《馬關條約》簽字地
日本在取得軍事勝利後，更加囂張，下一步是逼中國出讓領土和賠款。與日本談判開始於甲午戰爭的晚期。1895年1月26日，清廷派出的代表、戶部侍郎張蔭桓和湖南巡撫邵友濂到達日本。10天后，日本全權大臣伊藤博文、陸奧宗光竟然不顧起碼的國際準則，以中國代表所帶國書不是全權委任狀為由，拒絕與中國代表談判，欺人至極。
決定中國談判代表的是慈禧。2月12日，她在養心殿東暖閣召見重臣，決定委派直隸總督李鴻章為新任全權大臣。李鴻章一方面感謝慈禧的“垂愛”，一方面深感此行無疑是批准賣國，賣國的罪名將會落到他的頭上。
李鴻章開始了一生中最不光彩的外交行動。1895年3月19日，他帶著兒子李經芳，顧問馬建忠、伍廷芳、徐壽朋、于式枚及美國人科士達等71人，乘坐兩艘德國商船，到達日本馬關。
談判開始，但日方沒有停止對中國的侵略。在李鴻章受傷的第二天，日軍攻戰澎湖，這是在向已經戰敗的清朝施加軍事壓力，併為順利侵佔臺灣佔據有利的戰略要地。
日本因為實力有限，當時的目標不是立即發動全面侵華戰爭，而是佔領中國的臺灣和索取鉅額賠款。4月1日，日本提出了媾和條件10款（後為11款），強令4天內必須答覆。李鴻章、李經方盡力辯護，沒有效果。4月15日，舉行第五次談判。日本代表伊藤博文異常瘋狂，不僅不同意對條約進行任何修改，而且聲稱要把臺灣的交割時間由二個月完成縮短為一個月。
日本不是要李鴻章來談判的，慈禧也不希望談判能爭到什麼利益，李鴻章只是來完成賣國條約的簽字手續。1895年4月17日，光緒21年3月23日，明治28年4月17日，這是中華民族蒙恥的日子。在日本的軍事威脅下，李鴻章、李經芳和伊藤博文、陸宗奧光在《馬關條約》上簽字。《馬關條約》包括11款的條約和《另約》、《議訂專條》《停戰展期專條》等三個附件，其核心內容是肯定了日本在中國獲得西方列強在中國的政治、經濟特權的同時，中國向日本賠款高達清政府年收入三倍之巨的2.3億兩白銀，割讓臺灣。《馬關條約》是繼《南京條約》之後最嚴重的賣國條約，中國再次遭到重創。
《馬關條約》簽字，日本強佔中國臺灣合法化。5月8日，清政府代表伍廷芳和日本代表伊東美久治在煙臺互換批准書。6月2日，清廷派出李經芳為“割臺專使”，在美國顧問科士達陪同下前往臺灣辦理交割臺灣手續。李經方不敢登岸，在基隆外海的日本輪“西京丸號”上，與日本駐臺灣第一任總督樺山資紀簽署了可恥的《交接臺灣文據》。文件規定：“‘臺灣全島、澎湖列島之各海口及各府縣所有堡壘、軍器工廠及屬公物件’，全部交給日本。”並且要在臺灣的朝廷命官、清軍官兵和願意回大陸的民眾，在兩個月內內渡大陸。臺灣各界和民眾面臨空前的災難，他們要麼離開自己的故鄉，要麼接受日本的統治，當然也有立志抗日，抗爭到最後一刻。
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