臺灣知庫
2000年11月，陳水扁委託證券交易所林鐘雄籌設。2001年12月30日成立，基金規模為6000萬元新台幣。由臺灣證券交易所董事長林鐘雄與“國安諮詢委員”林佳龍等籌組。資金捐贈者主要包括華僑銀行董事長林明成、大安銀行董事長高志尚、金寶電子公司董事長許勝雄、富邦産險公司董事長蔡明忠、日盛證券董事長陳國和、土地銀行董事長魏啟林、國泰金控董事長蔡宏圖、三商行董事長陳河東、大陸工程公司總經理殷琪、臺灣工業銀行總經理絡錦明、奇美實業董事長許文龍等。其中以許文龍捐助為主。目前董事長為陳博志。
這是陳水扁的重要智庫。以政策取向、推動策略及強化溝通對話為三大工作目標。職能主要是就亞太事務與“國家”安全、WTO的因應對策、大陸（兩岸關係的雙軌機制）、“國家”改革（政府改造、“國會”改造與“憲政”改革）、農業、科技、財經與社會發展等8大議題向政府提出建言。未來進一步增設文化、“國土”規劃、經濟與“國防”等論壇。
財金論壇：由臺灣經濟研究院院長吳榮義任集人，為智庫成立最早的論壇，曾扮演“經發會”期間的後勤角色，曾就針對籌設境外資本市場的可行性、放寬兩岸金融業務往來的利弊與配套措施、問題金融的處置方案等提出對策。
科技論壇：召集人是新竹科學園區管理局局長李界木，2001年3月成立，討論了臺灣科技産業的利基與發展環境、與“行政院”科技顧問組合作，積極規劃引進印度高科技人才及臺印企業技術交流計劃；研擬“我國科技産業全球佈局的國際競爭戰略”。
農業論壇：召集人是臺灣大學教授吳明敏。針對臺灣加入WTO後對農業的衝擊提出具體因應對策，接受“農委會”委託的“臺灣農業問題和對策座談”專題計劃，2002年初發表“農業政策建言”。
政府改革論壇：召集人為“勞委會“顧問劉進興。針對就業問題與退休生活兩大主題進行研究，具體包括失業保險、退休金條例改革、勞動體制的轉型與改革問題。
大陸論壇：召集人為中華經濟研究院研究員范錦明（暫由張佩珍代理），已舉行十多次論壇，與大陸臺商進行交流，並對大陸政治與經濟問題進行研究。
亞太論壇：召集人為“國安會諮詢委員”高英茂。以美、日、臺關係的強及及中國周邊戰略環境的分析為主軸，不定期與美、日、俄等國智庫舉辦圓桌會談。研擬有關臺、日、美的戰略合作以及對臺美關係的檢討。
WTO論壇：召集人淡江大學教授郭建中。建議政府成立一個高層次統籌WTO事務的專責機構和機制，並結合民間力量，成立一個法律諮詢中心，協調政府與企業因應種種貿易糾紛，與兩岸入會後的可能訴諸爭端的仲裁機制。
臺灣産業科技協進會
2002年1月11日正式成立。在理事監事選舉中，中華開發銀行董事長劉泰英被選為理事長，“立法委員”柯建銘、交通大學校長張俊彥、工業研究院光電所副所長黃德瑞、“總統府科技諮詢委員會”執行長黃昭淵（北美臺灣教授協會成員）、工業區廠商聯合會理事長黃宗源則獲選為副理事長。“總統府資政”姚嘉文擔任監事會主席。主要是針對以國民黨為主導的玉山科技協會，爭取科技企業與人才的支援。成員包括300多人。該協進會宗旨為“利用高科技人力促成傳統産業升級，吸引高科技産業在臺深耕，建立綠色矽島”。協會強調“臺灣優先，全球佈局”。主要功能是提供政策科技産業政策建議、協助中小企業升級與實現根留臺灣，落實綠色矽島。強調不走大陸投資路線，認為大陸不是臺灣産業升級與轉型的唯一道路，而主張走國際路線，並選定奈米、生物醫學、數字視訊、系統整合晶片等創新科技為可塑産業，因此將該協會定位為在“結合認同臺灣優先的人士，共同為臺灣産業科技的國際地位打拼”。計劃在美東、美西、加拿大等重要華人科技圈成立多個分會。
新竹市民進黨籍“立法委員”柯建銘是該協進會的主要推動者，他在科技界影響逐漸擴大。他曾是聯電集團董事長。與柯建銘關係密切的新竹科技廠商還包括臺灣超能源董事長徐仁福與智邦科技執行長黃安捷等人。新竹科學園區管理局局長李界木是陳水扁在科技界另一重要人物，是該協會的發起人之一。民進黨新潮流係成員陳正然，任蕃薯藤公司執行長，是科技界獨派色彩濃厚的人物，早年因“臺獨”政治言論受到檢調單位搜捕。“資策會”執行長林逢慶曾是陳水扁任臺北市政府時的建設局局長。
參加臺灣産業科技協進會的企業也包括不少過去“泛藍軍”的支援者，如大同公司總經理林蔚山、與連戰私交甚深的永豐余董事和何壽川、親民黨副主席張昭雄小舅子誠信創投公司負責人李正明。其中，團體企業會員包括中華開發銀行、宏基電腦、交通銀行、中環公司、錸德公司等大型科技公司與工業銀行等，其餘多為個人會員。臺積電與聯電未加入團體會員。
這個協會不僅扁派、李派、獨派色彩濃厚，而且也主要是針對國民黨色彩濃厚的臺灣玉山科技協會而成立。
臺灣管理學會
2001年5月，民進黨推動成立臺灣管理學會，由原“總統府秘書長”、現任“行政院長”遊錫堃主導成立，並擔任首任理事長，成員包括柯承恩、吳東亮、高志明、黃明河、蔡明忠與魏啟林等人，均是支援民進黨的人士。主要是與原由國民黨時代成立並主導的“中華管理學會”對抗。當時，由遊錫堃出面結合臺積電董事長張忠謀、臺新銀行董事長吳東亮、富邦産險公司董事長蔡明忠等成立。
2002年6月進行了換屆，臺電董事長林白能出任理事長，吳壽山、柯承恩、黃營杉、張忠謀、張姿玲與戴勝通任常務理事；王文淵、李成余 、吳東亮、吳欽杉、高志明、梁定澎、郭進財、黃河明、蔡明忠、顏錫銘任常務理事；前“經建會”主委魏啟林任常務監事；李添財、吳祥華、林嬋娟與鄭深池任監事。
據“臺獨”刊物《新臺灣新新聞》報道，成員都是與政府友善的紅人。其功能就是溝通政府與民間，協助政府規劃重大政策。還製作“臺灣管理領航家”的電視專題節目，宣傳政府，在中南部舉辦經濟産業發展研討會，協助中南部地方經濟的發展。
臺灣産經建研社
2002年底，由新潮係龍頭“立法委員”洪奇昌主導成立，有19位“立法委員”支援，臺灣知庫的創建者林鐘雄也轉而支援。在成立大會上，“中央銀行”總裁澎淮南、“行政院副院長”林信義、“經濟部長”林義夫、前“財政部長”林庸山、臺積電董事長張忠謀、遠東集團徐旭東、裕隆執行長嚴凱泰、著名律師徐小波、中華開發大股東理隆纖維陳敏薰（後任代理董事長）、臺糖公司董事長吳乃仁與“國策顧問”黃國俊等前來慶賀。
知識經濟社會推動委員會
由臺灣經濟研究院院長吳榮義主導成立。2000年底，親民進黨的吳榮義發起了“知識經濟社會推動委員會”，發起人包括臺積電董事長張忠謀、宏基集團董事長施振榮、義美集團副董事長高志尚，嘉新水泥董事長張安平、金寶電腦董事長許勝雄，資策會董事長黃河明等産官學界22人。主要幫助陳水扁就發展知識經濟提供協助。陳水扁隨後宣佈2001年是臺灣知識經濟推動元年。
臺灣智庫基金會
2001年6月，與民進黨關係密切的企業界人士成立。捐助者包括三商行董事長陳河東、工業銀行總經理駱錦明、富邦産險蔡明忠與大陸工程總經理殷琪等。共籌資6000萬元新台幣。
“群策會”
2001年12月3日成立。由李登輝主導，並擔任會長；誠泰銀行董事長林誠一擔任副會長，彭榮次擔任召集人。其宗旨是群策群力，共謀“國事”，試圖扮演“擬具共識，推動政策”的角色，同時擔當“策劃研究，實際執行”的行動智庫。出席的企業界人士以李登輝的商界朋友與陳水扁的企業界朋友為主。包括誠泰銀行董事長林誠一（其子與董事林啟光）、東元電機董事長黃茂雄（主要策劃者）、偉詮電腦董事長蔡坤燦、臺灣運輸機構公司董事長彭榮次、義美實業公司總經理的高志明、臺灣養雞大王黃昆虎、美吾發公司董事長李成家、榮星花園董事長辜寬敏、第一高爾夫球場董事長曾介紹人俊義、合森企業董事長戴一義、臺聯金主世紀鋼鐵董事長黃宗源與臺證集團董事長吳東升、國票董事長林華德、力晶電腦董事長黃崇仁、誠品書店總經理吳清友、醫師公會理事長吳運東（吳伯雄堂兄）、北社社長吳樹民。
北社
2001年6月16日成立，成員有80多人。出身醫界的“國策顧問”吳樹民（自立晚報發行人）任首屆社長，東吳大學外語學院院長謝志偉與世新歷史係教授李筱峰，秘書長廖仁義，副秘書長王美秀。其成員來自北部地區醫界、學界、文化界、律師界、財經界等。有影響的人物包括林義雄、辜寬敏（日本文摘社社長）、李鴻喜、高志明（英文臺灣新聞報與義美集團董事長）、曹永和、王涂發、鄭欽仁、戴寶村、薛化元、陳儀深、陳隆志、李茲堯、陳照姿、洪貴參、律師界有顧立雄、鄭清文、向陽、林文欽（前衛出版社負責人）、楊其文（藝術學院教授）、李魁賢（詩人）、李敏勇、謝三泰、朱約信、陳明章、葉博文、蘇進強（臺灣新聞報社社長）、及資深媒體人呂東熹、金恒煒、楊憲宏等人。李登輝、陳水扁與彭明敏等人出席成立大會，李登輝還號召大家“崔生新臺灣”，“共同為新臺灣的誕生和出發做見證”，實為實現臺灣建國目標。其宗旨是“促進臺灣成為主權獨立的現代國家”。四大目標則是“建立憲政秩序、健全機制、維護臺灣安全、建立公民社會”，並在未來推動“新文化運動”。北社與李登輝、陳水扁關係密切，被稱為“扁李智囊團”。
北社在成立大會上發表政策萬言書，主張制訂新“憲法”，確立“總統制”，反對鬆綁“戒急用忍”政策。特別強調臺灣新文化運動，應該包括“破”與“立”的工程，“破”的工程指的是破除舊權威時代所遺留下來的、反民主的封建餘毒，破除缺乏臺灣主體性思考的媚外心態，與中國文化迷思等；“立”的工程則必須全力找尋和創造出新臺灣文化精神意義與價值體系，以做為我們韆鞦立“國”的根基。
南社
2000年7月6日成立，共有55名成員，其中有38名大學教授。其他成員為社團與民間團體負責人。社長曾貴海，是內科名醫；副社長鄭英耀是中山大學教育研究所所長，專任執行長為鄭正煜。南社的三大宗旨是：一是維護臺灣價值與尊嚴，匯集南臺灣民間上升力量；二是建立以臺灣為主體的教育、文化、環保等公共政策；三是激勵民眾共同推動法治與社會改造運動。
中社
2000年11月成立，有成員40名，主要來自臺灣中部地區的醫界、學術教育界、法界與企業界。社長鐘坤井，執行長由前“建國黨”中部辦公室主任廖宜恩擔任。成立宗旨是關心臺灣、認同臺灣，以臺灣為優先、對臺灣的司法、環保、教育、社會問題等表示關心。該組織還參與反“核四”與反“罷免陳水扁”活動。
臺灣數位視訊協會
2002年初，臺視公司董事長、李登輝女婿賴國洲與無線電視、軟體及家電行業籌組臺灣數位視訊協會，外界認為此一協會為具有本土色彩的、類似“群策會”的“行動智庫”。賴國洲認為數位發起人第三者籌設協會的目的是在解決數位電視發展過程中所面臨的，問題以及凝聚同業的共識和促進同業的交流。預計在2002年5月成立。該協會將設多個委員會，包括現在已的有的軟體委員會和硬體委員會，以後還有法規與政策委員會以及宣傳委員會。參與的成員包括數位電視産業相關的內容、硬體、設備、通路相關企業，現在已加入的包括臺視、巨圖科技、春水黨、太極、大同、聲寶，東森電視也參加。
臺灣筆會
成立於1987年，是一個文化“臺獨”組織。主要成員包括一批鼓勵“臺獨”與“臺獨”文化的一批文化界人士。2002年6月，曾貴海接任第8屆理事長，鄭炯明出任秘書長。成員還包括前會長李魁賢、陳坤侖等人。計劃每3個月出版一份漢、英、日文的通訊。
“國家政策研究基金會”
2000年6月30日成立。是國民黨在2000年“政黨輪替”後為留住其政務官人才、主導島內政策而成立的一個智庫機構。該基金會自稱為一個“獨立超然的學術研究機構”，內設“內政”、“國家安全”、教育文化、“憲政法制”、科技經濟、財政金融、永續發展、社會安全等8個小組。該基金會現有董事20名，由連戰任董事長，江丙坤擔任副董事長兼執行長。該智庫今後的研究工作，主要有三個層次的目標：近期目標是掌握島內外政經情勢，進行深入的評估與研究，以便提出2001年的革新政策，為國民黨公職人員提供參考，扮演好監督、制衡政府的角色；中期目標，提出國民黨縣、市長及“立委”選舉的基本主張，讓所有民眾感受到國民黨對“國家”、社會、民眾肩負的嚴肅而重大使命；遠期目標則應提出“國家永續發展”、“國富民強”的前瞻、宏觀規劃。
