日軍雖佔領了新竹城，然城外各莊仍在義軍的掌握之中。事實上，新竹日軍已處在義軍的包圍之中。但是，樺山資紀和北白川能久都對形勢缺乏正確的估計，認為義軍不過是烏合之眾，不難一舉蕩平。特別是新竹的佔領使他們滋長了驕傲的情緒，“以為臺灣不過手掌大小之地，以一旅之眾即可一舉殲滅”。注1因此，六月二十四日，由北白川向近衛混成第二旅團長山根信成發出了南進的訓令。但是，樺山和北白川都沒有料到，日軍不僅難以進兵新竹以南，而且連新竹以北的局面也很難控制。
六月二十三日，即日軍佔領新竹的第二天，日軍設在中壢的兵站部即遭到義軍的襲擊。是日下午二時許，義軍三百多人從東、西、南三麵包圍了日軍中壢兵站部，至一百五十公尺距離處進行射擊。日軍第三中隊的機關炮兵立即應戰，雖猛烈射擊，義軍都沒有後退的跡象。兵站部派騎兵突圍赴桃仔園請求增援，因被義軍堵擊，未能達到目的。雙方相持至下午七時，義軍始停止進攻。目睹這次戰鬥的《東京日日》報特派記者石冢氏寫道：“去年日清戰爭期間，兵站線長達五百餘裏，所沒兵站亦不少，卻從未遭遇敵軍如此猛烈之襲擊。”注2為之哀嘆不已。
六月二十五日，即北白川能久發佈“南征”令的第二天，日軍又遭到義軍兩次襲擊：
一次發生在頭亭溪。是日，日本近衛騎兵大隊長澀谷在明中佐，親率近衛騎兵小隊及步兵第一聯隊第六中隊，自臺北護送糧食縱隊往新竹。上午九時，澀谷率騎兵沿鐵路線先行，第六中隊繼後。當進至頭亭溪村時，忽有義軍約五十人從竹林中猛烈射擊。澀谷下令包圍竹林，義軍便進入道旁的民房，利用墻壁上的槍眼射擊敵人。日軍向民房發起衝鋒，“但以磚石砌成的墻壁十分堅固，槍彈不能貫通”。於是，日軍縱火焚燒民房後又向南行，前進大約兩千公尺時，又被七八十名義軍攔截射擊。義軍仍利用民房墻壁的槍眼打擊敵人。日兵“拔出刀劍逼近墻壁，衝鋒數次，不斷吶喊，而土墻堅固，騎兵和步兵對之毫無辦法”。此時，日軍已有十人傷亡，便縱火將民房焚燬。日軍自稱：“土著強兵，視死如歸，對他們不得不出此果斷措施。”注3這支日軍護糧隊步步被阻，只能緩慢地向新竹移動。
另一次發生在新竹城。先是在六月二十四日，阪井支隊即接到義軍“集結內山，即將來襲新竹”的情報。於是，阪井重季下令在城東南佔領高地，以防義軍由此路來襲。果然，二十五日上午十時五十分，義軍五、六百人向日軍前哨逼近，“扛旗敲鼓，猛烈射擊。(日軍)哨兵知眾寡難敵，以信號求援。”注4阪井急命第一大隊長前田喜唯少佐率第四中隊應戰。前田命令機關炮隊佔領陣地，向義軍發射排炮。但義軍佔據有利地形，日軍的排炮毫不奏效。前田急調山炮前來，進行轟擊。戰鬥持續到下午四時十分，義軍始停止攻擊。這是義軍第一次反攻新竹。
義軍的這兩次襲擊，雖未取得很大的戰果，卻使日本侵臺軍感到步履維艱，開始明白要想一下子佔領全臺並不是那麼容易的。
於是，樺山資紀決定政變“南征”計劃，暫緩南進。北白川能久致電鮫島重雄稱：“本來計劃于七月四日自基隆港起錨，然目前風浪極為險惡，即使在打狗、安平兩港亦不易登陸，何況實行敵前登陸不能不慎重考慮。今接樺山總督命令：暫緩從基隆起錨，各將校皆集合於臺北待命。”注5
樺山資紀之決定改變“南征”計劃，並不是不急於佔領全臺，而是要待完全控制臺北新竹間的局勢後，再全力南侵。為此，樺山一面加緊對臺北新竹間抗日義軍的掃蕩，一面對臺北人民施行殘暴的統治。他以所謂“欽命臺灣總督”的名義公佈了《臺灣人民軍事犯處分令》，其第一條即規定：
臺灣人民干犯下列條目者，罪當死刑：
一、抵抗大日本帝國之陸海各軍及反叛行為者；
二、毀壞鐵道、水陸電線、道路橋梁、軍械子藥、森林、壘柵、水道、火車、船舶、船廠、以及署衙軍用之土地，房物或對象者；
三、為寇賊引路或隱藏姦細，並有幫助抵抗大日本國之行為或劫奪者；
四、將大日本軍艦、軍用船舶之軍餉及軍用物資之數量密報敵人者；
五、大日本國軍艦、軍用船舶之嚮導有欺詐行為者；
六、製造謠言或喧嘩吵鬧，擾及大日本國軍隊、軍艦及軍用船舶之安穩者；
七、投毒于井泉河流或使之污穢不堪飲用者；
八、將鴉片煙並吸煙工具交付大日本軍人、軍屬及從軍者，或讓其吸煙者。”注6
但是，日人的高壓政策不但未收到預期的效果，反而激起了臺灣人民的更加堅決的反抗。
注1 大槻正秋：《臺灣征討史》，第80頁。
注2 《日清戰爭實記》，第34編，第13頁。
注3 《日清戰爭實記》第34編，第14頁。
注4 《日清戰爭實記》紹34蛔．箔10頁。
注5 《日清戰爭》第35編，第20頁。
注6 《日清戰爭實記》第35編，第21頁。
（戚其章，山東威海人，1925年出生，現任山東省社科院甲午戰爭研究中心主任）
