統一台灣的行動開始了。1683年7月8日（康熙22年6月14日），施瑯在銅山（東山）舉行遠征澎湖誓師大會。面對230艘戰船、27000名將士，施瑯跪拜天祀神：“今施瑯奉旨出征，收撫澎臺，求國家之一統，圖江山之永固，泯兩岸之恩仇，得骨肉之團聚。”收復臺灣的行動，符合中華民族的利益，符合兩岸人民的利益。
9日，清軍到達八罩島（望安島）。在10至13日的拼殺中，雙方都損失。富有指揮經驗的劉國軒，在澎湖媽宮澳娘媽宮總統帥部命令各部“以弱示之”：各嶼守軍要表現出驚慌失措，澎湖灣外的戰船要在“倉惶”中撤回港內，所有巡海哨船如遇清軍迅速撤回，對企圖進入澎湖灣的清軍哨船（偵察船）立即趕走。劉國軒是為了誘敵深入，把施瑯的戰船引入鄭軍的火力圈，便於發揮岸上優勢，消滅施部。
16日黎明，澎湖灣內戰鼓震天，旌旗飄揚。施瑯指揮220艘戰船、2.6萬名將士，分兵三路駛向澎湖灣。劉國軒嚴陣以待，分兵迎戰。雙方開戰之初，只見一陣西北風刮來，頓時黑雲翻滾，浪濤兇涌，頂風的施瑯船隊頓時亂了陣腳，將士無心戀戰，鄭軍順風順水猛撲而來。這時，對清軍水師十分不利。
海上氣候變化無常。正在此時，令人意想不到的事情發生了。一陣雷聲滾過，只見風向反轉，大風大浪頓時捲入劉國軒的船隊。站在指揮船上的劉國軒，只得哀嘆命運的捉弄，成敗在天了。
福建水師的主攻船隊，分成8支小船隊，由吳英、朱天貴、陳龍、陳昌、藍理、曾成、林賢、楊嘉瑞的指揮下，與劉國軒的曾瑞、王順、陳諒、吳潛、江勝、丘輝、陳公飛、吳遜等指揮的8支小船隊對陣。只見徵帆交錯、戰船相逐、硝煙瀰漫。施瑯、劉國軒見難分勝負，又派出各自的後備船隊增援，倆人心中清楚，此仗決定勝負。
澎湖海面上的戰鬥越來越激烈。西線和東線戰場，兩軍交戰不久，均回到澎湖主戰場，雙方的400多艘戰船，鏖戰在媽宮澳海面。處於頂風逆水中的鄭軍水師，在清軍的進攻下，力不能支。
5個時辰後，激戰結束，清軍全勝收兵，作戰中陣亡329人，負傷1800余人。鄭軍水師全軍覆沒，劉國軒部下死傷1.2萬人，被俘5000余人，擊毀、被俘戰船190余艘，鄭軍副總督曾瑞、王順、江勝、丘輝、吳潛、陳諒、黃聯、張顯、陳起明等54人陣亡。主帥劉國軒在混亂中乘船從吼門逃向臺灣，他輸得一乾二淨。
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