在黨綱中明確主張追求“臺灣獨立”、拒絕一個中國原則的民進黨、臺聯黨以及其他“獨派”政治團體，因其代表黨派——民進黨的黨旗為綠色，因此被外界統稱為“泛綠軍”，也稱“泛綠聯盟”、“泛綠陣營”。
一、民進黨
1986年9月28日，反對國民黨專制獨裁、追求民主自由、主張“臺灣獨立”的各股“黨外”勢力合組建成“民主進步黨”(簡稱民進黨)，打破了國民黨長期“一黨專制”的局面。民進黨成立後，一直穩步發展，並在2000年3月的“總統”選舉中，因國民黨陣營的分裂而漁翁得利，一夕之間成為執政黨。
政策主張
自成立以來，追求“臺灣主權獨立”始終是民進黨為之奮鬥的基本目標。其政策主張具體有：
(一)兩岸關係方面：民進黨自年成立之日始就帶有嚴重的分離傾向，聲稱“臺灣前途應由臺灣全體住民共同決定”，並於1991年將“建立主權獨立自主的臺灣共和國基本綱領”列入黨綱，叫囂“獨立建國、制定新憲，依據國際法原則重返國際社會”，“兩岸依據國際法在國與國的關係下發展關係”等等，蛻變為地地道道的“臺獨黨”。在島內外各種局勢的影響下，民進黨近年來對“臺獨黨綱”進行了一些淡化處理，並於1999年5月8日提出了所謂的“臺灣前途決議文”，逐步由過去叫囂“建立新而獨立的國家”轉變為鼓吹“維持現狀就是獨立”的“事實臺獨”，聲稱“臺灣是一主權獨立國家，其主權領域僅及于臺澎金馬與附屬島嶼；臺灣，固然依目前憲法稱為中華民國，但與中華人民共和國互不隸屬，任何有關獨立現狀的更動，都必須經由臺灣全體住民以公民投票的方式決定”。2000年3月上後，陳水扁鋻於民進黨實力有所增長，于2002年8月3日拋出了“臺灣、中國，一邊一國”的謬論，徹底暴露了“臺獨”真面目。
民進黨並將臺灣與大陸的關係列入于該黨“外交”之中，宣稱海峽兩岸“應以平等地位進行和平競爭”，透過全方位對話，尋求深切互相了解與經貿互惠合作，建立和平架構，以期達成雙方長期的穩定與和平。
(二)在“外交”方面：宣稱臺灣應廣泛參與國際社會，並以尋求國際承認、加入聯合國及其他國際組織為奮鬥目標。對外不再堅持使用“中華民國”，並以各種不同名稱，廣泛參與各類官方及非官方國際組織。
(三)在政治方面：實行美國式的民主自由政治體制，“排除任何形式的暴力與專制”，建立“以多數人的自由意志、自由決定為基礎的法政秩序”，“保障基本人權、國民主權、權力分立與制衡、責任政府、依法行政、司法獨立、政黨平等與自由”等等。
(四)在文化方面：發展“新國民意識”，推動中小學教育教材本土化，重塑臺灣民眾對臺灣歷史文化的認知。
二、“臺灣團結聯盟”
2001年8月12日，以李登輝為“精神領袖”，以延續“兩國論”分裂路線為宗旨的“臺灣團結聯盟”(簡稱“臺聯黨”)正式成立，並在2001年底“立委”選舉中獲得13個席次，成為“立法院”第四個政黨。進入“立法院”後，為搶攻島內“急獨”票源、主導臺灣政局走向、阻撓兩岸關係的發展，“臺聯黨”一再拋出各種“激進臺獨”主張，逐漸成為島內“激進臺獨”勢力的總代表。
政策主張
以維護李登輝分裂路線為使命的臺聯黨成立後，不遺餘力地推行“激進臺獨”路線，獲得島內外“激進臺獨勢力”的掌聲，認為其才是真正支援“臺灣獨立運動”的政黨，“臺聯黨”也由此取代日漸式微的“臺教會”、“建國黨”等“激進臺獨”組織，成為“激進臺獨勢力”的總代表。
(一)大肆鼓吹“改國號、制定新憲”。“臺聯黨”宣稱“臺灣是一個主權獨立國家，與中華人民共和國並存於世界；臺灣現狀的任何變更，都必須經由臺灣2300萬人民透過公民投票決定；應改國號為‘臺灣共和國’，制定‘臺灣基本法’；臺灣的未來就是‘一邊一國’，兩岸關係應該是‘兩國關係’”等等。“臺聯黨”不僅在“立法院”積極推動“公投立法”，還集合島內“臺獨”組織發動“臺灣正名運動”大遊行，要求將一切冠有“中國／China”的社團、公司等全部改名為“臺灣”，將“國號”改為“臺灣國”或“臺灣共和國”等等。
(二)阻撓發展兩岸經貿。為防堵兩岸經貿、人員交流的快速發展增強臺灣同胞對祖國大陸的向心力，李登輝、“臺聯黨”極力反對鬆綁“戒急用忍”、反對開放兩岸直接“三通”。叫囂“鼓吹加速三通，等同鼓吹加速統一”，兩岸若要就“三通”進行談判，必須在“國與國”的基礎上進行。
(三)在意識形態領域加速灌輸“臺獨認同”。在李登輝主政的12年間，為斬斷臺灣民眾的中華民族意識，李不斷在意識形態領域向臺灣民眾灌輸“臺獨意識”。下臺後，李登輝更是不遺餘力地鼓吹臺灣應加速培育臺灣民眾的“建國意識”。李登輝聲稱，當前臺灣最大的危機在於“國家認同”出現混淆，“要擺脫一個中國的糾纏，臺灣內部必須有認同臺灣的國家意識”。李登輝、“臺聯黨”還鼓吹要徹底在思想、文化上與中國劃清界線，鼓動“教育部”全面揚棄過去中小學史地教材的“大中國”觀點，並要求在中小學推廣鄉土語言教學，將閩南話列為“第二官方語言”等等。
三、“建國黨”
1996年10月6日，島內“激進臺獨”分子因不滿民進黨淡化“臺獨”色彩進行政黨轉型，而組建所謂的“建國黨”(英文名稱為Taiwan Independence Party，簡稱TAIP)。
政策主張
實現所謂“臺獨建國”是“建國黨”的核心理念，該黨成立以來，便大肆宣揚“臺獨”思想、鼓吹“臺獨”謬論。主要內容為：
(一)鼓吹建立“新而獨立的臺灣共和國”。該黨妄稱“中華民國自1971年退出聯合國時就已經消亡，國民黨政權對臺灣的統治是非法統治”，必須“建立一個新而獨立的國家”，並以“臺灣共和國的名稱，取代中華民國國號”。“中華民國憲法”也是“非法”，因而主張從根本上廢除“中華民國憲政架構”，制定“新憲法”。在兩岸關係的定位上，“建國黨”明確將其定位為“國家與國家間關係”，叫囂“中華人民共和國的主權與治權從未及于臺灣，臺灣主權及治權亦不及于中國，臺灣是主權獨立國家，而非中國的一省”。“臺灣與中國應建立和平國際關係”，“政治、文化、經濟等一切交流，必須在國對國的對等關係上進行”。
(二)鼓吹建造新的臺灣文化。該黨聲稱要重新“建造新的臺灣文化”，要“透過文化的力量，從根本尋回以臺灣為主的歷史、文學、藝術等等的臺灣意識!透過文化的力量，將數百年來不斷被外來政權壓縮、扭曲而變形的臺灣，重新扶正。!”該黨並提出了一系列的具體主張。一是在學校的文化教育上，要以“臺灣主體論”大幅修改中小學課程，要“建立起以臺灣為主體的觀念，讓臺灣人成為臺灣歷史的主角，至於中國歷史則應退居配角，回到它本來的外國史地位”。並稱在實現“獨立建國”前，堅決反對承認中國大陸學歷。二是重新定義並推舉“臺灣英雄”，將鄭南榕、陳智雄等“臺獨”分子都列為“英雄”，將中國歷史上的英雄人物如岳飛、文天祥等都剔除在外。三是極力鼓吹“臺灣文化的主體性”，宣稱“臺灣文化永遠只是臺灣文化，它與中國文化有某些關連，卻絕不屬於中國文化的支流；在文化層次裏，臺灣是臺灣、中國是中國；在地理與人民與政治層面，也是如此，臺灣、中國，一邊一國”。該黨並鼓吹要透過認識本土歷史與地理相結合，讓民眾在內心深處接受“臺獨”觀念，實現“腦內臺獨革命”，促進臺灣文化的“新生”，以堅定臺灣民眾“保衛臺灣”的決心。
(三)推動臺灣以“臺灣共和國名義”加入聯合國。該黨聲稱，“臺灣外交的困難在於臺灣不是一個國家”，因此臺灣應以“臺灣共和國”名義申請新加入聯合國，爭取“國際地位”，並稱這是為了“表明我國的申請加入和舊中國的國共糾葛無關，也不是向中國的挑戰，只是要國際社會接受四十幾年來事實獨立的臺灣而已”。該黨還常常宣稱只有臺灣宣佈“獨立”才能取得國際社會的支援，以欺騙島內民眾。
