣人自決權利的有關社會運動”；獎勵有關“臺灣獨立運動”的出版與研究等。該會成立以來，已先後援助22起涉及“臺獨”言論而遭當局“迫害事件”，獎勵有關“臺獨”言論的出版，援助金額達195萬元新台幣上。1991年元月22日，該基金支曾拿出72萬元獎勵不久前遭拘禁的“臺獨”分子黃華，以及羅益世、陳昭南等。
除以上組織之外，目前島內比較活躍的“臺獨”組織或團體還有：陳婉真發起的“北區受難者聯誼會”；林永生、黃華領導的“新國家運動本部”；葉菊蘭主持的“鄭南榕基金會”和紀元德主持的“長老教會義光教會”等等。從表面上看，臺灣主張“臺獨”的組織如“雨後春筍般”涌現，貌似“發展蓬勃”，但仔細觀察，不難發現，眾多的“臺獨”組織，只不過是一小撮“臺獨”分子在從中表演。儘管組織名稱不同，成員大體都是那麼一些人在作自我膨脹而已。不過，林立的“臺獨”組織也在一定程度上對島內民意導向産生不良影響，應引起人們警惕。
