“整肅軍隊”，鞏固蔣氏父子的絕對權威
國民黨退臺後蔣介石將軍事上的敗因歸結為軍心浮動，軍紀敗壞，高級將領腐敗，軍事戰略失誤。為此，蔣對軍隊進行了全面整頓與“革新”。
“整肅”軍隊首先從清除滲透進軍事單位的“共諜”開始。高級軍官涉嫌“共黨潛伏分子”而遭槍決的有副參謀長吳石及妻子、兵役處處長、國防部次長、陸軍供應部司令、第70師師長等人。
同時，蔣下決心剪除大陸時期的地方實力人物。蔣介石對桂系軍閥首領白崇禧在大陸時倒蔣懷恨在心。逃臺後，迫使白崇禧交出軍權。其行動與逃臺的桂系一樣受到監視。另一個實力派人物閻錫山，去臺不到3個月，即被撤銷“行政院長”職務，迫使閻錫山隱居。對蔣在大陸時逶以重任的黃埔係將領，除少數進入陳誠、蔣經國核心圈子外，絕大部分被遺棄。
與此同時，從高級將領開始，對軍隊實行整肅。在各軍事單位實行“聯保制”，並開展“消滅死角運動”，深入整肅。
蔣氏父子對與美國關係密切的高級軍官格外戒備。1955年8月的“孫立人事件”是蔣在軍隊排除異己的重要事件。
孫立人，1900年生，1924年入弗吉尼亞西點軍校受訓時與馬歇爾是同學，其組訓軍隊自成一套，被稱作“孫氏操典”。1937年參加松滬抗戰負傷，1938年參加武漢會戰。1942年2月率新編38時參加中國遠征軍入緬作戰，4月在仁安羌大敗日軍，救出英軍7000多人。後升任新編第1軍軍長，成為國民黨部隊五大主力之一，被譽為“東方隆美爾”，深得英美賞識。蔣介石敗退臺灣後，利用孫立人與美軍方的背景及其“優秀”的軍事才能，重用孫立人以爭取美國的軍援。但孫對蔣氏父子的治國治軍之術頗不以為然。孫自恃有美國後臺，常與蔣經國唱反調，並與美國顧問聯合抵制蔣經國在軍中建立“政工制度”、加強特務統治，引起蔣氏父子不滿。1954年6月，被免去“陸軍總司令”之職。由於美國指名孫出任“中美聯合作戰中心”臺灣方面指揮官，蔣懷疑美有“擁孫反蔣”的意圖，便下決心除掉心腹之患。
1955年6月初，臺軍事當局擬在臺南地區舉行有“總統”和美國顧問團檢閱的軍事會操。孫立人的老部下、陸軍步兵學校總教官室少校教官郭延亮等預謀在蔣介石閱兵時仿傚張學良，活捉蔣介石，發動“兵諫”，請求孫立人參加時遭拒絕。由於同謀告發，國民黨特務系統立即採取行動，于5月25日逮捕了郭延亮等103名官兵，孫立人也被監管偵訊。8月21日蔣介石下令免去孫立人“參軍長”職務，並命陳誠等人組織“調查委員會”。兩個月後做出結論，指控孫的部下“為中共工作”，孫未及時“舉報”，並未採取“適當防範措施”，“應負責任”。蔣介石最後以“縱容部署武裝叛國、窩藏匪諜密謀犯上”的罪名，蔣孫立人送臺中軟禁，直到1988年5月，蔣經國去世四個月後方予解禁。自“孫立人事件”以後，國民黨統治集團內部的不同勢力基本消除。
