對東方、對中國臺灣感興趣的不僅是荷蘭一個國家，就在荷蘭殖民者侵佔臺南地區的同時，另一個殖民國家西班牙也向臺灣發動侵略。早在1586年4月，西班牙政府就制訂了征服中國的“11條款”；1597年，為保護福建與殖民地菲律賓之間的航路，明確提出了佔領臺灣計劃，但是一直沒有實施的機會和實力。1625年5月，也就是荷蘭人從臺南港登陸的第二年5月，西班牙駐菲律賓總督府派出軍曹長瓦爾德斯（Antonio Carrenode Valdes）率領14艘戰艦繞道臺灣東岸北上，在雞籠社寮島（今基隆和平島）登陸。西班牙人在這裡修築起“聖薩爾瓦多城”，把雞籠改為“特立尼達”，把海灣稱為“聖地亞哥”，作為擴大臺灣侵略的基地。
西班牙殖民者不會甘心於此，1628年，西班牙艦隊繞道北部海岸登陸滬尾（淡水），修建“聖多明各城”。後來稱為“紅毛城”，是因為臺灣人稱荷蘭人為“紅毛”，在荷蘭人趕走西班牙人取而代之後，人們俗稱此城為“紅毛城”。鄭成功收復臺灣後，佔領此城。清初荒廢，1724年淡水廳重修此城。1868年成為英國領事館，直到1972年3月撤銷。1980年6月被定為“一級文物”。“紅毛城”將永遠成為侵略者的侵略罪證。
臺灣北部地區成為西班牙殖民者擴大侵略的首選目標，他們在佔領淡水後，開始向北海岸和沿著淡水河擴張，侵佔七堵、金山、八里鄉、北投社、松山、大龍峒等各少數民族部落，擴大勢力範圍。
1634年，西班牙殖民者在羅梅洛指揮下，向噶瑪蘭（今宜蘭）發動進攻，途經東北海邊的一塊地方時，稱該地為“Sandiago”，閩南話就發音為“三貂角”，這是西班牙殖民者所起的地名，今天也成為侵略者的侵略罪證。
北部的西班牙遠沒有南部的荷蘭人得意。西班牙人在佔領雞籠地區期間，因為周圍地區大都還沒有開發，只能在鎮壓、屠殺當地民眾、掠奪民間財富的同時，進行一些有限的硫磺、鹿皮貿易，遠沒有南部荷蘭人的貿易優勢。
同所有的殖民者一樣，西班牙殖民者在侵略、佔地、掠奪的同時，還進行了一些文化侵略。傳教士愛斯奎威爾（Jatint Esquival）在1631年建起“玫瑰聖母堂”，作為傳播天主教的基地。此人在1638年赴日本的船上被殺，但他留下了《淡水語基督教理》、《淡水語辭典》等宣揚基督教義的書。
西班牙人絕對不會甘居於當時並不發達的北部地區，他們利用建立的基地，經常偷襲往來于閩臺間的荷蘭商船和其他商船，荷蘭人視如芒刺在背，不除不快。兩個殖民者之間的衝突，在所難免。1642年8月21日，荷蘭上尉哈勞西指揮690名兵士，在雞籠港登陸，向聖薩爾瓦多城發動進攻。雙方對峙5天，只有100余人的西班牙守軍開城投降。西班牙人在臺灣的16年殖民統治就此結束。
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